商业银行可以通过以下三个渠道进行跨境人民币资金的清算和结算：一是清算行模式。经人民银行和香港、澳门金融管理局认可，港澳人民币业务清算行是中银香港和中国银行澳门分行，分别在人民银行深圳中支和珠海市中支开立人民币清算账户后，直接通过人民银行跨行支付系统与境内银行传递清算信息，并通过其开立的人民币结算账户与境内银行进行跨境人民币资金的清算与结算。境外参加银行经由港澳人民币清算行，完成人民币业务的最终清算。港澳人民币清算行可以进入银行间外汇市场进行人民币平盘交易，也可以通过全国银行间同业拆借市场拆入和拆出资金，拆入和拆出资金的余额均不得超过该清算银行所吸收人民币存款上年末余额的8％，期限不得超过3个月。二是代理行模式。境外人民币业务参加行在境内代理银行开立清算账户（即人民币同业往来账户），当跨境资金通过代理行模式清算时，境外参加银行首先通过SWIFT系统将资金收付信息传递至境内代理银行，境内代理银行通过人民银行跨行支付系统或行内清算系统代理境外参加银行办理资金汇划，境内代理银行借贷记人民币同业往来账户，完成与境外参加银行之间的资金结算。境内代理行对境外参加银行开立的账户设定铺底资金要求，并为境外参加银行提供铺底资金兑换服务。在人民银行确定的限额内向境外参加银行购售人民币，人民银行对购售业务实行年度人民币购售日终累计净额双向规模管理。境内代理银行可为在其开有人民币同业往来账户的境外参加银行提供人民币账户融资，用于满足账户头寸临时性需求，境内代理银行对境外参加银行的账户融资总余额不得超过其人民币各项存款上年末余额的1%，融资期限不得超过1个月。三是非居民账户(NRA)模式。经人民银行当地分支行核准，境外企业可申请在境内银行开立非居民银行结算账户，直接通过境内银行行内清算系统和人民银行跨行支付系统进行人民币资金的跨境清算和结算。非居民账户为活期存款账户，该账户不得用于办理现金业务，确有需要的，需经中国人民银行批准。也不得将账户内的资金转换为外币使用，另有明确规定的除外。
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