神奇宝贝特别篇被分为称为章节的数个部分。所谓章节，即是每一章节都有互不隶属的故事，且会有新的主角出现，但和以前的章节还是会有一定的相关性，每个角色、基本设定、感情、时间等，在不同的章节中基本上都是相同的。各章又分为数册和数话。目前，神奇宝贝特别篇拥有12个章节，其中9个章节已经完全出版，1个章节部分出版。截至2014年3月，漫画共出版了50册。 —————下文记有作品情节、结局或其他相关内容，可能降低欣赏原作时的兴致。————— 第一章红·绿·蓝篇主角小智、小茂、小蓝回数1－40收录的单行本1－3第一部分故事讲述了主人公小智从大木博士处得到了自己的神奇宝贝图鉴，并踏上了收集神奇宝贝、挑战道馆训练家的旅途。其后，小智遇到了自己的劲敌，也是大木博士的孙子小茂。在小智的旅途中，他邂逅了画家小蓝，后者卖给了小智假的神奇宝贝道具。小蓝自大木博士的研究所偷了一只杰尼龟，并将后者进化成为了卡咪龟。
大木博士后被火箭队绑架以创造超梦。小智、小茂、小蓝三人来到了金黄市与火箭队展开决战。他们成功击败了火箭队并救出了大木博士。小智随后前往石英高原与劲敌小茂对战，已经获得七枚徽章的小智在途中遇到了失踪已久的传奇式人物——常磐道馆训练家兼火箭队首领——坂木，并击败了后者的邪恶生物兵器——超梦。其后，小智与小茂就神奇宝贝联盟冠军之位展开争夺，小智获得了胜利，因而收获了神奇宝贝联盟冠军头衔。 第二章黄篇主角小黄、小智、小茂、小蓝回数41－90收录的单行本4－7黄篇在小智收获冠军头衔的两年后开始。小智在接受一位名为希巴的人的挑战后消失了一个月。一天，大木博士发现了小智的皮卡丘皮卡受伤倒在自家门前。在皮卡现身后不久，一名年轻的训练家来到了大木博士的研究所。这名训练家小黄声称自己是小智的朋友，并想带着皮卡一起去寻找小智。尽管大木对其治愈神奇宝贝和感受神奇宝贝情绪的能力持怀疑态度，但大木最终把寻找小智的任务和小智升级过的神奇宝贝图鉴托付给了小黄。
然而，这只是一个大阴谋的序幕。小黄不断被四天王袭击。小黄发现四天王的大本营位于深红岛，随即赶往那里，并与小茂、小蓝、夏伯和火箭队的指挥官马志士、娜姿和阿桔相遇。他们决定齐心协力击败四天王。他们发现，以渡为首的四天王的计划，是建立神奇宝贝的理想国并毁灭除了关都四天王以外的所有人类。他们认为人类和神奇宝贝是不相容的。小智之后出现，帮助马志士和曾根崎正辉击败了希巴。事后发现，是坂木将小智从冰棺中救了出来。训练家们将他们的力量赋予了小黄，凭借他们联合的实力击败了渡。 第三章金·银·水晶篇主角阿金、阿银、克丽丝
小智、小茂、小蓝、小洛 回数91－180收录的单行本8－15关都地区恢复平静。崭新的旅程则在城都地区开始。阿金同自己的神奇宝贝和家人正过着平静的日子，直到阿金在空木博士的研究所里碰见了一个神奇宝贝小偷阿银。借助自大木博士处得到的神奇宝贝图鉴和在空木博士处得到的火球鼠，阿金发现了面具男的阴谋。与此同时大木博士派出了正在收集神奇宝贝图鉴的“捕获专家”克丽丝塔儿。后者涉足米那君的捕获水君的计划，并正要自己行动。随后，克丽丝塔儿被卷入了面具男捕捉洛奇亚和凤王的计划，而更惊人的是面具男是城都地区的道馆训练家之一。神奇宝贝联盟组织了城都和关都地区的导管训练家对抗赛，而面具男出面干预。小智、小茂、小蓝和小黄也先后来到城都地区。之后，阿金、阿银、克丽丝塔儿、小智、小茂、小蓝和小黄击败了面具男和其随从。 第四章红宝石·蓝宝石篇主角路比、莎菲雅回数181－267收录的单行本15－22
