对检查发现的“小金库”问题处理处罚的总体要求是：
1、将“小金库”的资金或资产纳入国家规定的账簿内，统一登记和核算;
2、对财政性资金，该缴入国库的缴入国库，该上交财政专户的上交财政专户;对“小金库”资金发给个人部分，该追缴的追缴。
全国人大常委会委员刘锡荣在审议刑法修正案（七）草案时提出了集体腐败的概念，并表示可考虑首先把私立小金库列入刑法犯罪中。
中国未来将逐步深化财税、金融、国有资本运营等管理制度的改革，在源头上防止并杜绝“小金库”问题的发生，在此基础上，也将不断加大对“小金库”的日常治理力度。治理 “小金库”对深化收入分配制度、财税体制等改革、推进反腐倡廉建设都有重大意义，该专项治理进展情况及实际效果，应及时向社会公布。
全国“小金库”治理工作电视电话会议2009年4月24日在京召开，要求全国党政机关和事业单位开展“小金库”专项治理，鼓励知情人士举报。
扩展资料：
中共中央纪委、监察部、财政部、审计署近日联合印发《关于在党政机关和事业单位开展“小金库”专项治理工作的实施办法》，明确2009年在全国范围内开展的“小金库”专项治理范围是全国党政机关和事业单位，此次治理工作将持续至2009年底基本结束。
根据《实施办法》，此次专项治理工作从中共中央办公厅、国务院办公厅《关于深入开展“小金库”治理工作的意见》下发之日起至2009年底基本结束，主要采取自查自纠和重点检查相结合的方式进行。
《意见》下发之日起至2009年5月底为动员部署阶段，到6月底前为自查自纠阶段，从7月初至10月底为重点检查阶段，11月底前为整改落实阶段。
《实施办法》提出，对专项治理中发现的“小金库”，要严格按照“依法处理，宽严相济”的原则进行处理。各级“小金库”治理日常工作机构要设立并公布举报电话、举报信箱，注意发挥网络举报作用。
对举报有功的单位和个人，根据查出并已收缴入库的“小金库”资金、税款和罚款的金额，给予3%至5%的奖励，奖金最高额为10万元，由同级财政负担。
凡是违反法律法规及其他有关规定，应列入而未列入符合规定的单位账簿的各项资金（含有价证券）及其形成的资产，均纳入此次治理范围。重点是2007年以来各项“小金库”资金的收支数额，以及2006年底“小金库”资金滚存余额和形成的资产。
参考资料来源：百度百科-小金库