理论上两种编制方法的结果应该是一致的，但实际计算中由于计算口径的（选取的数据）会造成两种方法计算结果的差异。多数情况下都会产生差异的。
在直接法下，是以利润表中的营业收入为起算点，其实质是收付实现制。现金增加都是实际流入，不论是经营的还是投资、筹资产生的，都是白花花的货币流入或流出，也就是以货币资金作为基点计算收到和支付的结果。
在间接法下，将净利润调节为经营活动现金流量，是权责发生制原则确定的，并剔除投资活动和筹资活动对现金流量的影响。
这种情况下就有可能产生差异。如固定资产，按收付实现制原则考虑，购买时属于“投资活动产生的现金流量”，计入主表；但其折旧，在净利润基础上要作为增加项，因为净利润中扣除了折旧，而折旧是固定资产支出逐步收回的金额。
简单说，直接法是正运算，收到多少、付出多少；间接法是逆运算，用净利润加上利润的扣除项（减项）。如存货，有些是当期支付并计入当期利润，这些不论正运算还是逆运算，都是一样的；但有些是本期支付但跨期结算（未领用或售出的挂账，不参与利润的计算），本期仅是货币流出，但并没有计入本期的净利润，所以这部分拆分时会出现口径或数据问题。