主要区别是，意思不同、基本解释不同、引证解释不同，具体如下：
一、意思不同
1、悸动
意思是因心慌而心跳得厉害。
2、心动
意思指心脏的跳动，内心有所触动。
二、基本解释不同
1、悸动
因恐惧紧张、情绪激动，而致心跳加速。可比喻紧张忐忑的内心活动。
2、心动
①、 心脏的跳动。
②、 内心有所触动。
③、内心惊动，吃惊害怕。
三、引证解释不同
1、悸动
汉·应劭《风俗通·怪神·世间人家多有见赤白光为变怪者》：“夜半后，见东壁正白，如开门明，呼问左右，左右莫见。因起自往手抆莫之，壁白如故，还牀，复见之，心大悸动。”
白话文：“半夜之后，看见东墙雪白，如果打开门明，呼问身边的人，左右的人没有看见。于是起身亲自前去，用手擦拭不去，壁白照旧，回到牀，再次见到他，心里十分害怕心跳得厉害。”
2、心动
应修人 《不留名字的爱我者》：“我每每投身到人群里，看见头一个人，就觉得有些面熟，有些心动。”
参考资料来源：百度百科-悸动
参考资料来源：百度百科-心动