机械工程系的专业包括：机械工程、机械设计制造及其自动化、机械电子工程、车辆工程等专业。
机械工程系主要研究和应用机械装置的基本原理和结构，涉及到多个专业方向。以下是详细解释：
1. 机械工程：这是机械工程系的基础专业，主要研究机械系统的设计和应用，涉及机械装置的结构设计、制造工艺、质量控制等方面的知识。
2. 机械设计制造及其自动化：此专业涵盖了机械系统的设计、制造和自动化控制等内容。除了基础的机械原理和结构知识外，还包括自动化控制系统、制造工艺自动化以及计算机辅助设计等技术。
3. 机械电子工程：这是一个跨学科的专业，结合了机械工程和电子工程的知识。它主要研究机械装置中的电子控制技术，如机器人的电子控制系统等。此专业的毕业生通常具有广泛的应用领域和广阔的就业前景。
4. 车辆工程：此专业主要研究车辆的设计和制造，包括汽车、摩托车和其他交通工具。涉及车辆的结构设计、动力系统设计、控制系统设计以及安全性评估等方面。随着汽车工业的发展，此专业的需求也日益增长。
每个专业都有其独特的研究方向和就业前景，学生可以根据自己的兴趣和职业规划选择合适的专业进行深造。