圣约翰骑士团全称是“耶路撒冷圣约翰医院骑士团，成立于1099年，最初是由法国贵族Gerard和几名同伴在耶路撒冷的施洗者圣约翰教堂附近的医院里成立，主要目的施照料伤患和朝圣者。1113年，教廷承认他们是独立的修会，并赐予他们一系列的经济、政治特权，如无需缴纳十一税，无需接受任何政权的领导，只受教皇节制。医院骑士团的会规以圣奥古斯丁修会的会规为基础制定。骑士团的成员分为教士、骑士和士官，以及会友。骑士团由一位大团长（Grand Master）统治，并有教士会议和八位法官协助。其组织和圣殿骑士团十分相似。
圣约翰骑士团成立时只是一个行善的组织，从1120年才开始作为一个军事修会进行活动，并发展成为耶路撒冷王国的一支重要的军事力量，对耶路撒冷的政局也有很大的影响力。它在耶路撒冷王国拥有7座大的要塞，140多座其它建筑。耶路撒冷王国国王博度安四世（即《天国王朝》里那个有麻风病的年轻国王）去世后，当时圣约翰骑士团的大团长Roger de Moulins反对居伊（Guido von Lusignan）继任，可惜没有成功。后来在1187年哈丁之战中，医院骑士团也派出主力参战，由于指挥上的失误，包括医院骑士团、圣殿骑士团在内的基督教军队几乎全军覆没，圣约翰骑士团大团长Roger de Moulins战死。
由于巴勒斯坦的基督教王国被阿拉伯人击败，1291年，骑士团放弃了巴勒斯坦，前往塞浦路斯，在那儿没呆多久，1309年又撤到罗德岛。在罗德岛，骑士团用海军阻止了穆斯林向东地中海地区的扩张。当1453年君士坦丁堡落入土耳其人的手里时，罗德岛上的圣约翰骑士团是整个东地中海地区唯一的基督教力量。在罗德岛的抵抗一直持续到1522年。那一年，苏里曼大帝指挥20万军队乘坐着400艘战舰来到罗德岛，而岛上的骑士团只有7000名士兵，虽然实力对比悬殊，但骑士团愣是独立坚守了6个月，土耳其军队至少有5万人在战斗中丧生。最后骑士团与土耳其人达成协议，骑士团撤出罗德岛，前往欧洲。
在欧洲的7年时间里，他们多次迁徙，居无定所。到1530年，奉教皇Clement VIII和神圣罗马帝国皇帝查理五世的命令，医院骑士团来到马耳他岛，每年象征性地向西西里王国缴纳1马耳他鹰币作为租金，在岛上骑士团建立了马耳他骑士团国（Sovereign Military Order of Malta，缩写为S.M.O.M）。土耳其人对骑士团的卷土重来显然很不安，1565年，土耳其人派出大军进攻马耳他。这场大战一开始和上次在罗德岛的大战很相似：骑士团苦苦支撑，绝大多数城市都被摧毁，骑士团成员有一半战死。就在骑士团眼看要支撑不住时，从西班牙来了一支援军，战场局势顿时扭转，土耳其军队仓惶撤退，损失达到3万余人。这次大胜使马耳他骑士团国获得了一段时间的和平局面。1571年，土耳其人自以为海军发展得差不多了，再次起兵，企图消灭骑士团。不过这次他们败得更惨：还没到马耳他，在海上就遇上了西班牙的无敌舰队，土耳其舰队几乎全被击沉或俘虏。此后马耳他骑士团国进入鼎盛时期，帆上标有马耳他八角十字的战船在地中海横行无阻。
骑士团在马耳他岛的统治一直持续到18世纪，1798年6月11日，拿破仑迫使圣约翰骑士团投降，占领了马耳他岛，岛上骑士团的教堂和修道院被法军洗劫一空。骑士团的大部分成员前往俄罗斯，在那里，俄罗斯沙皇保罗一世给予他们以庇护，而骑士团则选举保罗一世为新的骑士团大团长。
离开了马耳他岛之后，骑士团失去了领土，但作为一个组织仍然存在。1834年骑士团在罗马重建总部，终于再次稳定下来。骑士团的军事使命已经完结，此后主要从事慈善事业。今天，马耳他骑士团国仍然是联合国的会员国，它设在罗马的总部马耳他大厦是它唯一的领土——它可能是世界上最小的国家了。
宗教革命后，以德意志为首的新教国家的医院骑士团从骑士团总部独立出去，但仍然保持圣约翰骑士团的称号。信仰天主教的马耳他骑士团则是医院骑士团的直接继承者。
圣约翰骑士团的口号是“守卫信仰，帮助苦难（Defence of the faith and assistance to the suffering）”。圣约翰骑士团最初的标志是黑底白色的八角十字，到13世纪中期开始则普遍使用红底白色的八角十字，这种八角十字也因骑士团之名被称为“马耳他十字”。
医护骑士团的主要活动年表:
1113年:圣约翰圣堂的医护骑士团首次得到教皇的特权。
1120-1160年:创建了修会，正式编成了医护骑士团的规则。
1148年:进攻大马士革。
1187年:哈丁之战;耶路撒冷陷落，并迁移至阿克城。
1192年:建议英格兰国王理查一世(狮心王)停止进攻耶路撒冷。
1218年:参与围攻达米埃塔城堡(埃及)。
1271年:加入英格兰国王爱德华(即后来的爱德华一世)的十字军。
1289年:卷入的黎波里失败的保卫战。
1291年:被赶出阿克城并移至塞浦路斯。
1306年:医护骑士团开始入侵罗得岛。
1310年:医护骑士团十字军巩固并控制了罗得岛。
1311年:医护骑士团的总部在罗得岛建立。
1312年5月2日:教皇克莱门特五世将从圣殿骑士团没收来的财产，移交给医护骑士团。
1374年:医护骑士团接管了士麦那(今土耳其西部港市伊兹密尔)的防守。
1377年:阿凯亚地区(希腊)以5年的期限被租给了医护骑士团。
1378年:医护骑士团大团长朱安.费尔南德斯·德·希拉底亚被阿尔巴尼亚人俘获。
1402年12月:士麦那被帖木儿帝国攻陷。
1440-1444年:马穆鲁克骑兵(埃及著名的奴隶骑兵)进攻罗得岛。
1480年:土耳其人围攻罗得岛。
1522年7月至12月18日:土耳其人围攻罗得岛。
1523年1月1日:医护骑士团被迫撤离罗得岛。
1530年3月23日:神圣罗马帝国皇帝查尔斯五世赐予医护骑士团马耳他岛和的黎波里。
1535年:参与了在突尼斯被俘的查尔斯五世的营救任务。
1540年:医护骑士团在英格兰的财产被没收。
1551年8月14日:医护骑士团将的黎波里交出给了土耳其人。
1565年5月19日至9月8日:土耳其人对马耳他岛的大围攻。
1571年:作为一部分教皇的军队参加了勒潘托大海战。(基督教国家对对奥斯曼帝国一场著
名的海战，最后联军获胜，此役标志着奥斯曼土耳其帝国衰落的开始)
1614年:土耳其人奇袭马耳他岛。
1664年:医护骑士团进攻阿尔及尔。
1707年:医护骑士团帮助防守杜恩。
1792年:医护骑士团在法国的财产被查封。
1798年6月13日:马耳他岛投降拿破仑。
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