第1个回答 2013-08-30
目录：
600 梦中遇见河童（前篇）
601 梦中遇见河童（后篇）
602 潜伏在网球场的恶魔◆
603 降灵会双重密室事件（第一密室）◆
604 降灵会双重密室事件（第二密室）◆
605 降灵会双重密室事件（密室开放）◆
606 法庭的对决Ⅳ 陪审员小林澄子（前篇）◆
607 法庭的对决Ⅳ 陪审员小林澄子（后篇）◆
608 背叛的白色情人节（前篇）
609 背叛的白色情人节（后篇）
610 被害者是工藤伸壹 X
611 犬伏城 炎之魔犬（鬼火之章） X
612 犬伏城 炎之魔犬（足迹之章） X
613 犬伏城 炎之魔犬（公主之章） X
614 日记演奏的秘密（前篇）
615 日记演奏的秘密（后篇）
616 福尔摩斯的默示录（名侦探的弟子） S
617 福尔摩斯的默示录（Love is 0） S
618 福尔摩斯的默示录（撒旦） S
619 福尔摩斯的默示录（Code break）
620 福尔摩斯的默示录（草场女王）
621 福尔摩斯的默示录（0 is Start） S
622 紧急事态252（前篇）
623 紧急事态252（后篇）
624 初恋的视频信件
625 惊叫手术室（前篇）
626 惊叫手术室（后篇）
627 柯南基德的龙马宝物攻防战（前篇） K
628 柯南基德的龙马宝物攻防战（后篇） K
629 宣传片拍摄事件（前篇）◆
630 宣传片拍摄事件（后篇）◆
631 花时钟知道一切◆
632 时间守护者的剑（前篇）
633 时间守护者的剑（后篇）
634 犯罪现场在超狭小的店◆
635 减肥时要当心◆
636 世界上最想学习的课程事件（前篇）◆
637 世界上最想学习的课程事件（后篇）◆
638 在红叶御殿解开谜题（前篇）◆
639 在红叶御殿解开谜题（后篇）◆
640 8枚素描记忆之旅（冈山篇）◆
641 8枚素描记忆之旅（仓敷篇）◆
642 和歌纸牌千钧一发（前篇）
643 和歌纸牌千钧一发（后篇）
644 好吃得要死的拉面（前篇）
645 好吃得要死的拉面（后篇）
646 幽灵旅馆的推理对决（前篇）
647 幽灵旅馆的推理对决（后篇）
648 侦探事务所笼城事件（勃发）
649 侦探事务所笼城事件（狙击）
650 侦探事务所笼城事件（解放）
651 柯南VS平次 东西侦探推理对决★ F/X
652 毒与幻的设计（EYE） X
653 毒与幻的设计（S） X
654 毒与幻的设计（Poison） X
655 毒与幻的设计（Illusion） X
656 博士的视频网站（前篇）
657 博士的视频网站（后篇）
658 巧克力的炙热陷阱◆
659 与初恋的共同搜查（前篇）
660 与初恋的共同搜查（后篇）
661 小五郎是好人（前篇）
662 小五郎是好人（后篇）
663 追逐深山锹形虫◆
664 名犬库儿的功劳2◆
665 疑惑的姓名首字母K◆
666 雨夜的恐吓犯◆
667 婚礼前夕（前篇）
668 婚礼前夕（后篇）
669 黑暗塔的秘宝（前篇）◆
670 黑暗塔的秘宝（后篇）◆
671 侦探们的夜想曲（事件）
672 侦探们的夜想曲（诱拐）
673 侦探们的夜想曲（推理）
674 侦探们的夜想曲（波本）B
675 一丁点都不原谅（前篇）
676 一丁点都不原谅（后篇）
677 没有脚印的沙滩◆
678 长崎谜之剧场（幕末篇）◆
679 长崎谜之剧场（现代篇）◆
680 仙人掌狂想曲◆
681 以性命为赌注的恋爱转播（转播开始）
682 以性命为赌注的恋爱转播（走投无路）
683 以性命为赌注的恋爱转播（现场突入）
684 泡沫、蒸汽和香烟（前篇）
685 泡沫、蒸汽和香烟（后篇）
686 装载了定时炸弹的汽车◆
687 无人能解的冰之陷阱◆
688 高木警官捡到3000万◆
689 来自委托人的信息◆
690 工藤优作未解决的事件（前篇）
691 工藤优作未解决的事件（后篇）
692 隅田川的夜樱风景线（前篇）◆
693 隅田川的夜樱风景线（后篇）◆
694 老字号中消失的点心◆（与M 17《绝海的侦探》的联动故事）
695 葡萄园里的玫瑰花◆
696 花坛破坏者的阴谋◆
697 女校的窗户◆