城都地区和关都地区刚刚恢复平静。丰缘地区，故事围绕着路比和莎菲雅的80天竞争展开。80天内，路比要赢得丰缘地区所有神奇宝贝华丽大赛，而莎菲雅要战胜丰缘地区所有的神奇宝贝道馆。他们遭遇了丰缘地区的两个邪恶组织——崇尚陆地的火岩队和崇尚海洋的水舰队。水舰队自得文制造股份有限公司的董事长兹伏奇社长处偷来了核心部件，而火岩队则偷到了潜艇探索者一号。火岩队和水舰队决定结盟前往海底洞窟，唤醒了固拉多和盖欧卡，两者开始破坏丰缘地区。与此同时，千里和小光唤醒了烈空坐，而路比和莎菲雅阻止了两邪恶组织的头目水梧桐和赤焰松。最终，道馆训练家们、路比和莎菲雅借助红、蓝宝珠和烈空坐的力量平息了固拉多和盖欧卡的愤怒，一切重归平静。 第五章火红·叶绿篇主角小智、小茂
小蓝、小黄、阿银 回数268－302收录的单行本22－26故事主角又变为小智、小茂和小蓝三人。小智和小茂回到了真新镇，但被代欧奇希斯化成的阴影袭击。小蓝在与父母重逢前，其父母突然被黑洞吞噬，小蓝因此昏厥。小智、小茂随后和小蓝一起来到了七岛，其间，他们向极梅老人学习了强力技能。此时的七岛，火箭队三兽士正在大肆破坏，而坂木则捉到了代欧奇希斯。与此同时，阿银和小黄、小智一行人再度相遇，阿银表示他正在调查自己的身世。紧接着，小智同超梦一道，在火箭队的飞行船上挑战了坂木的代欧奇希斯的组合。坂木再次输掉对战，但飞行船失去控制。小智、小茂、小蓝、小黄和阿银一起避免了飞行船的坠毁。火箭队三兽士之一的萨奇再次试图捕获刚刚启程寻找陨石的代欧奇希斯，在前者拿出神奇宝贝并朝向代欧奇希斯放出奇异的光束时，小智一行和超梦挺身而出挡下了光束，但一行人（除超梦外）被奇异的光线包裹而石化，萨奇随即离开。 第六章绿宝石篇主角米拉特、路比、莎菲雅
阿金、克丽丝、小智
小茂、小蓝、小黄、阿银 回数303－337收录的单行本26－29七之岛骚动约三个月后，对战开拓区开发完成，正筹备着开幕式。突然有名少年被拉帝亚斯及拉帝欧斯带到这里来。名叫米拉特的他，没有携带任何神奇宝贝却热衷于神奇宝贝对战。米拉特随后被克丽丝塔儿和大木博士雇佣，并被指派在7天内、抢在大反派盔甲男之前捕捉基拉祈。以此同时，米拉特也尝试着圆自己制霸七个对战开拓区场馆的梦想。在这期间，米拉特与丰缘地方其他两位图鉴持有者路比和莎菲雅相识。
三位神奇宝贝图鉴持有者们在对战开拓区进行着挑战，但这一过程被盔甲男打断，后者控制了对战大君莉拉。在紧接着同米拉特的战斗中，盔甲男将莉拉从其控制中释放出来，并称自己是水舰队的首领水梧桐。盔甲男还称自己捕捉到了基拉祈，随后利用基拉祈召唤出了一个巨型的、由水组成的盖欧卡，后者企图淹没对战开拓区。盔甲男的言行暗示，很长一段时间以来，他不能与身上的盔甲分离。
