截止至2023年8月6日，《名侦探柯南》还没有完结，结局未知。
《名侦探柯南》从很久之前就开始连载了，已经开有三十年了但是故事剧情还在继续。不少的粉丝都已经希望看到最后的结局。青山老师最后一次对《名侦探柯南》的最终BOSS发表相关内容是在2017年12月11日，宣布《名侦探柯南》因故休刊前夕。
在这一话《名侦探柯南》漫画里，新一的爸妈来到了日本，并告诉了他黑衣组织的幕后老大很有可能就是乌丸莲耶，当时漫画上也用了“组织的BOSS身份终于揭晓”这类文字，似乎是在暗示《名侦探柯南》最终BOSS已经公开，无数粉丝也猜测最终BOSS到底是不是他，但是这时候，青山刚昌老师却不再发表任何观点了。
《名侦探柯南》的结局猜想
第一种结局
新兰是《名侦探柯南》官方的CP，新一跟小兰已经互相表白，知道了彼此的心意，只是新一依旧以“各种忙”默默地守护在小兰的身边。主线的最后，黑衣组织被一网打尽，小哀也研制出完美的解药，不会再变回小孩子了。
柯南以要回家或者跟着父母出国的借口离开小兰，新一以复杂的案件已经解决回归正常的生活和小兰的身边，还对小兰表示错过与柯南的见面有点可惜，继续欺骗小兰他自己和柯南的关系。最后的最后，他跟小兰都毕业了，然后工作，结婚，生子，然后他们的儿子就叫做柯南。
第二种结局
柯南跟他的伙伴们合力将黑衣组织消灭了，但是完美的解药依旧没有研制成功，新一依旧用柯南的身份活着，他跟小兰说明了情况，两人分道扬镳，不过善解人意的小兰当不了新一的女朋友就当他的姐姐，然后柯南与步美，光彦、元太他们一起长大，上中学、高中，然后选择上大学或者出来工作，最后结婚。
第三种结局
柯南跟他的伙伴把黑衣组织歼灭了，但是完美的解药并没有制作出来，得知这个情况的他，忍不住跟小兰说了，小兰听到之后决定跟新一分手，之后柯南消沉了好一段时间，不久之后，柯南的班上转来了一个可爱的女生。
这个女生就是变小了的小兰，原来小兰知道真相后，想了很多，最后跑去找小哀帮忙，小哀开始是拒绝的，经过小兰的真情演讲，小哀被说服了，于是给了她变小药。