2015年，琼山区辖4个街道、7个镇：府城街道、滨江街道、凤翔街道、国兴街道、龙塘镇、云龙镇、红旗镇、旧州镇、三门坡镇、甲子镇、大坡镇。辖区内有国营红明农场、国营东昌农场，省岭脚热带作物场，区属新民林场、中税热作场和长昌煤矿。共有34个社区、71个建制村，718个自然村、199个居民小组、919个村民小组。
府城街道 辖8个社区：府城社区、文庄社区、忠介社区、云露社区、甘蔗园社区、北官社区、北胜社区、龙昆南社区。
滨江街道 辖5个社区：东门社区、城东社区、下坎社区、铁桥社区、博桂社区。
凤翔街道 辖6个社区、5个建制村：凤翔社区、高登社区、桂林社区、大园社区、三峰社区、冼马桥社区、那央村、五岳村、儒逢村、红星村、石塔村。
国兴街道 辖7个社区：巴伦社区、攀丹社区、米铺社区、道客社区、八一社区、文政社区、文坛社区。
龙塘镇 辖1个社区、10个建制村：龙塘社区、龙富村、仁三村、潭口村、龙光村、新民村、龙新村、文道村、三联村、仁庄村、三桥村。
云龙镇 辖1个社区、7个建制村：南区社区、云龙村、云阁村、云裕村、云蛟村、云岭村、长泰村、儒林村。
红旗镇 辖1个社区、10个建制村：土桥社区、红旗村、大山村、龙榜村、龙发村、龙源村、道崇村、昌文村、苏寻三村、墨桥村、合群村。
旧州镇 辖1个社区、10个建制村：双拥社区、旧州村、池连村、光明村、红卫村、联星村、联丰村、岭南村、道美村、雅秀村、文新村。
三门坡镇 辖2个社区、10个建制村：庆丰社区、谭新社区、文岭村、美城村、新德村、龙马村、文蛟村、乐来村、清泉村、谭文村、友爱村、谷桥村。
甲子镇 辖1个社区、14个建制村：甲新社区、甲子村、群星村、新昌村、民兴村、红岭村、昌西村、青云村、民昌村、琼新村、琼星村、益新村、益民村、大同村、仙民村。
大坡镇 辖1个社区、5个建制村：博坡社区、大坡村、福昌村、新瑞村、中税村、树德村。
