改动已经多到无法一一描述。
1.07已经完全过时，甚至漆黑的魅影吧都不提供下载了。
目前4.5EX-1.9版共411只PM。
引用资料：
修改内容：
虽然仅仅是从仅仅v3.5到v4.0的看似跨度不大的版本更新，但是却是一次彻彻底底的全新尝试。不在以原来的蓝本继续改版，而是重新以汉化质量与效果远超D商汉化版的2011新汉化版绿宝石为蓝本从0开始重新改版，不仅对原版的闪光点进行了移植，更追加和优化了原来的许多要素，以下为本改版的主要修改亮点：
零在4.5版中存在2个版本，新奥3主宠版和伊宿3主宠版，2个版本的唯一差别就是初始的宠物不同，在对应的版本里无法获得另一版本的主宠...这个也是由于空位有限而无法同时加入这2各地区的初始PM，所以分为这2个版本，玩家可以根据自己的喜好选择版本
一通关不会调档，对战边疆记录不消失，4.5中追加了跳过通关动画的选项
因为以这次的新汉化版为蓝本，因此有了以上这个极其重要的优点，但是请按照之前说的在模拟器的设置中将存档类型大小改为128KB，考虑到一些其他原因，在4.5中追加了跳过通关动画的选项，选择“是”可确保不掉档
二利用了原本游戏中空闲的25个空位，使得精灵的数量从386增加到了411，并替换了一些PM为DP或BW的新宠
25个空位的新增PM为：草蛇一家，火猪一家，水獭一家（新奥主宠版为草龟一家，火猴一家，企鹅一家），炎钢巨兽，雷吉奇卡斯，迪亚鲁卡，帕鲁奇亚，基拉帝纳原始形态，克蕾塞莉娅，达克莱伊，玛娜菲，阿尔修斯，维库提尼，烈希拉姆，捷克罗姆，丘雷姆，凯尔迪奥，盖诺塞克特
通过替换而加入的PM有：战羽鹰一家，自爆磁怪，梦夏娜一家，重甲暴龙，巨藤怪，电击魔兽，鸭嘴炎龙，围巾鼠一家，波克奇斯，优雅仙子，梅卡阳玛，绅士鸦，梦魇，铁盘坚果一家，天蝎王，蜻蜓龙一家，海月水母一家，钢钻鼹鼠一家（v4.5新加），玛狃拉，猛犸猪，雪妖女，3D龙Z，焚翼蛾一家，钢钟一家，钢磁鼻，鬼盆栽，曼波鱼，佐罗亚克一家，三头龙一家，雷电斑马一家，鲁卡里奥一家，夜黑魔人，烈咬陆鲨一家，噬魂吊灯一家，恐惧斧龙一家，艾路雷朵
这些PM的图鉴信息注解，身高体重，比大小，捕获地点，战斗边疆的配招等信息都做了对应的调整，遗憾的是脚印和叫声暂时没有作调整...
三单机411化，即单机可以在游戏中获得全部的386+25只PM，更改了通信进化为等级进化
这个是386的改版的传统了...但是这411并不是全部随机遇到，为了保证神兽的珍稀度和培养的乐趣，神兽都是剧情捕获，而主宠都只可捕获最初形态。
四全部的神兽剧情捕捉
大大丰富了神兽的捕捉剧情,不再是原来千篇一律的对话后直接切入战斗,有的是要与历代的反派交战,有的是需捕获其他的神兽,有的是需要完成某些NPC的任务...总之使得神兽的捕获不再那么枯燥了。
p.s.有一些100%闪光的精灵也会在地图中以定点捕捉,有兴趣就找找看吧~
五技能的物攻特攻判定重新划分，加入了DP和BW中的一些技能
又一重要变革，物攻特攻不再是由技能属性决定了，而是按照NDS上第4,5世代的方式进行划分，为了弥补更改这个变动以后绿宝石某些属性的技能不足，替换了一些相对用处不大的技能为新的技能，4.5中又追加了十字剪和种子爆弹这两个技能
六增强了重要训练师的PM及其配招
增加了原本道馆和四大天王的挑战难度，使得对战像以前不再简单枯燥。
七追加了反转世界的地图
本地图在通关之前即可进入(但要达成某些条件)，里面的PM级数较高,成为了面对4天王前的最佳练级场所,此为反转世界中存在6个区域,在这6个区域里分别是练六项努力值的最佳场所，即其中遇到的PM皆为加单项努力值的PM。除此之外，反转世界中也有几个神兽的捕获剧情。
八追加了梦世界的地图
与黑白中梦世界并不相同,这里的梦世界是通关后二周目的全新原创地图(同样要达成某些条件方可进入),里面的PM级数比反转胤世界更高，有着全新的区域等待探胤索,其中还包括几个神胤兽的捕获地点,以及一个全部使用满级准神和神胤兽的最强联盟...
