1.对会计电算化的重要性认识不足
我国会计电算化发展同比发达国家来说，起步较晚，有着较大的差距。在大多数人们的思维观念里，会计电算化仅仅是代替手工记账，减轻会计人员负担的工具，还没充分认识到电算化对企业的重要性及深远意义。也有些企业盲目跟随潮流实行会计电算化，没从企业的实际出发，造成了资源的大量浪费，提供的信息不能及时、有效地为企业决策及管理服务，严重影响了会计电算化在实际工作中的应用。
2.会计电算化人才严重缺乏
会计电算化给会计人员提出了更高的要求，目前从事会计电算化操作人员大多数是由过去的会计、出纳担任，虽然有丰富的手工会计经验，但对计算机方面的知识了解甚少，只能对简单的日常会计核算进行处理，一旦出现的故障，不能及时排除，就很可能造成系统数据丢失，造成巨大损失。另外，部分会计人员对会计电算化有所排斥，虽然经过相关培训，但学习积极性不高，培训成效不明显。
3.会计软件存在缺陷，使用混乱
目前我国财务软件众多，软件开发公司大都强调自己的特色，没有统一的标准，缺乏长远规划和组织协调，不同的财务软件相互不能兼容，数据接口、使用方法也不一样，导致报表汇总、数据查询、数据传输的困难，给用户带来不便。此外，有些单位自行开发财务软件，在技术水平、资金有限的情况下，盲目开发出一些低水平软件，使得会计信息存在着安全隐患，使非法分子有机可乘，让企业蒙受损失。
4.安全性和保密性差
由于不少企业只看到会计电算化带来有利的一面，却没有重视会计电算化工作的安全性和保密性，也忽视对会计人员安全防范教育，在实际工作中存在着不少安全隐患。一些操作人员未能按照正确程序操作，或对计算机病毒防范意识不强，安全保密措施不得当，导致会计资料丢失或被不法分子篡改，直接造成会计信息资源的损失。其次，会计档案管理制度不完善，档案归档工作处于无序状态，缺乏管理会计档案的经验，容易造成会计资料丢失，从而影响会计档案的完整性。另外，还有一些其他因素，比如登帐时突然断电、死机或发生火灾等，造成会计信息处理中断和数据丢失。
5.会计电算化的基础管理工作存在漏洞
在会计电算化模式下，需要建立与之相配套的一系列内部控制制度加以约束。然而，目前实行会计电算化的单位仍采取模仿手工的管理方法，没有实行重整，岗位分工混乱，权限设置缺乏牵制，会计制度不健全，核算过程不规范。
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