三位神奇宝贝图鉴持有者们在刚刚赶到的阿金和阿银的帮助下逃脱了逐渐上升的水面。阿金解释说，五位被石化的图鉴持有者们——小智、小茂、小蓝、小黄和阿银——已经被船运到了对战开拓区。阿金寄希望于向基拉祈许愿来使其脱离石化。在克丽丝塔儿向路比和莎菲雅传授能够阻止盖欧卡的强大技能的时候，水梧桐抛弃了基拉祈，后者随后来到了米拉特身边。
阿金让米拉特向基拉祈许一个解除众人石化的愿望。基拉祈在了解到米拉特的最真实的愿望——同神奇宝贝们以及喜欢神奇宝贝们的人们成为朋友——后，实现了米拉特许下的愿望，五名图鉴持有者们被从石化状态解救出来。小智和阿金随即破坏了水梧桐的盔甲，重创了水梧桐。十名图鉴持有者们团聚，他们集合了自身最强的攻击，击败了盖欧卡。因离开自己的盔甲太久，水梧桐随后消失。 第七章钻石·珍珠篇主角戴亚、帕尔、普兰汀娜回数338－416收录的单行本30－38故事的主人公是大小姐普兰汀娜·贝尔里慈。普兰汀娜为了自己即将到来的成人礼，要到达殿元山顶，采集用来制作自己家族纹章的材料。尽管由于出身富裕的学者大家族，普兰汀娜知识渊博，但其父坚持让两名专业保镖随行。后来，普兰汀娜误认为戴亚蒙德和帕尔是被聘请的她的保镖，而戴亚蒙德和帕尔误认为普兰汀娜是他们之前赢得的神奥全地区旅行的导游。
在他们游历神奥的过程中，普兰汀娜在与道馆训练家瓢太对战以增强自己的圆企鹅的信心后，变得专注于道馆战。普兰汀娜成功地在25天内收获了六枚道馆徽章，布莱恩评价说这已经打破了莎菲雅80天收获8枚道馆徽章的记录。在紧张的备战道馆赛的过程中，山梨博士赠予的普兰汀娜的圆企鹅最终进化成为帝王拿波，另一只神奇宝贝小火马也进化成了烈焰马。
在帷幕市与银河队相遇后，普兰汀娜变成了银河队的肉票目标，后者企图通过赎金来研发银河炸弹进而摧毁神奥的三大湖。普兰汀娜是各方关注的焦点，这使得自己的两名真正的保镖坠入破格的世界，也使得戴亚蒙德和帕尔在不知情的情况下继续扮演普兰汀娜的保镖。种种迹象在三人来到神和镇并遇见正在考察遗迹的赤日时被进一步坐实。
在与道馆训练家梅丽莎对战并获得道馆徽章后，三人得知普兰汀娜的父亲和山梨博士在水脉市的学术会议上被绑架，随即搭上了梅丽莎的附和气球赶往水脉市。在普兰汀娜的父亲和山梨博士获救后，普兰汀娜得知戴亚蒙德和帕尔并非自己的保镖，这一事实使得三人发生分歧。后普兰汀娜通过揭示自己的真实姓名来表示自己接受二人作为朋友，三人和好。三人决定继续在神奥地区的旅行，以阻止银河队的邪恶计划，并分头行动救出三只湖中的传说神奇宝贝（由克希、艾姆利多、亚克诺姆）。其后，银河炸弹在立志湖爆破，三只湖中的传说神奇宝贝最终落入银河队之手，而赤日借机制作出了两条红锁链来召唤出帝牙卢卡和帕路奇犽以创造出新世界。普兰汀娜、戴亚蒙德和帕尔再次会和，击败了银河队并平息了帝牙卢卡和帕路奇犽的愤怒。最后，骑拉帝纳出现，将赤日、帝牙卢卡和帕路奇犽拖入了枪柱上空的破格的世界的入口。 第八章白金篇主角普兰汀娜、戴亚、帕尔回数417－441收录的单行本38－40本章继续大小姐普兰汀娜·贝尔里慈的故事，与戴亚蒙德和帕尔分开后，普兰汀娜来到了对战开拓区并遇见了身为国际刑警组织一员、正在搜寻银河队的情报的探员“帅哥”，后者同时开始帮助普兰汀娜调查两名保镖所在的破格的世界的有关信息。为达此目的，普兰汀娜挑战开拓之脑们，以期获得更多有关破格的世界的信息。其间，普兰汀还结识了帕尔的父亲，对战大君桄榔。银河队余党冥王，则开始了其捕捉神奥地区传说中的神奇宝贝的计划，首先便捕获了席多蓝恩。
