正好也在办论文申报，了解流程来说下吧：
（有两门没过，原则上是不能办论文申报的；不过你可以上江苏自考网上报名系统试试，他们会审批的，你到时查结果就知道了，不过今天是最后一天，估计来不及了）
所有课程的理论考试已经全部及格后，上自考网上报名系统进行论文申报，要求填写论文题目与1000字内的构想，然后提交等审核结果。（网址：见参考资料）
如果审核通过，会要你 寄论文指导答辩费200元（理工类220元）通过邮政汇款、论文提纲（含论文题目）、考生回执（见附表二）及“本科报考资格审查表”复印件、“免考申请表”复印件（有免考课程的须提供）等书面材料通过邮政信件寄送，详细见下面报考须知。
每年有两次自考报名，你可随时关注上述网址了解具体时间。
我觉得你既然还有两门没考过，可以先准备考试并明年上半年考过。有时间现在可以构思论文，等明年上半年课程全部合格进行网上论文申报即可。
2013年（上半年）南京大学高等教育自学考试本科专业毕业论文答辩报考须知
一、报考条件
报名我校自考本科毕业论文答辩的考生，原则上要求该专业所有课程的理论考试已经全部及格。不符合报考条件者不安排本次答辩（答辩费不退）。
论文成绩一年之内有效。举例说明：我校2013年5月进行论文答辩的成绩，可以在2013年上半年、2013年下半年与2014年上半年办理毕业，逾期失效。
特别申明：考生取得论文成绩后，如因其他成绩不全导致无法毕业进而论文成绩逾期失效的，责任自负且需要重做毕业论文。不能接受申明内容的考生请勿报名毕业论文答辩，报名毕业论文答辩则视为同意该申明内容。
二、报考办法及要求
1、考生必须在规定的时间内（本次为2012年12月1日－7日），在江苏省教育考试院网站的“江苏省高等教育自学考试网上信息系统”进行论文答辩的网上报名；
2、我校将于2012年12月11日之前在网上给出初审结果，没有通过初审的考生请勿继续寄送相关材料及答辩费用；
3、通过网上初审的考生，请务必于2012年12月16日之前将论文指导答辩费200元（理工类220元）通过邮政汇款、论文提纲（含论文题目）、考生回执（见附表二）及“本科报考资格审查表”复印件、“免考申请表”复印件（有免考课程的须提供）等书面材料通过邮政信件，寄送至我校相关院系，具体所需材料和邮寄方法、邮寄地址等详见附表一中各相关院系网站通知。请务必仔细阅读附表一及其备注。
凡是09年12月以后办理的免考与资审，可在系统中查询，将扫描图件打印后寄来亦可。
★凡是没有按要求寄送材料并汇款的考生，其网上报名视为无效。
★来往信件内容，除了需要亲笔签名的地方以外，其余文字必须用电脑打印。
4、我校相关院系将根据书面材料进一步审核考生论文答辩的报考资格，届时具体事宜请直接与我校相关院系联系，联系方式见附表一。
5、考生与主考学校间的来往信件及汇款等须按规定时间寄出（以邮戳为准），逾期不寄者一律不予补办。所有信件与论文提纲首页，务必注明本人的“姓名、准考证号、详细通讯地址、邮政编码与Email等”，按主考学校指定的地址邮寄。
6、学校收到论文提纲后，根据学生选题确定指导教师，编排论文编号，回信（或通过手机短信）告知指导教师姓名及联系方式。导师确定后，论文稿直接寄送导师，并注明学校编排的号码（所有信件请自留底稿）。
7、已发表的论文不能再用。如在论文撰写中弄虚作假，将按有关规定严肃处理。
8、考生须持本人的身份证、准考证参加毕业论文答辩。证件不符或不全者不得参加答辩。
9、考生参加答辩的交通、食宿费用由本人所在的单位负责（或自理）。
三、考生注意事项
1、汇款时请在汇款单留言栏内注明专业及考生姓名、准考证号码以及详细联系方式（必须填写清晰），以免延误论文指导。
2、不按时寄交有关论文材料者，造成不能正常参加论文指导和答辩，后果自负，论文指导费概不退还。
3、每年的5月25日至31日、12月1日至7日都可以在省教育考试院相关网站办理考试报名、课程免考、本科段报考资格审批、申请毕业等各项事宜。考生应根据自己的实际情况，抓住机会尽早办理，以免耽误自己的事情。
4、考生向主考学校寄送有关材料时，要注意时间期限，如时间较宽松，可用邮政的挂号信寄送（不得用平信，否则遗失后果自负）；如时间较紧，请使用中国邮政EMS寄送。
四、论文撰写要求
1、论点明确，论据充分，论证科学，有一定的新意，文笔流畅，字迹清楚；篇幅在5000到7000字之间。
2、论文提纲、论文初稿、论文完成稿可用300字方格稿纸书写，也可用A4纸打印，字体为4号字。
五、毕业论文由报名至答辩过程中的时间安排
★请考生经常关注相关院系网站的通知与说明，具体流程请以各相关院系的安排为准，以下流程仅供参考。
在2012年12月16日前，考生将论文题目与论文提纲（篇幅一般不少于1000字）通过邮政与其它材料一起寄给我校相关院系，论文提纲包括论文纲目、基本论点、主要论据以及如何进行论证等具体内容。
请等待院系通知，院系会要求考生将论文题目与论文提纲电子稿发送到指导教师的电子邮箱。每次给指导教师发邮件时请务必注明考生本人的姓名、专业、准考证号等信息。
在2013年1月20日前，指导教师将修改、审定后的论文题目与论文提纲通过Email发给考生。考生根据指导教师意见，修改论文题目与论文提纲，并根据修改稿着手撰写论文初稿。
在2013年2月20日前，考生将论文初稿通过Email发给指导教师。
在2013年3月15日前，指导教师将论文初稿的修改意见反馈给考生。考生要根据指导教师的意见认真修改论文初稿。
在2013年4月1日前，考生将修改后的论文二稿通过Email发给指导教师。
在2013年4月15日前，考生根据指导教师的意见反复修改直至审核通过。再将审核定稿后的论文打印一式三份，一份考生自留，另两份务必在5月份来我校答辩时交给答辩教师。在完成撰写论文的同时，还要准备好供论文答辩时使用的论文内容简介（以4-6分钟的讲解时间为限）。
各专业论文报名地址与答辩时间安排详见附表一，考生答辩时必须携带身份证、准考证，证件不齐者不予答辩。
涉及汇款请通过邮局办理，不得将现金放在信件中寄送；涉及信件请用邮政挂号信或邮政EMS，不得使用社会上的快递公司；所有信件请自留底稿；信件与汇款均寄给南京大学相关院系的联系人收（详见附表一）。
参考资料：http://www.jseea.cn/zkzk82ce/