避走金门
隆武政权灭亡后，郑成功避走金门，然后开始于沿海各地招兵买马、收编郑芝龙旧部，更在南澳募集了数
郑成功塑像[10]
千兵力；同年十二月（1647年1月），郑成功在小金门（今日金门县烈屿乡），以“忠孝伯招讨大将军罪臣国姓”之名誓师反清。
1647年（永历元年）七月，郑成功会同郑彩部队攻打海澄，失败；八月，郑成功又与郑鸿逵部合围泉州府城，清漳州副将王进率援军至，郑军不敌败退。
1648年（永历二年），南明浙江巡抚卢若腾等人来归，郑成功蓄积实力后再次出击，攻克同安县。五月，郑军围攻泉州；七月，清朝靖南将军陈泰、浙闽总督陈锦、福建提督赵国祚等转而攻击同安，郑军不敌，守将、军民死伤无数。不久，清朝援军抵达泉州，郑成功乃解泉州之围，怆然退回海上。同年，清朝江西总兵金声桓、王得仁于江西起兵反清，清朝广东提督李成栋亦投向永历政权，使反清复明的声势一时大涨；只可惜各方反清势力在彼此没有默契、各自为政的情况下，大多沦为地方性的抗争。不久后，清廷压制了江西的金声桓、王得仁势力；广东李成栋军亦于次年（1649年）灭亡。
1649年（永历三年，清顺治六年），郑成功改奉永历年号为正朔；永历帝即册封其为“延平王”（郡王），从此亦有人称成功为“郑延平”。
潮州之役
清军入关之际，闽南地区呈现混乱的局面，除了明、清的官方部队以外，到处都有土豪、山贼拥据城寨，相互争并，并且就近向百姓课收钱粮，宛如军阀；相较于这些地方势力，郑成功拥有较完善的军备，但却也因为军队太庞大，而领土太少，面临筹集粮饷的重大问题。1649年（永历三年）十月，郑成功决定挥兵南下，除打击闽南清军外，也打算沿路收服各地的城寨以为粮源。一个多月下来，从清军手上攻取漳浦、云霄等地，亦平定了达濠、霞美等寨；十一月，郑军攻诏安不克，乃决定转入粤东，经分水关至潮州一带征讨不合作的零星势力；至隔年五月之间，又第次收服了潮阳以及周边许多山寨。
潮州守将郝尚久虽已于1648年（永历二年）随李成栋反清，但曾袭击施琅、郑鸿逵等部，也曾拒绝郑成功“联军”的要求，并在郑军攻打新墟寨时派兵与之为难，与郑成功素有嫌隙。
1650年（永历四年）六月，郑成功军队行抵潮州，便以郝尚久立场“不清不明”为由，出兵击之；郝部不敌，退守府城，揭阳、普宁、惠来等县尽入郑军之手。不久，清军再次攻入广东；郝尚久背腹受敌，负气降清，引清军入潮州城以抗郑军。郑军围困潮州城三月不克、士气低落，又面临粮饷接济问题，只得于八月解潮州围退回闽南。
厦门失守
郑成功故里南安
1650年（明永历四年，清顺治七年），郑成功族叔（一说族兄）郑彩、郑联的军队领有厦门。郑成功退回闽南之后，为了拓展实力乃借口郑联在厦门横征暴敛、使民不聊生；采取施琅的献策，用计图取厦门。同年中秋，郑成功趁着郑彩离开厦门的时机，前往厦门拜访郑联，郑联大意并未设防，惨遭刺杀身亡。不久，郑彩得知郑联的死讯，更加不敢与郑成功作对，回到厦门便将兵权都交了出来；郑成功自此接收了郑彩、郑联大部分的部队，并且实际取得厦门、金门作为根据地。
1650年农历十一月，清平南、靖南二王率数万铁骑攻入广州；郑成功奉敕南下勤王，令叔父郑芝莞留守厦门。十二月，郑成功抵广东揭阳，与郑鸿逵会师；两人商讨后，决定由郑成功继续率军南下勤王，而郑鸿逵则移师往厦门协防。同年，鲁王在阁部曾樱等人陪同下，来到厦门投靠郑成功，被安置在金门。
1651年（明永历五年，清顺治八年）正月，郑成功抵南澳。二月二十五日，郑军舰队于盐州港附近遭遇风暴，郑成功的主船险些解体、翻覆，几乎所有船上器具，包括鼎灶都一并丢失；据记载当时船上甚至连食物都无法准备，郑成功本人也连饿两餐。直到隔天下午风雨渐歇，郑成功的主副座船才得以回到岸边与舰队会合。此乃郑成功本人于海上遭遇最大的一次凶险，事后郑成功也重赏主副中军船的两位驾驶。
