各位动画党所说的“妹妹篇”，以及你们所看过的，是《魔法禁书目录》动画第一季的10~14集，一共5集的妹妹篇，讲述的是上条当麻遇到妹妹并偶然（实际上是必然但是不知情者看来是偶然）得知了“绝对能力者进化实验”以及计划背后的杀戮，进而查明了真相，凭借自身实力击败一方通行，阻止了“实验”的进行，并解救了近一万名御坂妹妹这样的故事。
这一部分在原作小说中是第三卷，接在炼金术师&吸血杀手篇之后，小说党的各位想必也有所了解了。
然而，《某科学的超电磁炮》这一魔禁的官方外传漫画中，妹妹篇自18话起至39话止（姑且不把大霸星祭中那一部分算在里面），讲述的是御坂美琴由于意外地（这里也可以看做是必然呢）遭遇布束砥信而得知了自己克隆体的存在，调查后原以为计划已冻结，却又遭遇到自己的克隆体并看着她被杀，对其产生了感情，同时也了解了“实验”的存在。知道打不过对手的美琴开始摧毁实验协力设施却徒劳无功，几乎下定决心以死来拯救妹妹们的美琴却遇到了知晓了计划的上条当麻并被他拯救的故事。
也许大家已经看出来了，魔禁中的这段情节是【上条当麻】的视角，而超炮中的这一段则是【御坂美琴】的视角，视角不同所看到的问题，经历都是不同的，所以这里的妹妹篇与魔禁中的妹妹篇是不同的。希望各位在观看过程中，能够去体会“御坂美琴”在那种情况下会有怎样的想法，而不是以上帝视角妄下断论。
至于时间轴，则是在魔禁中的妹妹篇稍微往前一点点，魔禁中上条当麻遇到的是御坂10032号，通称“御坂妹”，而超炮中美琴第一个见到的则是9982号，也是初次外出参加实验的妹妹。超炮中的这段情节在魔禁的“妹妹篇”开始之前，也就是第三卷与第10集之前。当然这里也有河马的打脸问题，在第一卷开头的铁桥上，美琴就已得知“妹妹计划”的存在，而漫画中这一段则是在“幻想御手”篇中，此时美琴只是听到流言而未得到确证，所以态度不必那么激烈……总之河马打脸我们也就只好喜闻乐见了……
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