南通港的自然条件独特，主要体现在以下几个方面：
首先，天气风况方面，常盛行东南风，强风通常为东南东方向，最大风速可达26.3米/秒。尽管每年平均约有2-3次台风影响，但这些台风多为6-8级，对船舶的正常航行影响较小。
降水方面，年均降水量为1091毫米，年均大于10毫米的降水日数为33.8天，对港口作业影响不大。
雾况方面，雾日平均为30.9天，主要集中在晚春和初冬，3级以下能见度的雾日为11.4天，对装卸作业和船舶行驶影响相对较小。
气温方面，年平均气温为15℃，最高月均气温29.6℃，最低月均气温则为负0.2℃，全年无冻土期，有利于港口运营。
在水文方面，南通河段潮汐为不规则半日周期潮，每天两次涨潮两次落潮，最高潮位6.38米，最低潮位0.42米，潮差最大可达4.01米。涨潮平均历时3小时32分，落潮平均历时8小时51分。潮流平稳，涨潮逆江而上，落潮顺江而下，落潮流速大于涨潮流速。
波浪方面，波高通常低于1米，西南风时波高1.0米，东南风时波高1.3米，对港口稳定性有一定保障。
锚地设施方面，南通港提供多个锚地和系船浮筒，如南通检疫锚地（最大可锚泊2.7万吨级船舶）、港务局1号和2号锚地，分别适用于不同吨级的船舶。此外，还有专门的海轮过驳作业锚地、联检锚地以及油轮锚地，满足不同类型的船舶停泊需求。
南通港区东濒黄海，南临长江，处于海、江、河联运的枢纽地位。南通口岸是对外开放的一类口岸，下属吕四海港二类口岸。南通市是我国14个对外开放沿海港口城市之一。长江南通段江面开阔，河势稳定，具有发展造、修船业的良好条件。南通已成为我国重要的修船基地。