1651年农历三月，郑军抵达广东大星所（今广东惠东）。另一方面，清福建巡抚张学圣得知郑成功的主力军队已经前往广东，厦门防务松散，似有可趁之机；乃命令马得功、王邦俊等趁虚攻击厦门。马得功挟持身在南安的郑芝豹，命其交出船舰渡载清军往厦门，并且顺利在海面上击败郑军。面对清军来袭，负责厦门防务的郑芝莞未战先怯，只顾著将财物搬运至私人船上逃亡；使得清军相当轻松就攻破厦门，并将郑家的积蓄、装备掠夺一空。由于事出突然，董夫人与郑成功长子郑经只来得及携带祖宗牌位避于海上逃过一劫。清军侥幸偷袭得逞之后，却没打算留在厦门与郑军决战，于是满载战利品即返回内陆。这时赶赴厦门支援的郑鸿逵，正好于海面遭遇返航之马得功部队，将其围困，却被马得功威胁将害其母、兄（郑芝龙）性命，无奈之下只好放走马得功。不久，郑成功于广东得知了厦门遭袭击的讯息；原本他仍坚持继续南下勤王，但终因上下将士思归，哭声遍闻，乃不得已班师回厦门。收复厦门后，郑成功追究起责任，将怯战以逃的叔父郑芝莞斩首；而放走马得功的郑鸿逵则交出兵权、自请退隐东石镇白沙，不再过问政事。同年农历五月，郑鸿逵麾下大将施琅擅自处决郑成功部将曾德，郑成功以此为由欲诛施琅全家。施琅虽在友人帮助下逃脱，但父亲、胞弟均被处死。从此，施琅与郑成功结下大仇，决定再度降清。
漳州、海澄之役
1651年（明永历五年，清顺治八年）下半年，郑军在闽南小盈岭、海澄（今龙海市）等地战斗，获得了磁灶战役、钱山战役和小盈岭战役的胜利，克复平和、漳浦、诏安、南靖等地。年底，包括定西侯张名振等人皆来投靠，使郑军的声势愈形高涨。
日本人所绘的“郑成功夫妇画像”[11]
1652年（明永历六年，清顺治九年）农历正月，清海澄守将赫文兴向郑成功投降。二月，郑军攻长泰，清朝派遣陈锦率大军前往救援；两军于江东桥展开大战。郑成功仗着对闽南地形较为熟识，在江东桥附近安排了许多伏兵，大败陈锦，歼灭多数清军，取得江东桥战役的胜利。不久即攻下长泰。
攻克长泰之后，郑成功集结大军进攻漳州府城，将之层层包围。四月，清朝为解漳州之围，于是募集百艘船舰进犯厦门，攻郑成功所必救。郑成功遂派陈辉、周瑞等率领百余艘战舰迎击，于崇武大败清军，取得崇武战役的胜利。郑军在海上大捷，因而对漳州城的施压没有稍减；然而漳州守军亦相当顽强，使得围城的势态持续超过半年。
几个月下来，漳州城内的水粮已竭，士卒、百姓饿死者不计其数。据说当时，城中军民互相争夺食物，即使家中有食物者也不敢烹调，因为一旦被发现燃起炊烟的人家就会被抢，更传说有人吃人肉的惨况发生，史载“城中人自相食，百姓十死其八，兵马尽皆枵腹”。同年九月，清军将领固山额真金砺率领了万人大军开抵福建，进入泉州府；郑成功才下令解除漳州之围以待敌军。郑成功将部队布置于江东，欲用击败陈锦的同样方式，来伏击金砺军，但却遭金砺固山识破，两军展开混战，郑军提督黄山、礼武镇陈俸、右先锋镇廖敬、亲丁镇郭廷、护卫右镇洪承宠都在激战中阵亡。郑军于交战失利后，只能撤退以确保海澄、厦门的安全。清军趁胜收复南靖、漳浦、平和、诏安四县。
1653年（明永历七年，清顺治十年）农历四月，金砺进犯海澄，与郑成功展开激烈战斗。在清军的猛烈炮火之下，郑成功部队损失惨重，许多部将战死；郑成功见军队士气低落，亲临阵前喊话，也险遭炮击。五月，郑成功侦知清军火药钱粮不继，于是诱敌决战，趁清军大举渡河之际，以火攻大破金砺，取得海澄战役的胜利，海澄得保安全。海澄战役以后，金砺被清廷召回京师，双方再度处于相持局面。
力拒清廷
1653年（明永历七年，清顺治十年）农历五月，清军两度大败后，顺治帝敕封郑成功为“海澄公”，郑成功不接受。八月，双方与泉州府安平报恩寺内议和，郑军得以休兵筹措粮饷，稍事整顿。十一月，顺治帝再度敕封，并承诺给予一府（泉州府）之地安置兵将，郑成功仍不接受。
郑成功画像
