克隆技术被誉为“一座挖掘不尽的金矿”，已展示出广阔的应用前景。当今世界人口在增长，土地在锐减，迫使人们不得不想办法提高作物的单位面积产量。人们利用“克隆”技术可以培育出大量具有抗旱、抗倒伏、抗病虫害的优质高产品种，大大提高了粮食产量。如果将克隆技术在农业中推广，将有效解决人类的吃饭问题。过去人们培养一个优良畜种，需要数代杂交选种，而且变异和退化时常威胁品质的稳定。利用体细胞克隆技术，这一世纪难题就迎刃而解。如用一头高产奶牛作供体，就可以克隆出十头、百头甚至千头、万头同样高产的奶牛。很多吞噬人类健康的疾病的根源用现代医学还无法查出。科学家们把体细胞中可能与疾病有关的“嫌疑”基因，导入实验动物基因中，然后克隆出一批转基因的实验动物。由于人与动物的疾病发生机理有很多相似之处，如果导入的嫌疑基因在动物身上发病，就证明那一基因是“肇事元凶”。在当代，医生几乎能在所有人类器官和组织上施行移植手术。但就科学技术而言，器官移植中的排斥反应仍是最难解决的问题。排斥反应的原因是组织不配型导致相容性差。利用克隆技术培育人体器官则绝对没有排斥反应之虑，因为二者基因相配，组织也相配。猪的一些器官与人类器官在功能、大小、结构上较接近，比如心脏，所以克隆猪被认为是研究异种器官移植、构建人类疾病模型的理想材料。科学家们通过克隆猪进而培植可供移植给人类的器官，这将解决全球可供移植的人体器官极为短缺的问题。人们还通过“克隆”技术生产出治疗糖尿病的胰岛素、使侏儒症患者重新长高的生长激素和能抗多种病毒感染的干扰素。
从血液中提取的蛋白药物，成本高，价格昂贵，而且有些血液制品中可能隐匿有艾滋病、乙肝等病毒，这使人们在使用这些药物进行医疗的同时又有被传染的危险。如果大量克隆具有特殊药用价值的基因动物，就可以利用这种动物的血液和乳汁，生产具有特殊效用的蛋白药。