九加入小智，渡，希罗娜和N的对战
通关后开启，可与小智，渡，希罗娜和N随时进行对战，具体地点请参照攻略资料。
v4.5中对他们的配招作了优化，并更换了对战音乐。
十追加了通关后前冠军大吾和副主角丛树/小遥的再次战斗
大吾仅仅可以对战一次显然比较令人遗憾...而副主角丛树/小遥更是在水静市百货大楼前的战斗后彻底沦为龙套...因此追加了他们的重复挑战，弥补了这个遗憾。
十1美化了地图块,PM战斗图像,对战背景,训练师图片(v4.5新增)等等（部分素材来自pokemon orange,pokemon light platium和pokemon florasky)
十二更改了一些特性,技能的官译名称为比较适应的民译
虽然官译翻译的的确相对更准确一些，但是也有一些比较令人不适应的，因此我做了这个细微的调整。
十三追加了全部家具,树果,技能机器,进化石以及其他一些重要道具的卖点
大师球,升级糖果也是有卖点的...只不过需要达成某些条件才能开放...
具体地点请参照攻略资料。
十四昼夜系统回归
昼夜系统会使得游戏在不同的时段会有不同的颜色效果，在参考了贴吧中的投票帖中大家建议后，v4.5取消了战斗时的昼夜颜色效果。
十五追加了一些PM的梦特性,改变了一些PM的种族值和属性
v4.5中再次做了一些细微的调整，修正了一些PM无法学到本应可以学会的技能机器的问题
十六更改了PM的升级技能,省去了一些需遗传的才能获得的技能,也在一些PM的技能中追加了一些白金和心金魂银里的定点教学方可学习的技能,包括一些礼物技能等等
十七战斗边疆的PM技能优化
有些PM的配招随着物攻特攻的重新划分而变得很尴尬...比如三拳胡地和影球卡比等等...v4.0中对这个问题进行了一些调整。
十八定点教学可以无数次进行
以前的定点教学只可以进行一次，让人觉得比较可惜，做了这个调整后就不会存在这个问题了~
十九v4.5重新按照v3.5中的一样美化了菜单,在文字旁配上了小图标(部分来自LightPlatium2)
二十对战边疆可以携带一级神兽进入
嗯，也是很早以前的设定了,v4.0中也延续了这个设定
二十一大量的BUG修复以及细节调整
修复了v4.0发布以来到现在反馈的所有BUG，并对几个不够人性化的地方做了一些调整，比如破坏因子选错了就无法拿到以及与赤日对战失败后时间无法进行等等。
1.8补丁
#1.修复了【技师】【铁拳】特性无效的Bug
#2.修复了【雪隐】特性会受到冰雹伤害的Bug
#3.修复了【性格乖僻】特性能无限强化的Bug（文字提示有点蛋疼，不过无视他好了）
#4.修复了【蓄电】特性会被电磁波麻痹的Bug（这是原版就有的，也算是3代特色吧）
#5.修复了【懒惰】特性无效的Bug
#6.修复了用技能制造的沙暴对岩石系特防加成和【沙之力量】无效的Bug
#7.修复了【厚脂肪】特性无效的Bug
#8.修复了【性格乖僻】特性能力上升文字提示的Bug
#9.修正【避雷针】特性，受电系攻击无效并提升一级特攻
#10.修复了【铁拳/舍身】特性对部分技能无效的Bug
#11.修复了【下载】读取两防数据错误的Bug
#12.修复了【避雷针】动画显示的Bug
#13.修复了【干燥肌肤/太阳力量】晴天不扣血的Bug
#14.修正原版【鲨鱼皮】特性，伤害提升为1/8
#15.修复了【干燥肌肤/耐热/厚脂肪】对物攻火/冰招式威力无影响的Bug
#16.修正【压力】特性，出场时会有一段文字提示
#17.修复了【不屈之心】在部分情况下不发动的BUG
#18.修复了【贪吃】特性对部分树果无效的BUG
#19.修复了【千鸟足】特性在部分非混乱异常状态下提升回避率的BUG
#20.重写了【多重鳞片】【坚硬】【过滤器】【坚岩】【有色眼镜】的代码，与气息头巾不再冲突
#21.修复了【无防御】特性对飞天遁地无效的BUG
#22.修复了【气魄】特性对瓦割无效的BUG
#23.完善了【适应力】特性的代码
#24.修改【恶臭】特性效果，攻击时10%几率使敌人害怕
#25.修改【正极/负极】特性效果，队伍中有正极或负极存在时都能提升1.5倍特攻
#26.修复了【挖沙/滑雪】特性会受到沙暴/冰雹伤害的BUG
#27.修复了【破格】特性部分情况下不能无视【鳞粉】的BUG
