16岁入小学读书。
1926年春毕业于济南山东省立甲种工业学校，南下考入黄埔军官学校第6期，未及毕业，即参加北伐战争。1928年夏，到南京通过中央军事政治学校毕业考试，被分配到陆军大学国民党特别党部任干事。1929年，被派返山东，任国民党省党部组织科长。不久，任国民党山东省执行委员会委员兼书记长。
1937年夏全国抗日战争爆发后，秦启荣任国民政府军事委员会别动总队鲁北游击司令，未几改为冀鲁边区游击司令，组织鲁西、鲁北国民党地方武装。年底，韩复榘撤离济南，山东大部沦陷。他被任命为别动总队游击第5纵队司令。
1938年夏，国民党中央任命沈鸿烈为山东省政府主席兼省党部主任委员，秦启荣任省党部执行委员兼鲁中党务指导员、山东省第12区行政特派员和保安司令，统辖邹县、滕县、曲阜、泗水、淄川、博山、益都、临沂、泰安、新泰、莱芜等11县的党政军务。同年，三民主义青年团成立，秦启荣被任命为山东支团部筹备处主任、中央团部候补干事，于山东各县设立分团部。1939年春，他又被任命为山东省政府委员兼建设厅厅长。
1939年1月，国民党五届五中全会确定了“溶共、防共、限共、反共”的方针之后，秦启荣积极行动，不断制造袭击八路军山东部队的流血事件。同年3月，他指使其第4梯队司令王尚志，在博山、益都两县边界的太河镇，伏击八路军山东纵队第3支队通讯营，惨杀该支队政治部主任鲍辉、团长潘建军及其他干部100余人，制造了震惊全国的“太河惨案”。8月上旬，他亲率所部9个梯队，袭击驻莱芜县雪野镇的八路军山东纵队第4支队司令部，干部战士伤亡20余人，制造了“雪野事件”。
8月中旬，他又指使所部军队围攻八路军山东纵队第3、第4支队驻淄河流域的部队达1 0余月，制造了“淄河事件”，到1940年春，他已经残杀了八路军在山东的游击队和地方工作人员700余人。是当时全国出名的“反共摩擦专家”。
1939年9月，毛泽东在一次与中央社、扫荡报、新民报三社记者谈话时说到：“那里的张荫梧、秦启荣是两位摩擦专家。张荫梧在河北，秦启荣在山东，简直是无法无天，和汉奸的行为很少区别。他们打敌人的时候少，打八路军的时候多。”
与此相反，当时的国民党政府、委员长蒋介石却对秦启荣十分欣赏、大加赞扬。蒋介石亲笔签署电报，招秦启荣到蒋的住地重庆，当面表彰。蒋把亲手所写的民族英雄大匾颁赐给了秦启荣。同一人物，国共两党高屋，做出了截然相反的评价。
1940年1月，所部被国民党鲁苏战区总司令部整编为第3纵队。1941年春，秦启荣到重庆参加国民党中央训练团受训，因其反共积极，受到蒋介石的公开奖励，并批准每月拨给他补助费2万元，做整军之用。
1942年国民党山东省政府改组，牟中珩任主席，秦启荣仍任委员兼建设厅厅长。
1943年春，三民主义青年团第一次全国代表大会在重庆举行，秦启荣缺席被选为中央干事。这时，山东国民党军第4师师长吴化文率部投敌，秦启荣事先得悉，未能阻止，自请辞去军职。6月，国民党鲁苏战区总司令部和山东省政府迁往安徽阜阳，秦启荣以省府鲁南办事处主任的名义，留在鲁南地区，继续推行积极反共的方针。8月上旬，八路军山东部队举行讨伐伪军张步云、厉文礼、吴化文等部的战役。秦启荣竟勾结敌伪，指挥所部阻击八路军部队。
8月7日，八路军在奇袭伪军厉文礼司令部时，将藏匿在安丘县辉曲附近厉文礼司令部的秦启荣击毙。
