航向鱼人岛篇
恐怖三桅帆船篇（漫画：442－489话／动画：337－381话）
草帽海贼团捡到一个祭祀海神的酒桶，打开后里面竟冲出诡异的红色闪光，接著千阳号因暴风雨而航行到魔幻三角地带，在那里遇见吃了黄泉果实的神秘骷髅人布鲁克，就在他们和布鲁克对话时，船渐渐驶向世界最大海贼船「恐怖三桅帆船」 ，从以前就想要个音乐家的
鲁夫邀请布鲁克成为同伴，但由於失去「影子」的布鲁克不能照射到阳光，因此拒绝了鲁夫的入团邀请，并一个人跑到岛上，因为
娜美、骗人布和乔巴在岛上迷路，好奇心作祟的鲁夫不顾布鲁克要他们离开此地的劝告，硬是和夥伴们闯进去探险，然而居住在恐怖三桅帆船里的竟然是
王下七武海 月光·摩利亚，为影子果实能力者，并且抢走敌人的影子建立僵尸军团，草帽海贼团成员陆续被摩利亚抓住并且剥走了影子，落单的
罗宾和佛朗基在即将被僵尸军团抓住之际得到布鲁克的帮助，经被僵尸称为「剑侠鼻呗」的布鲁克的解说，从而得知恐怖三桅帆船的秘密与僵尸的弱点，两人并带著布鲁克给他们的「盐」成功救出骗人布和乔巴，并且回到千阳号上唤醒了被夺走影子的鲁夫等人，但娜美还被困在岛上，得知布鲁克和在双子岬遇到的『岛屿鲸』拉布有一段约定，鲁夫一行人为了抢回食物、娜美和大家的影子再次闯入摩利亚的宅邸，鲁夫想只身去找摩利亚要回影子，其他人则与服仕摩利亚的三怪人和僵尸大军展开了艰辛的战斗，最后他们面对的最强敌人，是装有鲁夫影子的特别僵尸『魔人』欧斯，欧斯拥有与鲁夫同等破坏力，却也因鲁夫的白痴性格而数度被草帽海贼团成员耍的团团转，但由於摩利亚甩掉鲁夫后中途加入战局，使欧斯成为「力量」加「头脑」的凶恶怪物，草帽海贼团面临全军覆没的危机，所幸身上塞的一百人份影子的「噩梦·鲁夫」及时出现，加上同伴们的齐心合力，最终仍将摩利亚和欧斯逼到绝境打败了他们，但事情并未就此结束，他们遇上了王下七武海『暴君』巴索罗缪·熊，熊听从世界政府的指令，抹杀所有目睹摩利亚被击败的目击者，面对强大的力量加上体力耗尽，全团均无能为力并处於劣势，几乎全部被冲击晕倒，仅剩下
索隆尚能勉强战斗。为了鲁夫的梦想索隆愿意牺牲生命以换取鲁夫头颅，面对如此友情熊只得网开一面放过他们一马，将鲁夫所有的痛苦和疲劳转到索隆身上。事情结束后，布鲁克为了完成和拉布的约定，以音乐家身份加入草帽海贼团。
迪巴鲁篇（漫画：491－495话／动画：386－389话）
离开「魔幻三角地带」后，已经航行伟大航道半圈的草帽海贼团终於看到了「红土大陆」，大夥对一直以来的辛苦航行而获得的代价感到相当欣慰，接著为了寻找到鱼人岛的线索，他们利用「鲨鱼潜水3号」潜入海底探索却无功而返，此时一只直追鲨鱼潜水3号的
海兔跳出海面攻击草帽海贼团，鲁夫打倒海兔之后，意外遇见从海兔嘴里掉出来的人鱼海咪和海星帕帕克，两人拜托草帽海贼团从绑架集团「飞鱼骑士」以及
马可罗海贼团手中救出在章鱼烧店工作时很照顾她的老板 八仔，一行人来到飞鱼骑士团的大本营后意外发现海咪口中的八仔是元·恶龙海贼团干部『六刀流』八，而「飞鱼骑士」首领『铁面具』迪巴鲁似乎和草帽海贼团有著什麼深仇大恨，在与飞鱼骑士团的战斗中，鲁夫一脚踢开了迪巴鲁的铁面具，没想到他竟然因为和
