土壤本身就含有一定量的重金属元素，其中很多是作物生长所需要的微量营养元素，如Mn、Cu、Zn等。当人吃了这些作物，这些微量元素经过吸收构成人体必需的微量元素，在人体内它们的主要功能是作为催化剂，即引起或增强酶的活性。如果人体中没有了这些微量元素，就会使人不适或是得病，甚至死亡。随着工业化进程的推进，有许多污染源中的金属可污染大气、水体、土壤及动、植物，这样就可以直接或间接地通过食物、蔬菜、肉类等途径进入人体并危及人类健康。过多的重金属含量在环境中污染会引起中毒，主要是慢性中毒。目前已有环境中镍、铍、铬、镉、钴、钛、锌、锰、铅、锡等微量元素引起病患甚至致癌的报道。
金属对食品的污染主要有两方面，一个是水，另一个是化肥。水的重金属污染和化肥制造中的残留。人和动物体可以通过食品，吸收并富集大量有毒重金属以汞、镉、铅最多。也包括一些具有一定毒性的一般重金属如锌(Zn)、铜(Cu)、钻(Co)、镍(Ni)、锡(Sn)等。虽然有些元素如铜、锌、锰等是人和生物体必需的微量元素，但这些元素在人体内含量过高也产生毒害。一般重金属都是通过食物链在生物体内浓缩放大，产生毒性效应的。在农业生产中，肥料的施用与食物链中重金属的累积也有密切关系。在自然条件下，毒性元素的分布比较恒定，对自然的生物过程并不构成威胁，但当它们被用于工业过程中时，大量进入人与生物的生存环境就扰乱了自然平衡。例如，工业排水所含的汞可能进入水系，经过自然生物过程变成神经毒素甲基汞(CH3—HgCl)。由于甲基汞生成的速度超过了降解的速度，它可在人所食用的鱼体内积聚。19世纪50年代发生在日本熊本县水俣湾附近的“水俣病”与“狂猫跳海”就是甲基汞所致。常用的肥料中，氮肥和钾肥中重金属含量很少，混杂有重金属的主要是磷肥以及一些含磷复合肥，多数磷矿石中含镉、磷矿提取磷时，大部分或全部镉都进入肥料中。