南京的大学有南京大学、东南大学、南京航空航天大学。
1、南京大学
南京大学是一所历史悠久、声誉卓著的高等学府。其前身是创建于1902年的三江师范学堂，此后历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、国立第四中山大学、国立中央大学、国立南京大学等历史时期，于1950年更名为南京大学。
1952年，在全国高校院系调整中，南京大学调整出工学、农学、师范等部分院系后与创办于1888年的金陵大学文、理学院等合并，仍名南京大学。校址从四牌楼迁至鼓楼金大原址。
南京大学在崭新的历史机遇中焕发出新的生机，首批入选国家“211工程”和“985工程”建设序列，首批入选国家“双一流”建设高校，首批入选国家级双创示范基地，始终处于中国大学的第一方阵，获得了公认的社会影响和学术声誉。
2、东南大学
东南大学位于江苏省南京市，是中国最早建立的高等学府之一。学校创建于1902年的三江师范学堂，后历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、国立中央大学、南京工学院等办学时期。1988年5月，学校复更名为东南大学。
东南大学共有四牌楼、九龙湖、丁家桥等校区，占地面积5888亩，另设有无锡校区和苏州校区。学校有全日制在校生38419人，其中本科生16785人，研究生21634人；有专任教师3300人，其中两院院士16人。学校设有34个院系、87个本科专业。
3、南京航空航天大学
南京航空航天大学创建于1952年10月20日，位于中国江苏省南京市，是隶属于中华人民共和国工业和信息化部的一所具有航空航天民航特色、以理工类为主的综合性全国重点大学，也是中国双一流、建设高校，还是中华人民共和国创办的第一批航空高等院校之一。
南京航空航天大学现有明故宫校区、将军路校区、天目湖校区三个校区，占地面积总计3046亩，建筑面积共189.3万平方米。学校现有本科专业66个、硕士一级学科授权点32个、博士一级学科授权点17个、博士专业学位授权类别4个、硕士专业学位授权类别16个、博士后流动站17个。