#28.修复了【坚硬】特性能抵挡连锁技，以及会有文字提示和道具消耗的BUG
#29.修复了【不屈之心】特性受到连锁技害怕时，可能提升多次速度的BUG
#30.修复了【复制】特性复制部分新特性出现乱码的BUG
#31.修复了【避雷针/引水/电引擎】特性在对应能力等级已满时受到攻击，仍会提示能力上升的BUG
#32.修复了【全力攻击】特性有时不能防止特效的BUG
#33.修复了【天然】特性目标读取错误的BUG
#34.修复了【正义之心】特性部分情况下无法发动的BUG
#35.修复了【降雪】特性发动时，文字提示错误的BUG
#36.修复了【下载】特性发动时，文字提示显示“耐热”的BUG
#37.修复了【洞察】特性读取道具时偶尔会发生错误的BUG
#38.修复了【引水】特性受到潜水攻击时出错的BUG
#39.修复了【坚硬】特性受到地球投、预知未来等技能攻击发动时，提示消耗道具的BUG
#40.修复了【全力攻击】特性携带命玉发动扣血的BUG
#41.修复了【正义之心/怒穴】等特性受到连锁技攻击时中止连锁的BUG
#42.完善了【紧张感】特性效果，出场时提示文字
#43.重写了【魔法反射】特性，可以反射撒菱等技能
#.新增加部分特性，具体对应如下：
H（D） 特性 H（D） 特性 H（D） 特性 H（D） 特性
66(102) = 舍身 67(103) = 干燥肌肤 68(104) = 耐热 69(105) = 太阳力量
6A(106) = 过滤器 6B(107) = 坚岩 6C(108) = 有色眼镜 6D(109) = 引水
6E(110) = 绿叶守护 6F(111) = 引爆 70(112) = 早足 71(113) = 千鸟足
72(114) = 强运 73(115) = 狙击手 74(116) = 怒冲经穴 75(117) =不屈之心
76(118) = 单纯 77(119) = 斗争心 78(120) = 气魄 79(121) = 适应力
7A(122) = 普通皮肤 7B(123) = 危险预知 7C(124) = 天然 7D(125) = 预知梦
7E(126) = 洞察 7F(127) = 花之礼物 80(128) = 轻身 81(129) = 破格
82(130) = 魔法守护 83(131) = 铁棘 84(132) = 防尘 85(133) = 食草
86(134) = 诅咒身躯 87(135) = 奇迹皮肤 88(136) = 紧张感 89(137) = 涡轮火花
8A(138) = 垓级电压 8B(139) = 木乃伊 8C(140) = 毒暴走 8D(141) = 热暴走
8E(142) = 分析
道具部分：
#1.修复了『竞争背心』引起游戏崩溃的Bug
#2.修改『电珠』效果，皮卡丘携带两攻都翻倍
#3.完善『空贝』效果，特性是【全力攻击】时不发动
#4.修复了『剧毒珠』不显示状态和其他一些BUG
#5.修改『树果NO.10：文旦果』效果，回复1/4体力（只对战斗中有效，训练师使用仍然回复30HP）
#6.追加『精神香草』效果，可以解除鼓掌、挑拨、寻衅和束缚状态
#7.修复了『剧毒珠/火焰珠』部分情况下对对手PM无效BUG
#8.修复了『气息腰带』能抵挡连锁技的BUG
#9.扩充了6个技能机器，可以设定对应技能和正常学习（还没有设置每个精灵的学习面）
#10.修复了携带『生命玉』打倒敌人后不能获得经验的BUG
#11.修复了『抗X果』对连锁技的每一击都有效的BUG
#12.修复了『气息头巾』和「忍耐」技能在不满血时发动无效的BUG
#.新增加一些DP道具，具体如下（注意编号不是连续的）：
气息腰带（75），力量头巾（76），博闻眼镜（77），达人腰带（78），
黑淤泥（73），光之粘土（74），漂亮蜕壳（52），广角镜片（57），
后攻之尾（58），粘性钩爪（59），生命玉（5A），巨大根茎（5B），
红线（5C），冰冷岩石（63），流沙岩石（64），灼热岩石（65），
湿润岩石（66），抗X果（E2~F2，一共17个），火焰珠（48），
聚焦透镜（3E），技能机器51~56（F8~FD），黑铁球（F5），
进化辉石（F6）
PS.
