2001年1月31日下午3时36分，日本航空907号班机（波音747-400D客机，注册号JA8904）载着411名乘客和16名机组成员，由东京国际机场起飞前往那霸机场。907号班机起飞后顺利地飞到静冈县烧津市骏河湾上空，并管制员批淮爬升到37,000英尺。
同一时间，日本航空958号班机（麦道DC-10-40型客机，注册号JA8546）正在准备降落成田国际机场。958号班机上载着237名乘客和13名机员，由釜山金海国际机场前往成田国际机场。另外，当时还有一班美国航空157号班机途经现场附近，并目击事件发生。航机从达拉斯-沃斯堡国际机场起飞，当时正前往关西国际机场。
下午3时55分，两飞机上的空中防撞系统（TCAS）的警报突然响起。两飞机上的飞行员面对防撞系统及管制员相反的指示，采取了不同的应对。907号班机机长遵照航管人员的指示下降，无视防撞系统要飞机上升的建议。而958号班机机长则按照防撞系统指示下降，结果两飞机的距离并没有拉开，反而越来越接近。
在千钧一发的时候，两飞机的机长根据目视判断而作出回避动作。907号班机机长决定加大飞机的下降率，而958号班机机长则停止下降，并转为爬升。结果，907号班机在958号班机的机腹下方仅仅掠过，两飞机通过航线交汇点的时候垂直距离为40米，成功避免了相撞。两飞机上共载着677人（包括机组人员），若两机相撞坠毁，将会成为世界上死伤最惨重的空中相撞事故。
但因为907号班机事发时机舱服务员正在向乘客派发饮料，飞机突然下降使部分机舱服务员与未有扣紧安全带的乘客撞向机舱顶部。另外，有部份乘客被翻侧的餐车上的热饮烫伤。结果事件导致907号班机上100人受伤，其中7名乘客和2名机员重伤，另外81名乘客和10名机员轻伤，而机舱内部亦受到轻微损毁。907号班机事后折返并在下午4时44分紧急降落在东京国际机场。至于958号班机则无人伤亡，飞机于下午4时32分安全降落在成田国际机场。
