由于这个问题的背景知识有点过于庞大，我就简要的说一些因素供大家探讨。
明朝中后期的倭寇之乱，所谓的倭寇主要有两部分人组成，一个是日本战败的武士浪人，一个就是中国的海盗商人集团。跟朝鲜的壬辰倭乱的主力不是一帮人，壬辰倭乱的主力恰恰是日本本土战胜的武士阶层。
日本国土资源小，人口众多，因此对土地的欲望极强，尤其是它在战国结束后，重新分封了各个大名，但是国内的土地资源依然不够分配，所以才对外扩张领土有着极强的欲望，这就是壬辰倭乱的实质，各级封建主、武士阶层积极参与。经济原因是主要原因，这样就可以消化掉战国时期日本多余出来的战力。当日本被战败，消耗掉了多余的武士阶层，国内的土地矛盾其实也就解决了，剩下的不过是权力之争，最后德川家康胜出，如果壬辰之乱，日本获胜，同样可以解决他们的国内土地资源的矛盾。
而中国东南沿海的倭寇之乱，其实质也是经济问题，不过这个经济问题是明朝的海禁政策和当时日益活跃的海上贸易之间的矛盾，浙江、福建、广东等地的海上贸易盛行，而沿海居民却得不到贸易的实惠，中国海上商人，半商半盗与官府争取正常的开通贸易的权益，而靠近中国的日本大名以及战败的武士或者失去俸禄的浪人则跟从一起来打劫中国沿海，获取经济利益。这个时期葡萄牙和西班牙的势力已经渐渐渗透到了东亚海域。正是大航海时代在中国海域上的风云。说白了还是经济利益，日本、葡萄牙、西班牙、乃至我们国家的一些海上“商人”，都是想获得通商的权益。
而后德川幕府也实行海禁政策，这样日本一方的贸易就停止了，日本消停了；葡萄牙和西班牙获得单方面与明朝小范围贸易的权力，而且两个牙的实力慢慢下降，另外距离遥远，也没有能力对明动武，他们也消停了；而中国的海盗商人，比如王直这样的“徽王”，都被明朝廷慢慢剿灭了，而倭寇也被中日双方共同剿灭了，因为双方的国策都是海禁。中日双方也就失去了大航海时代构建出来的国际贸易的大市场，丧失了发展的重大机会。
再有，古代的海边的人苦啊，农耕不富裕，向大海求生存，又被政府不允许，而这个时期也恰恰是东亚海盗繁荣的时期，像王直都建立了类似国家的体系，还有后来的郑芝龙也与此类似，他们与中、与日都有千丝万缕的关系，这也就是倭寇之乱为什么持续不断的社会根源。