柯南vs黑衣组织应该是最精彩的 希望您喜欢！
001 云霄飞车杀人事件 (黑衣组织—
琴酒 、伏特加出场，
工藤新一喝下APTX4869变小。大幕拉开)
002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道其身份，工藤新一化名为
江户川柯南）
005 新干线大爆破事件（漫画中柯南首次得知琴酒与伏特加的代号，但这集在动画中被修改了，Gin和伏特加被改成了两个长相相似的人）
013 奇怪的寻亲杀人事件（宫野明美出场。本集在动画中被修改过，内容与漫画有着很大不同）
043江户川柯南诱拐事件(父母知道变小)
048~049外交官杀人事件(
服部平次登场，工藤新一第一次恢复)
054 电玩公司杀人事件 (
龙舌兰出现，被炸死)
057~058福尔摩斯迷杀人事件(平次知道身份)
128 黑暗组织10亿抢劫事件 （宫野明美死亡，黑暗组织浮出水面）
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (
灰原哀出场）
131 竞技场无差别胁迫事件(后篇)(灰原说出了工藤新一与组织在半个世纪前就有了关系)
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场)
177 与黑暗组织的再会（柯南篇） （
宫野志保第一次恢复）
178 与黑暗组织的再会（解决篇） （皮斯克被琴酒灭口，
贝尔摩德出场）
188 性命交关的复活-洞窟内的侦探团
189 危命的复活_负伤的名侦探
190 危命的复活_第三种选择 （工藤新一第二次恢复）
191 危命的复活_黑衣骑士
192 危命的复活_新一回来了
193 危命的复活_约定的场所
226 格斗游戏的陷阱（上集） （茱蒂出场）
227 格斗游戏的陷阱（下集）
230 谜一样的乘客（上集） （
赤井秀一出场，形势复杂）
231 谜一样的乘客（下集）
242 元太的灾难（提到GIN是左撇子)
258 来自
芝加哥的男子（上集） （詹姆斯·布兰克出场）
259 来自芝加哥的男子（下集）
269 犯罪的遗物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）
270 犯罪的遗物 （下集）
271 急忙掩饰的忽略（上集） （灰原被怀疑，形势危急）
272 急忙掩饰的忽略（下集）
277 英语教师VS西部名侦探（上集） （柯南叫博士调查克里斯·宾亚德）
278 英语教师VS西部名侦探（下集）
279 迷宫的阴暗（上集）（发现克里斯就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。）
280 迷宫的阴暗（下集）
286 工藤新一纽约事件（事件篇）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）（贝尔摩德扮成杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪）
307 无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴）
308 无声的证据（后篇）（下一集的引子）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）
310 与黑暗组织的接触（追踪篇）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件）
329金钱买不到的友情（上集）（本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。是阿笠博士的旧识。)
330金钱买不到的友情（下集）
335 东京现影所的秘密（前篇） （灰原被跟踪，山雨欲来）
336 东京现影所的秘密（后篇）
338 四辆
保时捷（前篇）
339 四辆保时捷（后篇）（茱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系）
340 厕所里隐藏的秘密（前篇）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）（灰原在厕所中找到了妈妈留下的录音留言）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片，引起对朱蒂身份的怀疑）
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 （茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光。卡尔瓦多斯出场，被赤井打断腿后自杀，第一次对决暂告段落）
346 寻找P股上的印记（前篇） （为上一集善后）
347 寻找P股上的印记（后篇）
361 帝丹高中的学校怪谈（前篇）
362 帝丹高中的学校怪谈（后篇）（真正的新出医生回归）
374 星星和香烟的暗号（前篇）（开头柯南想起沉默的航线中凶手在警局本想要给鸟取县的朋友打电话，但最终没有打，怀疑是否和组织有关）
375 星星和香烟的暗号（后篇）（结尾处柯南听到山村警官给鸟取县的奶奶拨号的按键声很震惊，其实是和贝尔摩德输boss手机号码时的按键声很相似，推测boss在鸟取县）
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) (boss的手机号被发现，斗争新动向）
425 被组织的魔掌触碰的瞬间 （
水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起）
429 无法回到从前的两人(前篇) （本堂瑛佑出场）
430 无法回到从前的两人(后篇)
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 （本堂瑛佑行事诡异，引起柯南注意）
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（后篇）
491 红与黑的碰撞 开始 （最精彩的一个系列，不可不看）
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职 （第二次对决，赤井秀一疑似牺牲，水无怜奈CIA身份遭到组织怀疑）
507 卡拉OK包房的死角（前篇)
508 卡拉OK包房的死角（后篇）（本堂瑛佑知道柯南是工藤新一，柯南在得知FBI有人死了之后想：没问题。这也成为赤井秀一没有死的疑似证据之一）
509 红白黄色与侦探团（水无怜奈传递信息，组织派出一名代号为
波本的成员专门调查sherry。
冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样）
510 柯南VS W暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)
543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)（冲矢昴的言语直逼灰原）
563 侦探团VS强盗团(骚乱)（疑似赤井秀一的人登场)
564 侦探团VS强盗团(沉默)
578 召唤危机的红色预兆
579 黑与13的暗示
580 紧迫黑色的时限
581 红色的摇摆目标（水无怜奈被gin怀疑没有杀掉赤井秀一，GIN准备让基安蒂对假拌赤井的波本进行狙击但并未成功）
646 幽灵酒店的推理对决（前篇）（
世良真纯出场）