香吉士悬赏单上的脸长得几乎一模一样，才会因此遭到海军的追杀，最后在香吉士「整形踢」下将迪巴鲁整形成一个帅哥，飞鱼骑士团就此和鲁夫一行人化敌为友。
夏波帝诸岛（漫画：496－513话／动画：390－405话）
得知鱼人岛位在海底 10000公尺深处，为了让千阳号能在海底航行，需要在船表面上膜，草帽海贼团、海咪、小八、帕帕克一行人来到香波地诸岛，目睹了
世界贵族「天龙人」滥用权力的恶行，以及岛上奴隶制度盛行的丑恶行为，接著他们来到小八的老友 夏姬开的风情酒吧要拜访上膜工人，但上膜工人已经半年没回家了，夏姬并提供几个他常去的地方给鲁夫等人作参考，并透露鲁夫和索隆已经被列为海贼界超新星十一人，另外九位赏金破亿的通缉犯同时也登陆了这座岛，在寻找上膜工人的途中海咪被绑架集团「猎狗宠物团」绑走了，草帽海贼团召集飞鱼骑士团将他们载到「人类拍卖会场」，后来在会场上小八被天龙人开枪射击，鲁夫愤而打伤天龙人，导致天龙人事件发生，一行人得到上膜工人「老雷」的帮助而顺利离开人类拍卖会场，回到夏姬的酒吧后，一行人才得知原来「老雷」是罗杰海贼团副船长『冥王』席尔巴兹·雷利，为感谢鲁夫等人帮助小八，雷利答应替千阳号免费上膜，并给他们每人一张「生命纸」，接下来给船上膜的三天时间全员得在岛上躲避海军，而受天龙人事件影响，海军本部上将『黄猿』博尔萨利诺来到香波地诸岛，所幸『冥王』雷利来此帮助，但也引发混战，后来全团船员更被突然出现的『暴君』熊的能力传送到别的地方去。而在同时，海军本部也正在召集所有王下七武海，准备要和白胡子海贼团战斗。
大事件篇
女儿岛篇（漫画：514－523话／动画：408－421话）
鲁夫被大熊传送到女儿岛 亚马逊·百合，鲁夫食物中毒，并为玛格丽特及同伴所救。但因他不知女人岛上不准男人靠近的规定，且「劫持」了玛格丽特而遭到追杀，而后更在那遇上了自称因为「诅咒」而拥有「石化」能力的女性王下七武海『海贼女帝』
波雅·汉库克，面对这个狠心把自己人石化的美艳暴君、目击此事却无动於衷的女人国子民、以及两位同样自称受诅咒其实是吃了恶魔果实的女王之妹，鲁夫展开了在女儿岛的战斗，后化解了与女儿岛居民的冲突和女帝的心结后，鲁夫无意中从怎麼了婆婆那得知艾斯的困境，决定去深海监狱「推进城」拯救即将被处死的『火拳』艾斯。而此时汉库克因暗恋上鲁夫，所以决定利用七武海身份暗中帮助他。另外，本篇也短暂说明了在鲁夫来到女儿岛的前几天草帽海贼团其他同伴的去向。海底大监狱篇（漫画：524－549话／动画：422－425、430－）
为了营救艾斯，鲁夫藏在汉考克的衣服里，登上海军军舰，透过海军专用海流到达海底监狱「推进城」。在汉考克的帮助下，鲁夫潜入海底监狱，却在地下一楼遇到正在逃狱的海贼团船长『小丑』
巴其。在前往「Lv.5」的途中，遇到了『Mr.3』和『Mr.2』，由於巴其与『Mr.3』急著想逃狱，『Mr.2』和鲁夫一同往「LV5」前进。另一方面，「监狱最强的男人」推进城署长 麦哲伦召集全部战力於「LV4 灼热地狱」迎战鲁夫。鲁夫与麦哲伦决斗，战败并被押送入「LV5 酷寒地狱」，再将死之际与『Mr.2』同得Lv.5.5新人类乐园『人妖王』艾波利欧·