（1）抗X果的树果编号顺序和DP略有不同，只是为了编程方便，具体的大家自己体验吧。
（2）由于目前水平有限，暂未解决背包道具数量限制问题，所以可能放不下所有道具。所以没用的道具大家还是丢电脑里吧，还有树果也是。
（3）关于技能机器：对应技能的设置地址在01CA0000~01CA007F处，其中51~56号技能在01CA0074~01CA007F，每两个字节对应一个技能。初始默认值是0100 0200 0300 0400 0500 0600，对应技能编号1~6。按此格式相应修改即可。
（4）关于技能机器的学习面，目前只设定了前20个PM（No.001妙蛙种子~No.020拉达）可以学会全部6个新技能机（只是示例，并非真的这样设定）。有需要的玩家可参考我的另一个帖对其他PM进行相应的修改。
（5）先前的版本有少部分PM可以学会新技能机器，是ROM数据的随机因素所致，纯属不可预知的偶然现象。本次修改后的大部分PM（No.020以后）将无法学会新机器，但可以通过正常的设置使其学会。
BUG预告.
（1）生命玉有2个已知的BUG：
*双打时使用多体攻击技能，目标会变单体。
*使用连锁技击倒对面时，可能出现不发动扣血效果的BUG。
以上两种情况请慎用生命玉道具。
（2）红线有1个已知的BUG：
*红线效果发动时，无视攻击方的精神香草和迟钝特性，持续施加着迷状态
技能特效及其他：
#1.修复了发动「追击」后会减两防和速度的Bug
#2.修复了发动「创造胜利」特效后显示两次动画的Bug
#3.修复了物攻水/火系招式不享受天气加成的Bug
#4.修复了DP化「觉醒力量」是物攻的BUG，统一改为特攻
#5.追加「暴风雪」技能效果，冰雹天气下必中（特效编号DC）
#6.追加「高压电击」技能效果，10%几率敌麻痹（特效编号E2）
#7.修改「鼓掌」技能效果，持续时间固定3回合（后手4回合）
#8.修改「挑拨」技能效果，持续时间固定3回合（后手4回合）
#9.修改「束缚」技能效果，持续时间固定4回合
#10.修改「卷紧」等技能的束缚效果，持续时间4~5回合
#11.修改「能量储存」技能效果，追加两防提升一级
#12.修改「充电」技能效果，追加特防提升一级
#13.修复了「能量储存」使用次数已满后还能加两防的BUG
#14.修改几个商店NPC，可以出售新道具、树果和技能机
（漆黑的版本，全部新道具可在百货商店买到；绿改的树果和技能机请去相应NPC专卖店购买）
#15.修复了一击必杀技永远无法命中的BUG
#16.修改了「封印」技能使用条件，对手没有和自己相同的技能时也可以使用
#17.修改了「恨」技能使用效果，固定损失4PP
#18.修改了「吵闹」技能使用效果，持续时间固定3回合
#19.修改了「飞踢/飞膝踢」技能使用效果，未命中时自身损失最大HP的1/2
#20.修改了「拼命」技能使用效果，自身损失最大HP的1/4
#21.修改了「食梦」技能使用效果，不再无视毒液
#22.修改了「大爆炸」技能使用效果，防御方计算物防时不再减半
#23.扩充了图鉴信息，可以显示全部411只精灵
#24.扩充了定点教学技能（共支持96个定点教学），可以设定对应技能（目前只设置了前64个）。
#25.修复了特攻打物防技能效果发动时会死机的BUG
#26.修复了特攻打物防技能，伤害会受到烧伤和反射盾影响的BUG
#27.修复了「毒菱/隐蔽石砾/欺骗空间」等技能，战斗结束后效果会持续的BUG
#28.修复了「力量戏法/力量交换/防御交换/心灵交换」技能效果读取的BUG
#29.完善了「魔装反射」技能效果，可以反射撒菱、挑拨、鼓掌等技能
#30.修复了「王牌/榨取/惩罚」等技能，在混乱攻击自己时威力错误的BUG
#31.修改了训练师PM数据读取方式，可以自由设定训练师PM的性格、特性和等级浮动效果
PS.
