一个是部门，一个是机构。两者进入资格不同，等级有高低。
研究所一词，来源于近代的科学发展史，在学术界，称其为科学试验的研究部门。如地球研究所、物理研究所、天文研究所等等。
研究院一词，来源于近代的科学发展史，在学术界，称其为科学试验的研究机构。
研究所：在学术界，称其为科学试验的研究部门。一般读硕士的通常是3年，第一年是属于研究生院集中学习，余下的2年是在各个研究所继续深究。
研究院：在学术界，称其为科学试验的研究机构。是大学之后的进阶教育研究机构，一般设于大学中，以“某大学某研究生院”的形式存在，也有独立设立者。研究生院需大学毕业及同等学历才能取得报考或申请入学资格，主要为培养硕士、博士人才及进行基础研究工作，许多大学教授也会在研究生院开课并领导研究工作。