698 不会吧！UFO坠落事件◆
699 逼近灰原秘密的黑影（前篇）
700 逼近灰原秘密的黑影（后篇）B
701 漆黑的特快列车（发车）B/K
702 漆黑的特快列车（隧道）B/K
703 漆黑的特快列车（交叉）B/K
704 漆黑的特快列车（终点）B/K
705 密室中的柯南 B
706 在波本面前解谜 B（2013年8月17日播出）
707 被陷害的名侦探◆（2013年8月31日播出）
708 慢慢落下的男子◆（2013年9月7日播出）
主线：
616-621福尔摩斯的默示录（新一第四次恢复，并向兰告白。工藤夫妇知道灰原哀是APTX4869的研发者。）
622-623紧急事态252（阿笠博士被绑架，片尾灰原哀再次对冲矢昴表示强烈怀疑。）
646-647幽灵旅馆的推理对决（世良真纯登场）
651 柯南VS平次 东西侦探推理对决（茱蒂、卡迈尔在看到世良的照片后表示世良“很像某个人”，而詹姆斯则一眼看出世良是女孩子。）
656-657博士的视频网站（世良看到博士视频中印出来的灰原哀的影子，并向光彦、元太打听了“博士家的小女孩”（即灰原哀）、邻居（即冲矢昴）的情况。并对着冲矢昴的窗户说：“我还以为是谁随随便便地住进来了呢，不过现在看起来真是杞人忧天了啊……”最后世良将视频中意外拍到的灰原影像在电脑中删除。）
667-668婚礼前夜（安室透登场，成为小五郎弟子。）
671-674 侦探们的夜想曲（冲矢昴脱口而出的一句“不要露出那种表情”，似乎让灰原感到相当在意。Vermouth给波本打电话，安室透，冲矢昴，世良真纯同时接到电话）
675-676 一丁点都不原谅(灰原回想起冲矢的那句“不要露出那种表情”，和曾在组织卧底的诸星大（即赤井秀一）的用语十分相似。世良真纯对工藤新一似乎早有了解，对灰原哀表现出兴趣，并关注伤疤秀一)
681-683 以性命为赌注的恋爱转播（结尾处安室透为高木的指导警官伊达扫墓，暗示两人曾是朋友)
684-685 泡沫、蒸汽和香烟（灰原的举动和二人对话表示，冲矢的颈部隐藏着某个秘密）
690-691 工藤优作未解决的事件（冲矢昴举止可疑，世良在房间中发现了女性线索，最后世良含泪回望柯南和兰，说：“果然我是个坏孩子呢。”）
699-700 逼近灰原秘密的黑影（侦探团被困，灰原迫不得已服解药恢复身体，被光彦拍下视频，被世良、安室、冲矢看到。）
701-704 漆黑的特快列车（世良真纯，安室透身份揭晓。黑衣组织再次出场，目标雪莉。怪盗基德受柯南所托假扮宫野志保进入最后一节车厢，车厢脱落后，贝尔摩德引爆炸药，基德乘滑翔翼逃走。后贝尔摩德发现Sherry没死但未向组织报告。安室透对赤井之死产生怀疑，准备重新调查。冲矢昴露出与赤井秀一相同的眼神。）
705 密室中的柯南 （波本继续以安室透的身份出现）
706 在波本面前解谜（波本发现柯南使用手表型麻醉针，对其产生兴趣，并怀疑“沉睡的小五郎”与柯南之间的联系）
第2个回答 2013-08-30
贴吧的主线贴，内容整合：
主线剧情是：
646 ~647幽灵旅馆的推理对决。新人物登场
667 ~668婚礼前夕。新人物登场
671 ~674侦探们的夜想曲。据说是绝对的主线，可惜我没看过
699 ~700逼近灰原秘密的黑影。和后面的主线有关
701~704 漆黑的特快列车。绝对的主线
不过最好还是全部看一遍，因为有些细节是分布在那些和主线没有关系的小案件里的。
以下是从百科截取的目录
带“★”表示1小时以上的特别篇，带“◆”表示动画原创（即漫画原作中没有的），B表示出现黑衣组织，F表示出现FBI，C表示出现CIA，S表示出现工藤新一，X表示出现服部平次，K表示出现怪盗基德。关于主线剧情的情况，请参考下文“主线剧情简介”部分。
602 潜伏在网球场的恶魔◆
603 降灵会双重密室事件（第一密室）◆
604 降灵会双重密室事件（第二密室）◆
605 降灵会双重密室事件（密室开放）◆
606 法庭的对决Ⅳ 陪审员小林澄子（前篇）◆
607 法庭的对决Ⅳ 陪审员小林澄子（后篇）◆
608 背叛的白色情人节（前篇）
609 背叛的白色情人节（后篇）
610 被害者是工藤伸壹 X
611 犬伏城 炎之魔犬（鬼火之章） X