（1）关于定点教学，对应技能的设置地址在01CA00C0~01CA013F处，每两个字节对应一个技能。目前只设置了0~63号技能，可根据需要在此地址后追加，也可以修改前面的（但不建议修改0~29号）。
（2）在未设置64号以后的技能之前，请勿尝试学习64~95号定点技能，可能造成不可预知的错误。
（3）关于定点教学的学习面，32~63号技能已经设置完成；64号以后的技能为随机数据；0~31号技能为原版ROM内置的，未经改动。需要对此进行修改或添加的请参考我的另一个帖。
#.新增加技能特效（注意是特效编号，不是技能编号）
DC = 暴风雪（追加冰雹天气必中）
DD = 羽栖（当回合失去飞行属性）
DE = 烦恼之种
DF = 报复（后行动则威力加倍）
E0 = 潮水（敌HP少于一半则威力加倍）
E1 = 不意打
E2 = 高压电击（追加麻痹效果）
E3 = 清醒拍打
E4 = 力量戏法
E5 = 力量交换
E6 = 防御交换
E7 = 心灵交换
E8 = 王牌（PP越少威力越大）
E9 = 榨取（敌HP越多威力越大）
EA = 惩罚（敌能力等级越高威力越大）
EB = 点穴
EC = 佯攻（无视保护，可解除目标保护状态）
ED = 液体圈
EE = 双刃头槌（伤害反弹1/2）
EF = 欺骗空间
F0 = 螺旋球（自身比敌速度越慢威力越大）
F1 = 毒菱
F2 = 隐蔽石砾
F3 = 啄食（消耗目标携带的树果并发动在自身）
F4 = 冰结吐息（必定命中要害）
F5 = 顺风
F6 = 重力
F7 = 杂耍（无携带道具时威力翻倍）
F8 = 浸水（使目标变成水属性）
F9 = 投掷
FA = 援助力量（自身能力等级越高威力越大）
PS.
（1）「王牌」「榨取」等威力不定技能，设置技能时技能威力数值请设定为1，否则威力计算会有错误。
（2）「佯攻」技能的布尔判定值，请设定为“对保护/见切有效”，否则技能无效。
1.9补丁
#1.修复了【引水】特性受到潜水攻击时出错的BUG
#2.修复了【坚硬】特性受到地球投、预知未来等技能攻击发动时，提示消耗道具的BUG
#3.修复了【全力攻击】特性携带命玉发动扣血的BUG
#4.修复了【正义之心/怒穴】特性受到连锁技攻击时中止连锁的BUG
#5.完善了【紧张感】特性效果，出场时提示文字
#6.重写了【魔法反射】特性，可以反射撒菱等技能
#7.完善了「魔装反射」技能效果，可以反射撒菱、挑拨、鼓掌等技能
#8.修复了「王牌/榨取/惩罚」等技能，在混乱攻击自己时威力错误的BUG
#9.修改了训练师PM数据读取方式，可以自由设定训练师PM的性格、特性和等级浮动效果
特性：木乃伊，毒暴走，热暴走，分析
道具：黑铁球，进化辉石
技能效果：投掷，援助力量
回答来自“漆黑的魅影团”副团长
望采纳
温馨提示：答案为网友推荐，仅供参考