寺院初建于西汉哀帝(刘欣)元年(公元前2年),当时寺名为“复图寺”,随着时代的变迁,时兴时衰。公元716年,唐高祖李渊在弘化任郡首时,将“复图寺” 更名为“正觉寺”。“安史之乱”期间,发生马嵬坡兵变,唐玄宗避难四川,太子李亨率三百骑夜奔彭原,彭原郡太守李尊接驾,夜宿“正觉寺”,数日后李亨经平凉到宁夏灵武登基,称帝肃宗。李亨第二次返回彭原后,驻兵半年之久,在此期间各路兵马云集彭原,商讨平乱大事,拜郭子仪、李光弼为帅,南进平乱。因彭原是皇家救命之地,在唐朝中兴中占有重要地位,公元757年,唐肃宗颁旨,重修寺院,敕建宝塔,敕封“正觉寺”为“彭原宝塔寺”,太守李尊监工修建。当时寺院规模宏大,大雄宝殿建筑雄伟,宝塔威严,香火鼎盛,声名大振。旧志中有“历代一百二十寺,多少楼台烟雨中”的记述。
早在东汉时,即公元67年起,甘肃庆阳彭原便有佛教圣地正觉寺。唐肃宗李亨即位前后曾二次驻足正觉寺,并在寺内与群臣共商平定始于公元755年的安史之乱,次年顺利平乱,朝野上下认为这是佛祖显灵暗中保佑,才保住了大唐江山。此后,为了感恩佛菩萨,肃宗下旨李遵,动用国家库银,巨资修建砖塔,历时四年,至公元760年宝塔落成,正觉寺随之被欶名宝塔寺。
该寺历经1900多年,宝塔凌云参天,七层八棱24门,正檐挑角,角端挂铃。塔壁基宽0.9丈,塔基内径1.8丈,外径3.6丈,周长12丈,塔高9丈,登塔远望数十里,风摆塔铃响,声闻远百里,每当朝夕太阳未出和西下的一刻,大地上一片昏暗,而远望彭原宝塔,其半截参天,其上依然沐浴在阳光中,如镀上了金色一般,似佛光照耀大地。因而彭原古塔被誉为庆阳八景,曰《彭塔晚照》。
原来的宝塔寺,不幸毁于文革。1985年3月17日,宝塔寺旧址上重建了天王殿。1995年农历十月十五日,国家佛教协会副主席妙林法师出资结缘,自缅甸迎回的玉佛,就安放此殿,此玉佛高1.5米,重约2吨。
宝塔寺于2009年5月再建西方三圣殿五间,现已竣工,其他工程都在建设当中。