该片主要讲述了在碇原堂急于实施人类补完计划的过程中，SEELE与NERV之间展开的激烈斗争。
剧情承接TV动画版第24集——
第十七使徒被消灭后，NERV的工作似乎已经结束，各个部门的职员们正在祥和的气氛中谈论以后的去向。这时，NERV本部突然遭到了战略自卫队（后简称战自）的袭击。原来战自得到消息称NERV企图引发“第三次浩劫”，于是他们标榜着“保护全人类”的口号对NERV的工作人员进行了惨无人道的大屠杀。
碇真嗣杀死了渚薰以后，无法再振作起来，整天沉浸在痛苦的思考中，无心去应付战自以及来自人类补完委员会的EVA量产机的攻击。精神崩溃了的明日香失去了生存的意志，但当受到战自的威胁、生命危在旦夕的瞬间，她感受到了EVA机中母亲的存在，并在驾驶舱内见到了母亲的笑颜。突破了心之障碍的明日香觉醒过来，与战自以及EVA量产机展开了殊死的战斗。
为了与碇唯再会而被制造出来的绫波丽，在与碇源堂约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。无论是作为容纳碇唯灵魂的容器或是“人类补完计划”的道具，她的命运也会就此结束，而已感到自我灵魂存在的丽的抉择是什么？
在战自的攻击之下，葛城美里不但要完成加持良治未完成的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护真嗣与明日香以及防备Seele对初号机与二号机的物理接触，她的忙碌直至被战自的流弹击中为止。出于对碇源堂的憎恨，赤木律子接受了Seele引爆MAGI的提案，但拥有赤木尚子思维方式的MAGI选择了碇源堂而放弃了自己的女儿，拒绝了自爆的提议。
之后，律子被源堂射杀。根据《死海文书》所记载，十数年后一定会引起第三次浩劫，Seele需要所有的EVA去完成《人类补完计划》。他们一方面告知战自NERV企图引发第三次浩劫，挑动战自攻击NERV，另一方面指挥量产机与EVA作战。Seele使用如此残虐的手段，其目的是——改变人类物质存在方式的通过仪式。
长期与Seele共事的碇源堂、冬月幸增、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，将人类引导入“新的世界”而酝酿了他们自己的“人类补完计划”。碇唯于2004年作为“被试验者”在试验中消失，十年后，源堂与冬月希望通过丽与莉莉斯的融合去补完人类，但在那之前，源堂希望能与碇唯相聚。“人类补完计划”实行——除真嗣与明日香之外，全人类失去了物质形态与绝对领域，融合成了一个整体。
扩展资料：
角色介绍——
1、绫波丽
简介： EVA零号机的驾驶员，在该剧中，她成了第二使徒莉莉丝的灵魂。为了与碇唯再会而被碇源堂制造出来的她，在与碇源堂约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。无论是作为容纳碇唯灵魂的容器或是“人类补完计划”的道具，她的命运也会就此结束，而已感到自我灵魂存在的丽的抉择却不如碇源堂所想。
3、惣流·明日香·兰格雷
简介： EVA二号机的驾驶员。在该剧中，受到了刺激，精神崩溃并失去生存意志，但当受到战自的威胁、生命危在旦夕的时候，她感受到了EVA机中母亲的存在。突破了心之障碍的明日香觉醒过来，与战自以及EVA量产机展开了殊死的战斗。
4、碇源堂
简介： NERV的司令官，碇真嗣的父亲，也是在该剧中，整个“人类补完计划”和EVA研究计划的负责人，卵化亚当的持有者。为了与他死去的妻子碇唯再会他制造出了绫波丽，在约定之时，他和绫波丽来到了NERV底层中央教条的红色水池边。但是已经感到自我灵魂存在的丽的抉择却不如碇源堂所想。
那个EVA就是里面的人型机器人，全称是Evangelion，意味福音战士，但EVA也可以算得上是生物，因为它的主体是由使徒制造的，然后在外面加个拘束器，用来限制EVA，所以会出现暴走（象零号机就经常在实验室暴走，初号机的暴走不用说了，太恶了，二号机只有一次，就是在真心为你中，在电池用完的情况下一只手动了起来，最后那只手废了），暴走其实是EVA回复了原来的真面目-使徒，暴走时不收驾驶员和作战室的控制，而且不用电池，因为有S2机关。
哦，完了~~~~本回答被网友采纳
人类补完计划某种程度上也是死宅打脸计划，剧中许多对话其实就是针对死宅说的
就这样。
Impact），七日七夜的洪水中只有两个人乘诺亚方舟活了下来。
1999年，冬月与碇唯在京都大学相识。不久之后，六分仪源堂和冬月相识。当时源堂和唯已经在交往中。源堂一边接近唯，同时也一边接触她背后的组织Seele。
2000年9月13日，第二次浩劫（Second
Impact）发生。在南极大陆上发生了一起给地球带来巨大浩劫的异变，造成海面水位上升、地轴扭曲。如同恐龙灭绝的传说，巨大的陨石撞击地球之后灰尘遮盖天空，造成全球性气温下降。经济崩坏、民族纷争、内战……，世界人口急速减少，只剩下原来的一半。南极，成为了宁静的残亡地域。人类，并未象恐龙那样灭绝，但复兴的工作，却无比严峻。
2001年，碇真嗣诞生，并且，所有EVA的驾驶员亦在这一年出生。
2002年，源堂和冬月为了调查第二次浩劫的起因前往南极。国联正式发表公告，称2000年9月13