1654年（永历八年，清顺治十一年），定西侯张名振见清军已将军力集中于福建，则江、浙等地防务势必空虚；于是乃向郑成功请师，率领百艘战舰北上，图取江南地区。张名振的北伐之师沿长江进攻，直达金山寺，威胁南京城；但因后援接济不及，只得回师。二月，清廷再遣使与郑成功，承诺给予兴化、泉州、漳州、潮州四府地方；郑成功以“兵马繁多，非数省不足安插”为由，再拒绝之。八月，清又遣使往议；郑成功的亲弟郑渡、郑荫也在使节之中。郑成功称“清朝没有诚意”，并谓“我一日未受诏，父一日在朝荣耀”，又一次拒绝清朝提出的条件，坚持抗清。
1654年，南明西宁王李定国与郑成功联系，希望从东、西合力进攻广东，则明朝势力得以合流；若再沿长江北伐，攻赣、皖、苏各省，则复兴大业有望矣。郑成功派林察、周瑞督军西进，却因故延误了与李定国的约期；致使李定国孤军奋战，虽克复肇庆，却于广州城外大败而回。李定国本来对与郑成功会师北伐，抱有很大期待，甚至促成李、郑连姻来巩固盟谊；但却因郑成功屡愆军期而误了大事，李定国对此相当失望。同年清朝漳州协守刘国轩向郑成功投降，引郑军进入漳州府城；漳州总镇张世耀见大势已去，与以下官员尽皆向郑军投降。十二月，郑军分兵进击，拿下同安、南安、惠安、安溪、永春、德化诸县，军队进入兴化地方。
1655年（明永历九年，清顺治十二年），因为永历帝和郑成功势力相隔遥远，特准郑成功设置六官及察言、承宣、审理等官方便施政，同时允许他委任官职，武官可达一品，文职可达六部主事。郑成功每次拜封官员，都请宁靖王朱术桂等明朝宗室在旁观礼，以示尊重体制。郑成功同时将厦门（当时称中左所）改名为“思明州”，并建造演武亭，以便亲自督察官兵操练。
1655年九月，清朝定远大将军、郑亲王世子济度率三万大军入闽，会同驻闽清军，准备进攻厦门。郑成功巩固金门、厦门的防御。与此同时，还派遣部将率领舟师两路进击，一北上浙江，一南下广东，令清军腹背受敌、难以兼顾头尾。北上郑军连战皆捷，攻入舟山；南下郑军虽一度攻取揭阳，却遭到清援军击溃，死伤惨重。隔年四月，济度调集各路水师进攻厦门，于围头海域遭郑军痛击，清军大败而归。郑军取得泉州战役的胜利。1656年（永历十年）十二月，郑成功部队又在闽东北取得护国岭战役的胜利。
南京之役
参见：郑成功北伐
1658年（永历十二年，清顺治十五年），郑成功统率水陆军十七万
郑成功北伐
与浙东张煌言会师，大举北伐。大军进入长江之前，于羊山海域遭遇飓风，损失非常惨重，只得暂且退回厦门。
1659年（明永历十三年，清顺治十六年），郑成功再次率领大军北伐，会同张煌言部队顺利进入长江，势如破竹，接连攻克镇江、瓜洲，接连取得定海关战役、瓜州战役、镇江战役的胜利，包围南京，开始了江宁白土山之役。张煌言部亦收复芜湖一带十数府县，一时江南震动。后因郑成功中清军缓兵之计，意外遭到清军突袭，致使郑军大败，损兵折将，包括甘辉、万礼、林胜、陈魁、张英等大将皆死于是役。郑成功兵败后，试图攻取崇明县，做为再次进攻长江的阵地，却久攻不克，只好全军退回厦门。南京之战可说是郑成功生涯当中最辉煌及最重要的一役，却是先盛后衰，以大败收场，使郑成功的反清大业受到致命挫折。
1660年（明永历十四年、清顺治十六年），在福建海门港（今龙海东）歼灭清将达素所率水师四万余人，取得厦门战役的胜利，声威复振。
驱逐荷夷
自从1647年1月在小金门起兵抗清后，郑军转战浙、闽、粤等行省东南沿海，多次帮助明朝宗室与民众
热兰遮城复原模型
渡海定居台湾及东南亚各地。此外，郑成功让华商领取郑府令牌和“国姓爷”旗号，以帮助保护华人在海外经商时的安全；当时确有很多海外华商采取此法，而得以安全出海经商。然而，统领数万人的大军抗清，却始终无法取得较大的根据地，郑成功被迫必须通过海外贸易筹备粮饷。[12]
北伐南京失败后，郑成功所部元气大伤，并且面临军粮不足的问题；为了解决大军的后勤给养问题，郑成功决定听从何斌之建议收复由荷兰殖民主义者侵占的台湾岛。