伊娃柯夫拯救。并与『人妖王』等人到「Lv.6」去救艾斯。为救艾斯，鲁夫在「LV6 无限地狱」释放了王下七武海『海侠』吉贝尔及『Mr.0』沙·克洛克达尔，他们加入了战线。沿途又将『Mr.1』等囚犯释放，构成了巨大的战力。在途中，又遇到了背叛世界政府的「黑胡子海贼团」，在一阵骚动后，黑胡子也被麦哲伦击败，但推进城狱卒长「雨」矢龙却拯救了他们。鲁夫一行人，回到推进城入口后，克洛克达尔、吉贝尔、巴其和『Mr.1』成功抢下一艘供囚犯们逃亡的军舰；而『Mr.2』则假扮成麦哲伦开启了「正义之门」，并自愿留下让鲁夫带领241个囚犯顺利离开推进城，此时艾斯已由5艘战舰与5名中将的阵容押送到海军本部「马林福特」处刑。军本部篇（漫画：550－）
距离艾斯被处刑时间只剩不到3个小时，处刑地点海军本部“马林福特”召集了各支部有名且实力不俗的海军，召得总数十万人，前锋由五位“王下七武海”及“海军本部三大将”分别把守，也得知艾斯是‘海贼王’
哥尔·D·罗杰的儿子，正好
四皇‘白胡子’
艾德华·纽盖特率领新世界四十七艘海贼舰队入侵“马林福特”，准备迎救艾斯。于是白胡子海贼团加上四十三个新世界海贼团便与海军本部加上王下七武海开战，随着海贼团船长 小奥兹·二世拚死开出一条血路，白胡子海贼团瞬即攻入内湾，为此海军本部打算对艾斯提早行刑，此时
路飞与推进城内241名犯人即时赶到，并与白胡子联手拯救艾斯。经过一番激战后，路飞成功救出艾斯，艾斯正式参战，与路飞联手对抗海兵，而白胡子决定用尽自己最后的力量，掩护所有旗下海贼撤退。白胡子一人独对海军众人，白胡子海贼团正要逃亡之际海军大将赤犬出现并出言挑衅艾斯。艾斯愤而攻击赤犬却反被赤犬的岩浆给烧伤。最后赤犬一拳袭向路飞，艾斯挺身挡住攻击惨遭赤犬贯穿身体。艾斯靠在路飞身上，白胡子旗下的船医前去抢救艾斯，但艾斯拒绝了治疗，并出口感谢路飞和前来营救他的所有人，随后在路飞怀里含笑而逝。路飞受到艾斯逝世的影响而神情恍惚，此时黑胡子带着推进城四名传说中的囚犯突然出现于海军本部。白胡子独自一人在一个只剩半边的岛，其他被下达撤退命令的海贼都在另一半边的岛上。白胡子见到黑胡子后，便毫不留情的向他攻击，但最后在黑胡子海贼团的全体攻击下，白胡子以站着的姿态死亡，黑胡子趁势向前利用果实能力夺取白胡子的震动果实能力，而成为能够使用两种果实能力的能力者，至于是否真正拥有果实能力，仍待后续的故事揭露。黑胡子同时向世人宣布他将取代白胡子成为这个世界的霸主，于是战国亲自和黑胡子交战，而吉贝尔此时被赤犬重创，危急之际，被巴其和克洛克达尔解救，此时‘死亡外科医生’托拉法尔加·罗搭乘潜水艇出现，前来救援路飞。黑胡子在与战国交战当中将战国击飞，此时巴其将路飞和吉贝尔交给了罗，罗准备带路飞和吉贝尔逃离之时遭到黄猿的追击。黑胡子也使用振动能力打算让马林福特沉没，克比想要替路飞保管草帽，正面对上赤犬，打算用命守护路飞，却被赤犬当做背叛者，此时香克斯的船突然在海中出现。看到霸王色霸气的香克斯，赤犬动摇.......