起义军各自为战，未能协调配合；人数虽多，却缺乏战斗经验，以致使东汉王朝能集中兵力各个击破。各地豪强地主利用宗族关系，组织地主武装与起义农民为敌，也增加了黄巾军的许多困难。波才领导的黄巾军因缺乏作战经验，依草结营，被皇甫嵩乘夜纵火偷袭，曹操、朱儁又协同进攻，使数万起义农民惨遭屠杀。
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黄巾军，是中国东汉末年 钜鹿人 张角所领导的大规模抗暴军队，于甲子年184年产生暴动，此 黄巾之乱规模为中国历史上最大的暴乱之一，由于暴民头裹黄巾，故作黄巾军，引发的暴乱不到一年就被东汉王朝所平定，历史上都把黄巾之乱作为三国时代的开端。
东汉末年，因朝廷和地方政令混乱不堪，农民生活困苦。有见及此，张角、张梁、张宝兄弟三人于魏郡，用法术、咒语到处为人医病，许多生病的百姓喝下他的符水后，都不药而愈，张角被百姓奉为活神仙，张角又派出八使到外传教。
因此，追取的信徒愈来愈多，甚至高达数十万人，遍及青、徐、幽、冀、荆、扬、兖、豫八大州，几乎占了当时全国的四分之三。许多人为了投奔张角，不惜变卖家产，千里迢迢，争先恐後，沿徒挤得水洩不通，据说半途被踩死就有万多人。
参考资料：百度百科-黄巾军
黄巾军失败原因如下：
第一，起事仓促，起义之初便被叛徒出卖。导致里应外合之战略计划失败，张角被迫提前举事。
第二，农民起义军根本没有正确的战术战法，领导人基本不具备军事才能。没有战略首脑，起义的军队虽然人数庞大，但黄巾军的力量并未集中到一个点上。导致黄巾军各自为战，彼此孤立行动不能给汉政府致命一击。
第三，“本是同根生，相煎何太急”。农民起义军本来是贫苦百姓自己的队伍，对于杀官吏诛暴卒，这是他们反抗的必经之事。不过对待同为受压迫的农民，他们也为了一己之私欲而大力屠戮。相比于过去的腐败官府来说，他们是有过之而无不及。没有后方兵员支撑，没有基地建设组织后勤。
黄巾军主力皆为农民，仍然秉持着日出而作日落而息的生活作战规律。这在兵者诡道的非常时期如何能不败，最重要的一点是黄巾军没有一个根本的政治，治国理想。他们只是做了旧时代的破坏者，而没有想过，也没有能力想过如何建立新时代。自身缺陷再加上残酷的外在环境，使黄巾起义最终归于失败。
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公元184年的东汉朝廷，在宦官外戚的专权之下，政治黑暗，社会腐败，加上连年的灾害，导致百姓生活在水深火热之中，民不聊生。国家如此，上不顾百姓安危，逼得百姓最后在张角的带领下发动了对汉室朝廷的起义叛乱。因为起义的军队每个人都头盖黄色头巾，所以称为黄巾起义。
黄巾起义原本是定在这一年的三月份，各州郡一同发动，但是被叛徒唐周出卖，消息走漏，洛阳的起义就此被扼杀在摇篮中。这让张角不得不提前一个月，在二月就发动了这场起义。
由于事先有所准备，所以在英勇善战的张角三兄弟带领下，起义军取得了惊人的战果。但是在攻城后的黄巾军占据城池，各自为战，这为后来黄巾军的失败埋下了隐患。
参考资料：百度百科——黄巾起义
本回答被网友采纳黄巾军失败的原因：
1、兵虽多而不精
黄巾军虽号称数十万人，但兵虽多而不精，缺乏战斗力。相比之下官军士卒精锐，训练有素，加上器械精良，在战斗力上占有优势。而且起义军分布在全国各地，没有迅速集结起来，被东汉王朝抓住机会，把起义军主力部队各个击破。
2、没明确的政治目标
黄巾军说白了就是农民起义，宗教色彩的农民起义，所谓官逼民反，造反是为了吃饭，为了自己的小利益，没有长远的目光看待社会的发展方向，缺乏局限性。
3、黄巾军指挥调动不统一
大多各自为战，最后被各个击破。装备素质完全不能和正规军比。起义爆发后，镇压黄巾军不仅有庞大的东汉官军，而且还有各地豪强的大小武装，他们面对的是整个地主阶级的疯狂镇压，最终寡不敌众，终于失败。
4、将虽勇却缺乏经验
起义军将领缺乏带兵和战斗经验。波才不懂布阵扎营先胜后败，张梁只懂得硬打拼，被官军偷袭。其他将领如张曼成、赵弘等只知固守一城一池，不懂得运用灵活的战术。而官军将领如卢植、皇甫嵩、朱俊、曹操等都很有军事才能。
5、起义军对敌人的力量估计不足。
为了对付黄巾军汉灵帝下令解除党禁，起用党人。整个地主阶级都动员起来，向起义军举起了屠刀。冀州，颖川，南阳的起义军主力在中平元年十一月，终因敌我力量相差悬殊，和军事指挥错误，奋斗十个月而失败了。张角病死，张宝，张梁阵亡，主力被消灭。但是余部又坚持斗争十余年。
黄巾军没有建立根据地的根本原因是思想认识没有那么完备，同时物质条件、组织能力也不完全成熟，这才导致了最后的被镇压。
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黄巾军失败的外在原因：
1、百姓因素：
黄巾军不同与李自成之类的农民暴动，由于黄巾起义是一种教徒具众起义，并没有广大老百姓的支持，虽然号称＂苍天已死黄天当立，岁在甲子，天下大吉＂但是黄巾起义军并没有给人民带来一点好处，他们对所攻占区域实行了烧杀抢掠，破坏社会生产，反而给人民带来苦难，舆情与理都应该铲除，失败是必然，缺乏百姓支持是失败的主要原因。
2、敌人因素：
当时的东汉虽然腐败，但仍有相当的经济和军事力量，而黄巾军成员大多是农民，并没有经过正规的军事训练，其将领水平同样参差不齐，调兵运粮、兵法谋略等能力和正规将领不在一个档次，一开始或许能打官军一个措手不及占点便宜，但对峙时间一长劣势就会尽数显露出来。所以他们只能一定程度撼动东汉政权，而不能一口气将其推翻，最终还是步入了前人栽树后人乘凉的结局中。
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本回答被网友采纳4.还有各地豪强世族都有自己的谋算，开始黄巾乱，大汉还是由集权的，为了对付黄巾，只好对大家族妥协，最后大家族都起来割据了，这割据的就都是自己的地盘了，当然不能让黄巾胡来了，所以就同朝廷一起打黄巾，这帮人是真正拥有群众基础的
二:各地黄巾军没有统一指挥缺少联动。黄巾军的主力分散在巨鹿、南阳等地，但黄巾军各自为战，一方战败另一方也不来支援。以至于经常被朝廷及诸侯各个击破。
三:军队纪律差，未联合各诸侯。黄巾军在攻破城池后往往会对各地的土豪诸侯进行烧杀抢掠，没有军队纪律，且这样得罪了各诸侯，使得自己树敌太多。
四:黄巾军人数虽众，战斗力却很差。因为黄巾军的组成人数里很多是吃不起饭的农民，缺少军事训练，战斗力很有限。