朱棣下南京后，自即皇帝位，下令大索齐泰、黄子澄等建文朝臣五十余人，榜其名曰奸臣，实行族诛之法，族人无少长皆斩，妻女发教坊司，姻党悉戍边。朱棣还令尽复建文中所改的一切成法和官制，以表明其起兵目的在于恢复祖训。 黄子澄，凌迟，灭三族； 齐泰，凌迟，灭三族； 练子宁，凌迟，灭族； 卓敬，凌迟，灭族； 陈迪，凌迟，杀子； 铁弦，割其鼻耳塞入口中，然后问：“甘否？”铁弦答：“忠臣孝子之肉，有何不甘！”凌迟，灭族。 方孝孺，凌迟，灭十族(注：方孝孺大书「燕贼篡位」，朱棣见他宁死不屈，威胁他说：「你不怕被诛九族吗？」方孝孺义正严辞地斥责说：「即使诛我十族又怎样？」朱棣怒不可遏，于是大肆搜捕方孝孺的亲属，还包括他的门生和朋友（即第十族），在方孝孺面前一一杀害，被杀者共达八百七十三人，而方孝孺则被腰斩于南京聚宝门外。)。 另外，黄子澄之妹，铁弦之妻，皆没入妓院，沦为妓女。 1402年，他夺了亲侄子的皇位，导致了几十万人的战死沙场；建文帝宫中的宫人、女官、太监被杀戮几尽；他一次性枉杀1万4千多人。他还将忠于建文帝的旧臣如方孝儒等人全部杀死；仅方孝儒一家，灭“十族”就杀掉873人！对于建文忠臣的妻女，朱棣竟把她们送进妓院、军营，让人轮丨奸。有被摧残至死的，朱棣就下圣谕将尸体喂狗吃了。
鲁迅先生《且介亭杂文·病后杂谈》也曾提到明成祖如何对付建文帝的旧臣：
景清剥皮，铁铉油炸，他的两个女儿则发付教坊，叫她们做婊子。
据《明史》记载，景清不但被灭族，而且“转相攀染”，到处牵连，所谓瓜蔓抄，结果整个村庄成了废墟。进入教坊，用今天的话来说，就是送到妓院。教坊是国营的妓院，可不是人待的地方，《教坊录》有这样的记录：
永乐十一年正月十一日，本司右韶舞邓诚等，于右顺门里口奏：有奸恶齐泰的姐，并两个外甥媳妇，又有黄子澄四个妇人，每一日一夜，二十条汉子守着，年小的都怀身，节除夜生了个小龟子。又有三岁的女儿，奉钦依由他，小的长到大，便是摇钱的树儿。又奏黄子澄的妻，生一个小厮，如今十岁也。又有史家，有铁铉家个小妮子，奉钦依都由她。
“二十条汉子守着”，是轮丨奸的意思，这种惩罚骇人听闻，奸后生了孩子，还得继续受罪。
邓之城《骨董琐记》曾引《南京法司记》上一段文字：
永乐二年十二月，教坊司题卓敬女杨奴、牛景妻刘氏，合无照依谢升妻韩氏例，送淇国公转营奸宿。
所谓转营奸宿，就是送到让淇国公部属各个营地，让士兵们轮丨奸。
心狠手辣，屠戮宫女
朱棣的大老婆徐皇后，于永乐五年（1407年）病死。徐氏死后，朱棣一直未立皇后。后宫有一位权贤妃，是从朝鲜选来的美女，美艳殊丽，能歌善舞，且善吹箫，聪慧过人，最受朱棣宠爱。不料永乐八年（1410年），权氏随朱棣率兵北征，死于归途，害得朱棣为宠妃很掉了几滴眼泪。
朱棣正为失去宠妃而悲伤之际，有宫女揭发说权氏是被吕妃串通太监和银匠用砒霜毒死的。朱棣大怒，也不细查，即下令将被告下毒的太监、银匠处死，对吕氏则采用酷刑，用烙铁直烙了一个月才死。受吕氏牵连而被杀者达数百人。
揭发吕氏毒死权妃的人也姓吕，是一位朝鲜商贾的女儿，史书称其为“贾吕”。
永乐十八年（1420年），朱棣准备立为皇后的宠妃王氏暴死，而恰于此时，皇宫内又有人告发贾吕、鱼氏与宦者“通奸”（宫女和宦者结为夫妻一样的伴侣，实际上没有实质上的性行为，仅仅是相互慰悦、相互照顾而已，宫内称为“菜户”或“对食”）。明朝后期的皇帝对此类事，往往采取听之任之的态度。明熹宗甚至还亲自将宦官与宫女结为对食的。
朱棣却勃然大怒。贾吕、鱼氏惧祸，上吊自杀。
朱棣并不罢休，又兴株连之法，拘捕与贾吕亲近的宫婢，亲自审讯，看贾吕等人是否还有其他阴谋。宫婢受了酷刑，竟诬服称后宫有人要谋害皇帝。这一口供，激起朱棣嗜杀本性。于是，接连有更多的人被抓，更多人的屈打成招。百连千扯，自承“谋逆”的宫婢侍女，竟然达近三千人之多。
朱棣下令将这些从全国选来的美丽的宫女全部处以剐刑。所谓剐刑，即是凌迟处死。此刑主要用来处死“谋大逆”、“谋反”等政治犯。
行刑时朱棣亲临刑场监刑，经常还亲自操刀，残杀宫女。一位河北籍宫女受刑时斥骂朱棣：“你年老阳衰，我们宫人与宦者相悦，又有何罪！”
朱棣更加恼怒，令画工画了一张贾吕与宦官相拥图，遍示内宫，羞辱无辜的宫女之余，亦不啻自我羞辱。《李朝实录》记载，朱棣大肆屠杀宫女之际，适有宫殿被雷电击毁，宫女们暗喜，以为朱棣会因害怕上天惩罚而停止屠杀，但朱棣“不以为戒，恣行诛戮，无异平日”。
公元1424年，朱棣第五次出兵大漠，死于北征回师途中的榆木川（今内蒙古乌珠穆沁）。大内以30余宫女生殉朱棣。她们吃完饭以后，被带上殿堂，哭声震殿阁。殿堂内置有小木床，使宫女立在床上，梁上结有绳套，把她们的头放在圈套中，然后撤掉小床，使她们吊死。
“永乐大帝”无改一生嗜杀无度，死了也要祸害别人。
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