1998年，国家教委对本科专业进行了调整，内蒙古工业大学化工学院借此机会对其原有专业进行了优化和整合，设立了化学工程与工艺、无机非金属材料工程、过程装备与控制工程等本科专业。在后续几年里，学院进一步扩展专业领域，2001年增加了生物工程专业，2002年增设了制药工程专业，2003年又增设了食品科学与工程专业，从而形成了一个全面满足自治区化工、轻工、制药以及建材行业人才需求的专业体系。
化学工程与工艺专业特别设有化学工艺和精细化工两个专业化方向。自2003年起，学院停止了专科招生，专注于研究生和本科生教育。1985年，化学工艺学科被授予工学硕士学位授权，并被评为自治区级重点学科。为了满足企业对高学历人才的需求，学院在1999年成功申请到了化学工程领域的工程硕士授权点，从2000年开始，开始招收工程硕士研究生。同年，应用化学的工学硕士学位点也获得批准，此外，与能源与动力工程学院合作的流体力学与机械工学硕士点也得到了认可。
在2003年，化学工艺博士点被批准，学院开始招收博士研究生，并在同年获得了化学工程、化工过程机械、工业催化等多个硕士点的批准。2005年，化学工程与技术一级学科获得了硕士学位授予权，同年，与能源与动力工程学院共同申报的环境工程二级学科也得到了相同的认可。这为学院的硕士和本科毕业生提供了直接考取博士、硕士研究生的机会，极大地便利了他们的继续深造之路。
· 内蒙古工业大学化工学院是与内蒙古工业大学同龄院系之一，其前身是内蒙古工业大学化学工程系。2000年3月更名为化工学院。 1985年成立了有机化工专业及硅酸盐工程专业，九十年代随着自治区对精细化工、生物化工和制药工程人才的需求，于1994年又成立了精细化工专业。学院始终坚持培养能够适应二十一世纪世界和地区经济发展并且能够从事化学工业、石油工业、制药、生物、能源、环保和食品等行业设计、研究、开发和经营管理等方面的高级工程技术人才。