1661年4月（永历十五年农历三月），郑成功留下儿子郑经防守厦门、金门，郑成功亲率将士二万五千、战船数百艘，自金门料罗湾出发，经澎湖，横渡台湾海峡，向台湾进军。荷兰于台岛西南建有两大防御要塞，一为位于大员（今台南市安平区）的热兰遮城（Fort Zeelandia），二为位于台江内陆赤崁地方（今台南市中西区）的普罗民遮城（Provintia）。24日，大军进入澎湖海面，狂风暴雨，突然袭来。为了早日完成光复大业，在极端恶劣的气候条件下，成功传令大军连夜破浪前进。郑成功的大军在一个海水涨潮的夜晚，同年四月初一，郑军经由鹿耳门水道进入台江内海并于禾寮港（今台南市北区开元寺附近）登陆，意图先求取防御薄弱的普罗民遮城。随后郑军在台江海域与荷兰军舰展开海战，击沉荷军舰赫克特（Hector）号，取得台江内海控制权，并同时在北线尾地区击败荷兰陆军，以优势兵力包围普罗民遮城。不久，于四月初五即迫使普罗民遮城守军出降。在取得普罗民遮城做为据点之后，郑军随即由海、陆两面围困热兰遮城。由于考虑到两万大军的粮饷调度不易，郑成功并没有做持久战的打算，一开始即对热兰遮城施压，试图胁迫荷兰军队投降。遭荷兰大员长官揆一（Frederik Coyett）拒绝其投降要求之后，郑成功一度下令强攻热兰遮城，却遭遇荷军极顽强抵抗，郑军损失惨重。由于强攻不下，加之大军粮食短缺，使得郑成功被迫改变策略，派出大部分的军队至南北各地屯田、征收钱粮，以解大军乏粮的燃眉之急，对热兰遮城改采长期包围的战略。
1661年五月初五，郑成功改赤崁为“东都明京”，设承天府及天兴、万年二县。敌军守将描难丁战败投降。于是
郑成功收复台湾[13]
成功留部将杨朝栋守赤嵌楼，亲自率军乘胜进攻赤嵌城（荷兰殖民者在台南建筑的“王城”）。郑成功写了一封信给荷兰殖民头目台湾总督揆一，要他投降。信中有这样几句话：“然台湾者，早为中国人所经营，中国之土地也。……今予既来索，则地当归我。”明确地指出中国人民收复失地是不可磨灭的真理。然而侵略成性的揆一，仍然企图据险顽抗，成功命令大军把赤嵌城严密包围起来，发炮向城里进攻。赤嵌城附近的高山族人民都来欢迎和援助郑成功，城里的汉人也给郑成功传递消息，殖民者的命运完全控制在郑成功的手中了。
赤嵌城被围困了七个多月，敌军官兵死伤一千六百多人，最后敌军水源被我切断，揆一黔驴技穷，只好扯起白旗，宣告投降。荷兰殖民者在死亡之前，依然企图进行绝望的挣扎，1661年（明永历十五年）七月，荷兰从巴达维亚调遣的援军抵达大员，
郑成功台南铜像
除了六百多名士兵、十一艘军舰以外，增援部队亦为热兰遮城带来大量补给品与火药。时郑成功的军力仍分散台湾各地实行任务，驻守于大员以及普罗民遮城市镇的军力预估不到三千，遂使荷兰军重新燃起反扑的希望。七月中旬，停泊于外海的荷兰援军遭遇强风侵袭，被迫离开大员海岸，前往澎湖躲避风雨；其中荷兰军舰Urck号不幸搁浅，船上人员皆遭郑军俘虏。此一变故，使郑军获得整备的暂机，待荷兰军舰于八月回到大员海域时，郑军虽未能调回多数兵力，却已然完成作战的准备。八月中旬，荷、郑两军于台江内海展开激烈海战，郑军大获全胜，击沉一艘荷兰军舰，并夺取船只数艘，自此荷军丧失主动出击的能力。十二月，日耳曼裔荷兰士官Hans Jeuriaen Rade叛逃，郑成功在其提供之情报的帮助下，炮轰击毁热兰遮城的乌特勒支碉堡，使热兰遮城之破终成定局。十二月初八，荷兰大员长官揆一修书予郑成功，表示同意“和谈”。敌人在投降条约上签了字。在十二月二十日向郑成功屈服，揆一率领残敌五百人狼狈退出我国领土台湾。沦陷了三十几年的台湾，从此重又回到祖国的怀抱。
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