11集（走失的小火龙）
剧情简介：小智三人向枯叶市前进途中，在山头遇见一只体力衰弱的小火龙。它在岩上不知是在等谁,小智收服失败后来到神奇宝贝中心，在那里遇见佑大。他就是抛弃小火龙的饲主。最后由于小智救了小火龙，在小火龙的选择下，决定跟小智一起走。
12集（杰尼龟军团登场）
剧情简介：杰尼龟军团和火箭队连成一气欺负小智等人。皮卡丘接近死亡边缘被关起来。小智为了买疗伤的药而奔走。眼看约定的时间刻刻逼近…
16集（神奇宝贝漂流记）
剧情简介：小智等人在船上受到火箭队攻击。就在一片混战中，船不知不觉漂到湾外，还遇到暴风雨。船员与乘客们都搭救生艇逃脱了，只有小智等人与火箭队昏迷在船上。眼看船只渐渐沉没，神奇宝贝逃亡剧开始了…
17集（巨大神奇宝贝之岛）
剧情简介：小智等人与火箭队被暴鲤龙的龙之怒给吹跑，还与自己的神奇宝贝们分散。他们在岛上互相寻找对方。这座岛有许多巨大无比的神奇宝贝，这里到底是哪里呢？
18集（蓝普尔其的假日）
剧情简介：渡假村蓝普尔其，柳爷爷的梦想是乘着一艘船游览世界一周，于是小智等人便帮忙柳爷爷工作。但是火箭队和附近的金婆婆想尽办法破坏。最后火箭队等人又被打飞出去了。而柳爷爷也开始了他的梦想。
20集（幽灵神奇宝贝跟夏天的庙会）
剧情简介：小智等人来到一个港都，那里正在举办夏天庙会。小刚一到那里就感受到少女的呼唤。火箭队的小次郎也是同样经验。两人为了少女而失魂落魄，原来那少女是两千年前的亡魂。神奇宝贝鬼斯与她陪伴，搞得大伙吓得魂都飞了。
23集（在神奇宝贝塔收服幽灵）
剧情简介：为了打败娜姿的超能力神奇宝贝，小智按照老人指示来到耸立在雾中的神奇宝贝塔，想收服这里的幽灵神奇宝贝。最后虽然没收服成功，但是离开时有只鬼斯通自愿跟上来，也算是小有收获吧。
24集（鬼斯通对抗超能力）
剧情简介：小智有了鬼斯通跟踪，又壮起胆子去向娜姿挑战。可是临阵时鬼斯通又不见影，跟在一旁的小刚与小霞成了代替小智受罚的倒霉鬼，被变成娃娃，小智忍无可忍，再度挑战…
25集（火爆猴 别生气哦）
剧情简介：小智遇见猴怪想加以收服，反而遭受攻击。此时火箭队过来搅局，踹了猴怪一腿，使得猴怪气愤进化成火爆猴，不管小智怎么逃，火爆猴都一再追上来，最后小智只好向火爆猴挑战。
26集（艾莉嘉和臭臭花）
剧情简介：来到彩虹市，小智在香水店批评女人用的香水，不只被赶出门，还不准进入道馆。原来香水店就是彩虹道馆！这时武藏献计让小智扮女生去当门徒，他们扮演小智的父母。火箭队在道馆内偷走东西后就纵火，小智救出臭臭花，获得彩虹徽章。
32集（浅红道馆的忍者决斗）
剧情简介：小智一行人来到一所遍地机关的忍者屋。那是粉红色徽章的浅红道馆。道馆的馆主阿桔一再派出了有剧毒的神奇宝贝，小智要怎样运用战斗呢。
34集（袋龙的摇篮曲）
剧情简介：小智以为他们来野生原野区了，见到神奇宝贝就想收服，被君莎给阻止，原来他们只是在边境而已。小智在这里认识跟袋龙住在一块的达山，以及前来寻子的达郎的爸妈。
36集（暴风雨的单车路）
剧情简介：小智等人为了到阳光镇，必须过一座大桥才行，可是照规定，桥上只准单车通行，幸好乔伊拜托小智三人送药到对岸去，并借出单车，但却碰上了暴风雨来袭…
42集（椰蛋树军团大前进）
剧情简介：为了让大家看他表演魔术，马健使出险招，想利用椰蛋树的催眠能力，谁知火箭队埋伏在后，一番乱斗，害得椰蛋树丛失控向城市奔去…