与此同时，戴亚蒙德和帕尔则跟随足迹博士和神奥神奇宝贝联盟主席踏上旅程，并在旅途中碰到了洛托姆，后者加入了他们的旅行队伍。随后，骑拉帝纳在百代市出现，并通过技能影子潜水使正在救助帕尔的戴亚蒙德消失，戴亚蒙德之后发现自己来到了破格的世界并遇见了赤日。身处对战开拓区的普兰汀娜同对战大君桄榔、亚玄、小麦和芽米一起进入了破格的世界，随后一行人团聚。冥王的阴谋仍在继续，骑拉帝纳在滨海市出现随后被打败，但冥王最终被帅哥逮捕。赤日在事后悔悟，解散了银河队。 第九章心金·魂银篇主角阿金、阿银、克丽丝回数442－460收录的单行本41－43*本章为本系列首次采用逆流时间轴，时间设定在第七章（钻石·珍珠篇）数年前。阿金在绿宝石篇结束后重返城都地区，后又带着大木博士所交待的秘密任务跟随小茜来到神奇宝贝全能竞技赛赛场，在参加神奇宝贝全能竞技赛时遇上新的城都四天王。获胜后，阿金说明了自己的目的：与前任关东四天王之一的渡接头，了解火箭队与阿尔宙斯信息。其后，阿金遭遇了渡失控的快龙。在打倒快龙之后，阿金前往圆朱市，后又追随突然出现的阿尔宙斯来到了神都遗迹。
另一方面，阿银获得了阿尔宙斯和阿尔宙斯的令牌的有关信息，并在野生原野区与克丽丝塔儿再次见面，其后又发现了石板的用途。克丽丝塔儿则追踪着阿尔宙斯，与阿金、阿银重新在神都遗迹会面。神都遗迹的三幻舞台上，火箭队成员阿波罗迫使阿尔宙斯再次创造时空神话的神奇宝贝（即帝牙卢卡、帕路奇犽和骑拉帝纳）。这时，坂木、渡和柳伯出现，火箭队的计划被几人合力终止。在神奥地区，冠军希罗娜目睹了帕鲁迪亚和迪亚鲁加飞往神奥的身影后，又与帕尔的父亲——身为开阔之脑的桄榔——相遇。同在神奥，彩子发现自己的儿子已出发参加滑稽竞赛。 第十章黑·白篇主角布莱克（ブラック）
怀特（ホワイト） 回数461－524收录的单行本43－51以称霸合众联盟为目标的布莱克，带着波卡（暖暖猪）等神奇宝贝踏上旅程，途中遇上“BW事务所”社长怀特，后者为了完成暖暖猪的电影制作，所以借布莱克的雄性暖暖猪进行拍摄工作，拍摄时突然遇到神奇宝贝的袭击。为了查明真相，布莱克借助食梦梦的技能食梦，并进行推理，找出了袭击的对象—电蜘蛛，并将其击败。但布莱克却被怀特告知要赔偿她50倍的修理费，不得已成为“BW事务所”摄影公司的社员，跟随怀特四处旅行拍摄兼挑战道馆。布莱克最终获得冠军，并获得雷希拉姆认可，击败了N和捷克罗姆，打败了身为电浆团的七贤人之一、电浆团的真正首领的魁奇思。 第十一章黑2·白2篇主角拉克兹（ラクツ）
怀兹（ファイツ）
布莱克、怀特 回数525－收录的单行本52－
合众联盟事件结束两年后，等离子队再次卷土重来，少年国际刑警拉克兹为了调查与两年前事件相关的等离子队成员，而潜入桧扇市的口袋妖怪训练家学园卧底。与此同时，神秘的少女转学生怀兹也转到了这间学校，她的真实身份并是拉克兹要找的前等离子队成员。 第十二章X·Y篇主角艾克斯（エックス）、娃依（ワイ） 回数－收录的单行本－X·Y篇的主角是一名曾在儿时赢得一场重要锦标赛的失落男孩艾克斯，和梦想成为天空训练家的女孩娃依。