612 犬伏城 炎之魔犬（足迹之章） X
613 犬伏城 炎之魔犬（公主之章） X
614 日记演奏的秘密（前篇）
615 日记演奏的秘密（后篇）
616 福尔摩斯的默示录（名侦探的弟子） S
617 福尔摩斯的默示录（Love is 0） S
618 福尔摩斯的默示录（撒旦） S
619 福尔摩斯的默示录（Code break）
620 福尔摩斯的默示录（草场女王）
621 福尔摩斯的默示录（0 is Start） S
622 紧急事态252（前篇）
623 紧急事态252（后篇）
624 初恋的视频信件
625 惊叫手术室（前篇）
626 惊叫手术室（后篇）
627 柯南基德的龙马宝物攻防战（前篇） K
628 柯南基德的龙马宝物攻防战（后篇） K
629 宣传片拍摄事件（前篇）◆
630 宣传片拍摄事件（后篇）◆
631 花时钟知道一切◆
632 时间守护者的剑（前篇）
633 时间守护者的剑（后篇）
634 犯罪现场在超狭小的店◆
635 减肥时要当心◆
636 世界上最想学习的课程事件（前篇）◆
637 世界上最想学习的课程事件（后篇）◆
638 在红叶御殿解开谜题（前篇）◆
639 在红叶御殿解开谜题（后篇）◆
640 8枚素描记忆之旅（冈山篇）◆
641 8枚素描记忆之旅（仓敷篇）◆
2012年（642－680）
642 和歌纸牌千钧一发（前篇）
643 和歌纸牌千钧一发（后篇）
644 好吃得要死的拉面（前篇）
645 好吃得要死的拉面（后篇）
646 幽灵旅馆的推理对决（前篇）
647 幽灵旅馆的推理对决（后篇）
648 侦探事务所笼城事件（勃发）
649 侦探事务所笼城事件（狙击）
650 侦探事务所笼城事件（解放）
651 柯南VS平次 东西侦探推理对决★ F/X
652 毒与幻的设计（EYE） X
653 毒与幻的设计（S） X
654 毒与幻的设计（Poison） X
655 毒与幻的设计（Illusion） X
656 博士的视频网站（前篇）
657 博士的视频网站（后篇）
658 巧克力的炙热陷阱◆
659 与初恋的共同搜查（前篇）
660 与初恋的共同搜查（后篇）
661 小五郎是好人（前篇）
662 小五郎是好人（后篇）
663 追逐深山锹形虫◆
664 名犬库儿的功劳2◆
665 疑惑的姓名首字母K◆
666 雨夜的恐吓犯◆
667 婚礼前夕（前篇）
668 婚礼前夕（后篇）
669 黑暗塔的秘宝（前篇）◆
670 黑暗塔的秘宝（后篇）◆
671 侦探们的夜想曲（事件）
672 侦探们的夜想曲（诱拐）
673 侦探们的夜想曲（推理）
674 侦探们的夜想曲（波本）B
675 一丁点都不原谅（前篇）
676 一丁点都不原谅（后篇）
677 没有脚印的沙滩◆
678 长崎谜之剧场（幕末篇）◆
679 长崎谜之剧场（现代篇）◆
680 仙人掌狂想曲◆
2013年（681－）
681 以性命为赌注的恋爱转播（转播开始）
682 以性命为赌注的恋爱转播（走投无路）
683 以性命为赌注的恋爱转播（现场突入）
684 泡沫、蒸汽和香烟（前篇）
685 泡沫、蒸汽和香烟（后篇）
686 装载了定时炸弹的汽车◆
687 无人能解的冰之陷阱◆
688 高木警官捡到3000万◆
689 来自委托人的信息◆
690 工藤优作未解决的事件（前篇）
691 工藤优作未解决的事件（后篇）
692 隅田川的夜樱风景线（前篇）◆
693 隅田川的夜樱风景线（后篇）◆
694 老字号中消失的点心◆（注：与M 17《绝海的侦探》的联动故事）
695 葡萄园里的玫瑰花◆
696 花坛破坏者的阴谋◆
697 女校的窗户◆
698 不会吧！UFO坠落事件◆
699 逼近灰原秘密的黑影（前篇）
700 逼近灰原秘密的黑影（后篇）B
701 漆黑的特快列车（发车）B/K
702 漆黑的特快列车（隧道）B/K
703 漆黑的特快列车（交叉）B/K
704 漆黑的特快列车（终点）B/K
705 密室中的柯南 B
706 解谜的波本 B
707 被陷害的名侦探◆（2013年8月31日播出）
708 缓慢坠落的男子◆（2013年9月7日播出）