相同点
(1)系统目标一致。两者都对企业的经济业务进行记录和核算，最终目标都是为了加强经营管理，提供会计信息，参与经营决策，提高企业经济效益。
(2)采用的基本会计理论与方法一致。两系统都要遵循基本的会计理论和方法，都采用复式记账原理。
(3)都要遵守会计和财务制度，以及国家的各项财经法纪，严格贯彻执行会计法规，从措施、技术、制度上堵塞各种可能的漏洞，消除弊端，防止作弊。
(4)系统的基本功能相同。任何一个信息要达到系统目标，都应具备信息的采集输入、存贮、加工处理、传输和输出这五项功能。
(5)都要保存会计档案。作为会计信息系统的输出，会计信息档案必须妥善保存，以便查询。
(6)编制会计报表的要求相同。两系统都要编制会计报表，并且都必须按国家要求编制企业外部报表。
2.主要差异比较
(1)系统初始化设置工作有差异。手工会计的初始化工作包括建立会计科目，开设总账，登录余额等;会计电算化的初始化设置工作则较为复杂，且带有一定的难度，其内容主要有会计系统的安装，账套的设置，网络用户的权限设置，操作员及权限的设置，软件运行环境的设置，科目级别与位长的设置，会计科目及其代码的建立，最明细科目初始余额的输入，凭证类型设置，自动转账分录定义，会计报表名称、格式、数据来源公式的定义等。
(2)科目的设置和使用上存在差异。在手工会计中，由于手工核算的限制，将账户分设为总账和明细账，明细账大多仅设到三级账户，此外，再开设辅助账户以满足管理核算上的需要;科目的设置和使用一般都仅为中文科目。而在会计电算化中，计算机可以处理各种复杂的工作，科目的级数和位长设置因不同的软件而异，有的财务软件将科目的级昆数可设置到6级以上，完全满足了会计明细核算方面的需要;科目的设置上除设置中文科目外，仍应设置与中文科目一一对应的科目代码，使用科目时，计算机只要求用户输入某一科目代码，而不要求输入该中文科目，但在显示打印时，一般都将中文科目和与之对应的科目代昆码同时显示。
(3)账务处理程序上存在差异。手工会计根据企业的生产规模、经营方式和管理形式的不同，采用不同的会计核算形式，常用的账务处理程序有记账凭证核算形式、科目汇总表核算形式、汇总记账凭证核算形式、日记账核算形式等，对业务数据采用了分散收集、分散处理、重复登记的操作方法，通过多人员、多环节进行内部牵制和相互核对，目的是为了简化会计核算的手续，以减少舞弊和差错。而在会计电算化中，一般要根据文件的设置来确定，常用的是日记账文件核算形式和凭证文件核算形式，在一个计算机会计系统中，通常只采用其中一种核算形式，对数据进行集中收集、统一处理、数据共享的操作方法。
(4)账簿格式存在差异。在手工会计中，账簿的格式分为订本式、活页式和卡片式三种,并且对现金日记账、银行存款日记账和总账必须采用订本式账簿。而在计算机会计系统中,由于受到打印机的条件限制,不太可能打印出订本式账簿,因此根据《会计电算化工作规范》规定,所有的账页均可按活页式打印后装订成册;总账账页的格式有传统三栏借贷式总账和科目汇总式总账,后者可代替前者;明细账的格式可有三栏式、多栏式和数量金额式等。
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