呼市二本院校有内蒙古农业大学、内蒙古医科大学、内蒙古财经大学。
1、内蒙古农业大学
截止到2023年3月，内蒙古农业大学拥有国家重点学科1个，重点培育学科共有29个，其中省部级有26个，还有自治区一流建设学科11个。建有12个博士后科研流动站，获得一级学科博士学位授权点有15个、一级学科硕士学位授权点25个以及硕士专业学位授权类别共16种。
截止到2023年3月，内蒙古农业大学共有教师2718人，其中专任教师有1691人，获得高级职称称号的教师有858人，取得硕士及以上学位教师有1463人。“新世纪321人才工程”一、二层次人选8人，入选自治区“草原英才”112人、草原英才团队41个。
2、内蒙古医科大学
截至2023年4月，内蒙古医科大学有1个一级学科博士学位授予点，9个一级学科硕士学位授予点，7个专业硕士学位类别4。临床医学学科进入ESI全球前1%。截至2023年4月，内蒙古医科大学有专任教师966人，其中教授308人，副教授292人。
截至2023年4月，内蒙古医科大学有国家级特色专业3个，国家级一流本科专业建设点4个，自治区级一流本科专业建设点9个；国家临床教学培训示范中心1个，国家级虚拟仿真实验教学中心1个，国家级实验教学示范中心1个，自治区级在线开放课程14门；99个实践教学基地。
3、内蒙古财经大学
截至2022年底，内蒙古财经大学有专任教师1002人，具有博士学位教师412人。学校现有全国优秀教师1名，享受政府特殊津贴专家5名，“内蒙古自治区高校青年科技英才支持计划”人选32名。
内蒙古财经大学与内蒙古中加农业生物科技有限公司、内蒙古科电数据服务有限公司、内蒙古印象蒙古文化传播有限公司、内蒙古额尔敦羊业股份有限公司合作共建实践教学基地。4个教学研究与发展中心和4个其他类型的基层教学组织，基层教学组织总计564个。