我也遇到和楼主类似的问题，我说说我解决该问题时用的方法：
输入法不见了有两种情况：
现象1、盗号木马以感染输入法相关的系统文件为依托绕过普通安全软件的检查，达到盗号牟利的目的。通常的杀毒软件、防火墙都不会对系统文件进行监控，所以让不法分子有机可乘选择了这个偏门的文件进行替换。
现象2、Ctfmon.exe是windows系统中语言模块的重要文件，如果删除或损坏，就会导致输入法不见了这一问题的出现。需要手工修复才能解决。
修复方法：
1.如果发现系统中有输入法不见了，输入法图标不见了以及系统文件丢失，损坏等现象使用可牛杀毒系统文件修复工具，恢复输入法相关的系统文件。
2.这时您的系统中很有可能还残留有木马病毒，请使用可牛杀毒进行彻底的木马清除工作。
可牛杀毒系统文件修复工具：
http://sd.keniu.com/zt/ztsrfbj.html