日的世界规模的大灾害，是由于有超光速数倍的大质量陨石，冲击南极大陆所引致，其破害性相当于40亿年前的地球与小行星的撞击。但对于造成第二次浩劫的原因，却无人知晓。现实毕竟难以掩盖，在专家圈内，流传着一些保留下来的照片，在冲击造成的光影中，有一个巨人般的影像。也有在南极等地的幸存者称，在冲击波浪的中心，有数对巨大的翅膀。因第二次浩劫受到惊吓而陷入自闭状态的美里，被国联保护。
2003年，国联完成了对南极的调查，根据调查结果设立了位于箱根的人工进化研究所。冬月首次探访人工进化研究所，之后开始协助源堂。在人工进化研究所的地下有个广大的球形巨大空洞，而NERV本部就利用这个空洞而建造。此时，E计划始动，零号机也开始建造了。
2004年，进行了EVA启动实验，在幼小的真嗣面前，发生了事故，真嗣的母亲唯在实验中消失，拯救计划失败。自从唯的事件以后，没多久，源堂决定转移实行《人类补完计划》（在这之前的他们，其目的只是实行E计划而已）。
2005年，美里和律子在长野县第2新东京市的第2东京大学内相识，之后加持和美里相识。没多久，加持和美里开始同居。在地下庹洞的上方，第3新东京市开始建设。
2007年，美里和加持分手。
2008年，赤木博士完成了MAGI的基础理论。跟随着母亲尚子，律子加入研究所，成为主要执行人。
2009年，葛城美里加入研究所。
2010年，NERV的中枢电脑MAGI完成的当日，开发者赤木尚子在掐死第一个绫波丽后自杀。人工进化研究所经过改编，成为了新的秘密组织NERV。
2012年，在参拜母亲的陵墓时，真嗣在其父的面前逃离出走。自此以后一直到2015年真嗣都未曾和源堂见过一面。
2014年，第二个绫波丽转学进入第3
新东京市地壹中学校内。
2015年，使徒袭来！从第二次浩后经过了15年，人类总算能重新繁荣来。EVA已有3台可以实际使用了，而后也发现了三位14岁的少男少女可以担任EVA的驾驶员，人们不得不把未来的希望寄望在他们身上。面对重现的使徒们，肩上背负着人类存亡如此重大命运的少年们的战争现在开始了。
偶尔在网上看了这个文章后，终于搞懂了EVA到底在讲什么。决定有必要让大家分享。文章太长，要有一定的耐心，但看了之后你可以自豪的告诉别人你知道EVA到底说的是什么，所以值得你花耐心去看。
在地球的洪荒时代，天地精气孕集，阴阳交融，有名而自无名始，两仪生四象，四象生八卦......打住！反正经过复杂到没人说得清楚的物理化学反应后，地球上开始生长生命之树，一级一级地产生各种各样的生物，扩散于地球的陆地、海洋与天空，使天地之间充满了生机。终于有一天生命之树生长到了最顶点，阳气精华与阴气精华各自凝结成为Adam（亚当）与Lilith（利利斯），Adam是雄体而Lilith是雌体的最高形式生物。在他们“禁断的融合”后Lilith产生了一个“Lilith之卵即黑之月”，从中进而产生了十八个使徒，其中十七个获得了生命之果。不知是不是因为生命之树上生命之果只长着十七个，第十八使徒只能将就获得了智慧之果，因此A.T.Field的力量微弱，不足以维持一个总形态，只能分化瓦解以不同的形态存在着，这就是——人类。生命之树从此也不再存在，但生命之树中的“光和水”，即能量与传输物质，构成了人类的灵魂。最后生命之树只剩下一点点没烂掉的根根须
须，成为后世所称的郎基奴斯长枪。Adam、Lilith及二到十七号使徒均进入了休眠状态，而仍处蒙昧的人类则各奔前程，其中有一些智者还知道曾经发生过的事情，这些事情被作为传说写进了死海文书，或许还被写进了山海经也说不定的.......
时光飞驰，当年的第十八使徒——人类，足迹已经遍步地球，凭借智慧发展出高度发达的文明，并以世界的主人自居。然而“心的屏障”使人与人之间产生隔阂，心灵中充满冷漠与悲哀，孤寂感迫使人类开始寻找新的生存之道......公元1947年，在约旦溪谷的洞窟中，一些吉普赛人偶然发现了死海文书，震惊了考古学界。其破译工作持续了很多年，终于取得成功。其记载内容令人震惊，不但指出人类与使徒的起源，还指出将来某一时刻由Adam与Lilith所生的必将归还本体，重新生长出生命之树并产生新形态的生命体。在这一过程中，人类和使徒，哪一方控制Adam是至关重要的，因为遗传因子都从Adam而出（所以Adam也称作第一使徒、最初的人），控制Adam的一方回归Lilith之卵后，便可以成为新生命形态，或者说就是成为神，而失败的一方只有死亡（赢的一方尽管也得死但灵魂得到拯救呵呵）。因此在这个约定时刻到来之前，使徒一定会苏醒来与人类为敌，人类要顺利完成回归就必须在此之前消灭全部使徒。
为此目的，秘密组织Seele成立了，它的德文意思是灵魂，以基路议长为首，制订了人类补完计划的剧本，或称时间表，其下属执行机构为GEHIRUN（意为大脑），以后改称为NERV（意为神经）。Seele在全世界招收研究人员，其中有一名是在日本京都大学从事研究工作的女学生碇唯，在1999年她所写的研究报告引起了形而上生物学教授冬月的注意。同时注意她的还有一心要往上爬的六分仪源度，只用了几个月时间他就把唯泡到手，并由此也进入了Seele组织成为第十三位成员（这个数字注定他是背叛的犹大）。随着研究的深入，Seele在2000年向南极派遣了葛城考察队，但其中只......