首先就需要把问题拆开来看，也就是对“厉害”二字的指向。
比如说：如果问题是清代八旗中最厉害的是哪旗?这里的厉害指的是战斗力的话。
正如答主宸言旧事所说，从严格上讲清代八旗兵并没有出现过单一某旗作战的情形，不管是任何一次战争。也就说通常情况下都八旗军每旗下每佐领抽丁若干共同执行任务，或者以左右翼的形式出征(左翼镶黄旗、正白旗、镶白旗、正蓝旗;右翼正黄旗、正红旗、镶红旗、镶蓝旗)，所以很难以量化的角度去区分哪一个旗战斗力最高。
但是就好比你问明中后期浙兵中最厉害的是义乌兵还是浙江其他地方军，虽然这个没法回答，因为并没有单一地方部队作战的情况。但是浙兵中承担主要冲锋任务的还是原戚家军中的义乌兵，而八旗中自然由皇帝亲领的上三旗(正黄旗，镶黄旗，正白旗)理论上而言更为优秀，相对而言自然同时也占有更多的资源。可非要具体哪一旗更加厉害，那就没有答案了。
再如果问题中的“厉害”所指的是地位上，政治上的尊贵。那么应该是镶黄旗。
这里首先要强调一点是，八旗并没有尊卑之分，他们之间的地位相对而言是平等的，并没有我们相信说像印度种族姓氏那样泾渭分明，不可逾越。但实际上三旗，还是比下五旗更加尊贵的，而上三旗中最尊贵的就是镶黄旗。
在满八旗成立之初，镶黄旗就是努尔哈赤的亲军，之后在分配中也给自己的贴身侍卫里面留了15个镶黄旗佐领的名额，所以镶黄旗也称为头旗。而且不管是满族皇后人数，贵族人数，大臣人数，将领人数，镶黄旗都占有绝对的优势，也就是说从政治到经济到武力总额，镶黄旗都是毫无争议的八旗第一。更有说服力的是清朝皇帝都有个称谓，叫做镶黄旗佐领上，也就是说虽然理论上皇帝不属于任何一旗，但是他都会把自己默认归到镶黄旗下，这就更加显得镶黄旗在满八旗中超然的地位。
顺带啰嗦一句，由于汉文化中“正”为中，“镶”为边，所以很多人误以为正黄旗才是满八旗中最为尊贵的一旗，常常开玩笑说我是正黄旗下谁谁谁，偷偷告诉大家一句，正黄旗确实是满八旗人数最多的一旗，但是他们都是皇帝和各顶级大臣的家丁，这才是正黄旗人数最多的原因。

那么，在八旗中，哪个旗的地位最高呢？
在清朝入关之前，皇帝直接统领两个旗，即正黄旗和镶黄旗。毫无疑问，这两个旗的地位最高。其余6旗由皇帝的子侄率领，地位略低。
清朝入关后，随着正白旗旗主多尔衮被顺治皇帝清算，正白旗也被顺治皇帝纳入统领，于是皇帝亲领的旗就变成了3个，即正黄旗、镶黄旗、正白旗。它们被统称为“上三旗”。地位最高。其余正红旗、镶红旗、正蓝旗、镶白旗、镶蓝旗被称为“下五旗”，由诸王、贝勒、贝子分领，地位较次。本回答被网友采纳
我们都知道，这个八旗的制度是努尔哈赤创建了的，但是在最开始的时候，其实只是有着八旗的雏形，仅仅也有着四个旗而已，也就是正黄、正白、正红、正蓝4旗。到1615年，增设了镶黄、镶白、镶红、镶蓝4旗，八旗制度得以完备，当然在皇太极的时候，这个八旗制度更加的完善了，因为先后创建了八旗蒙古、八旗汉军了，那么在这些八旗中间，这个地位最好的会是正黄旗吗？
其实可能答案并不是这么简单的，我们都知道这个在清朝入关之前，皇帝直接统领两个旗，即正黄旗和镶黄旗，也就是说这两个旗才是地位最尊贵的了，因为在这个时候其他的旗都是有其他的贝勒管理的，这个地位自然和两黄旗没有办法比拟了，但是后面我们也知道在多尔衮死后，这个顺治也就将这个正白旗也纳入到皇帝的管理了，所以也就是我们后面经常看到的上三旗的来历了。
其实这个上三旗地位最高的并不是这个正黄旗，在努尔哈赤的晚年，正黄旗分给阿济格、多尔衮、多铎统领，他的手中只是留下了镶黄旗，在这个时候镶黄旗无疑是地位最高的了。当然最后在皇太极成为满清的皇帝之后，这个正黄旗还是被他收回来了，但是这个地位和镶黄旗还是没有办法比的，顺治时期，清朝对八旗进行正式排序的时候，也是这个镶黄旗地位最高，镶蓝旗地位最低了。
而八旗制度中还有一条明确记载，镶黄旗为八旗之头旗，所以，镶黄旗实力最强！
上三旗大致兵力：
1、正黄旗 ： 上三旗。 【清末时兵力】：92个佐领、2个半分佐领、约3万兵力（八旗中最多人口） 【总人口】：约15万人 【其中著名人物】：纳兰性德（康熙帝宠臣）、索尼（重臣） 。
2、正白旗 ： 上三旗。 （最初是下五旗、顺治帝初年、多尔衮统领后编入上三旗） 【清末时兵力】：86个佐领、约2万6千兵力 【总人口】：约13万人 【其中著名人物】：婉容、荣禄 。
3、镶黄旗 ： 上三旗。 【清末时兵力】：84个佐领、2个半分佐领、约2万6千兵力 【总人口】：约13万人 【其中著名人物】：孝和睿皇后（嘉庆帝的皇后）、慈安等。
八旗：
正黄旗：
清代八旗之一。建于明万历二十九年(1601年)，以旗色纯黄而得名。正黄、镶黄和正白旗列为上三旗，上三旗内无王，都归皇帝所亲统．兵是皇帝亲兵，侍卫皇室的成员也从上三旗中选。至清末，是八旗满洲中人口最多的一个，下辖92个整佐领又2个半分佐领，约3万兵丁，男女老少总人口约15万人。