1. 游戏开始时，玩家需要选择主角的性别，这将决定对手的性别。接着，玩家可以给主角起一个名字，然后开始游戏。
2. 游戏开始时，主角在卡车里，原来是因为刚搬家到这里。进入家中后，玩家需要上楼设定时间。由于游戏采用真实时间制，建议玩家按照现实时间设定。设定好时间后，妈妈会让主角去镇里逛逛，与新邻居们打招呼。
3. 主角来到镇上的研究所，发现博士被一只ポチエナ追赶，地上放着博士的背包。博士看到主角，让主角从背包里拿出一只妖怪来打倒ポチエナ。主角挑选了一只妖怪，轻而易举地打败了敌人。救了博士后，博士将那只妖怪送给主角，并拜托主角去103号道路把他的孩子叫回研究所。
4. 主角来到103号道路，发现博士的孩子在草丛里。与她对话后，她为了看看主角的实力，执意要与主角决斗。主角打败了她，她战败后只得听从主角的话，回研究所去了。
5. 回到研究所，对手已经在那里了。博士为了感谢主角，赠送了一台图鉴给主角，而对手也为了感谢主角带信，赠送了主角5个精灵球。现在就可以捉妖怪了。
6. 主角来到トウカシティ镇，往左走，通过102号道路来到了トウカシティ镇。路上有不少的训练员，可以趁此机会练练级。トウカシティ镇是第一个有GYM会馆的城镇，不过这里的首领却说主角是新手，等主角得到4个徽章后再来挑战。
7. 主角来到119号道路，发现水之团的人把一个人的东西偷走了。那人委托主角帮他追回失物。主角追了一会，看到一个山洞，洞外站着一位老人，他告诉主角他的爱宠也被水之团的人抢去了。主角打败了水之团的人，救出了老人的宠物，水之团的人把偷来的道具也给了主角。
8. 主角来到ムロタウン镇，发现这里有会馆，于是就进去挑战了。这里的会馆是格斗系的，如果有飞系的妖怪或者招数将会很轻松，如果没有就有点难度了，因为大部分的敌人攻击都挺高的。打败了首领后它会送你08号技巧机器（加强）和格斗徽章。
9. 主角来到カイナシティ市，进入城市后发现有许多水之团的人聚集在博物馆门口，现在进不去，于是就先到了右下方的船工厂与里面的人对话，对话完后出来发现博物馆门口的人没有了，于是就进去看看，进去后买了50元的票后与第一个水之团的人对手，他会送给你46号技巧机器（偷窃）。
10. 主角来到キンセツシティ镇，在镇上商店的右边民居里会得到06号秘传机器（碎岩）。再到镇上的自行车店，会得到自行车，自行车有两种，一种是按着B键可以跳的，一种是如果不撞到东西就会跑的飞快的，不过建议还是用可以跳的那种，因为后面有些地方必须要这种自行车才能跳过。
11. 主角来到镇上会馆，门口站着先在トウカシティ镇教主角捉妖怪的哪个人，他要与主角决斗，不过不一会就败下阵来了。打败他后进入会馆，这个会馆以电系的居多，所以使用地系招数比较好。打败首领后得到了34号技巧机器（电击炮）并且也得到了徽章。
12. 主角来到112号道路，发现水之团的人在缆车站的门口守着，现在也进不去，继续往左过了一个山洞，来到113号道路，这里飘着大雪，再往左走就来到了ハジツゲタウン镇，在镇上补给一下后往左走，会来到一个山洞，山洞里熔岩团和水之团正准备火拼，不过看到主角来了后却都散了。
13. 主角来到フエンタウン镇，这里是个温泉胜地，与温泉前面的老奶奶对话她会送给你一个蛋，孵出来会是LV5的小忍耐兽。补充下道具后就往会馆前进了，这里的会馆是火系的，到现在大家应该会有一只水系的妖怪吧，用水系或者地系来打都非常有效。打败首领后她会送你50号技巧机器（燃烧殆尽）这招是火系招数，威力有140，不过使用后自己的特攻会下降一级，不适合经常用；并且还得到了火系的徽章。
14. 主角已经凑齐了4个徽章，就可以回到トウカシティ镇了，到了镇上的会馆，通过一层一层的门来到了会馆首领的面前，打败它后会得到徽章，有了这个徽章就可以使用乘浪了。出会馆门后去会馆左边的房子，里面的人会给主角03号秘传机器（乘浪）。
15. 主角来到キンセツシティ镇，在往边走一直走到河边，然后使用乘浪来到119号道路，在119号道路的最上方有一座大厦，里面的科学家正被水之团的人劫持，主角见义勇为的打倒了坏人，水之团又再一次落败了，科学家为了感谢主角，送了一只25级的ポワルン给主角。
16. 主角来到ヒワマキツティ镇，但这里的会馆不知怎么的进不去，被什么无形的东西挡住了，没办法，只好继续往下走。往下走遇到了对手，再一次打败他后得到了2号秘传机器（飞天），继续下行，在桥上遇到了一个人，他给了主角喷雾剂，能使挡路的变色龙恢复本来的样子，拿着这个道具再回到ヒワマキツティ镇的会馆，使用这个道具，挡路的变色龙便会现出原形了。
17. 主角进入会馆，打败了会馆首领，并取得了徽章，有了这个徽章就能在平时使用飞天了，再也不用辛辛苦苦到处跑东跑西了。
18. 主角通过了120，121道路到达了ミナモシティ市，这里有最大的百货大楼，在这里补充好道具，收集好情报后然后到122号道路中央的小岛上，先在岛的内部得完所有的道具，然后再到外部去解救被水之团包围的一对老夫妇，击退水之团后老夫妇会送给主角一件道具。
19. 主角到カイナシティ市的码头，会发现潜水艇被水之团盗走了，于是主角追到了ミナモシティ市右边海滩的上方，发现了水之团基地，当追到最底部时发现潜水艇已经开走了。
20. 主角通过127，128号水道来到了トクサネシティ镇，在这里有第七个会馆，这个会馆是超人系的，会馆的首领是双胞胎，所以与首领对战的方式也是2V2，在开战前一定要把第二只妖怪设定好。在解决他们后会得到超人系徽章，并且可以在平时使用潜水了。出道馆后在镇的左上方民居里会得到08号秘传机器（潜水）。
21. 主角到127号，128号水道，看见是深蓝色的区域就使用潜水，如果是潜到了ルネシティ镇就记住位置，先不进去，直到潜到进入一个山洞后有个潜水艇的地方就对了，进去后里面回游大量的水之团成员，一路打倒不少人后来到最里面，会发现水之团的首领（蓝宝石）或是熔岩团的首领（红宝石）和传说中的神兽，红宝石则是グラードン，蓝宝石则是カイオーガ。
22. 主角出山洞后镇上的会馆也开门了，进去解决掉最后一个会馆，相信有神兽的力量应该是非常简单的吧。打败首领后得到了最后一个徽章，并且攀瀑布也能在平时使用了。
23. 最后到128号水道，使用攀瀑布サイュウシティ镇，通过冠军之路来到了四大天王这里，这次的四大天王实力不凡，等级高不说，能力都十分的强，第一次打之前一定要做好充足的准备，在打完四大天王后会和上届的冠军交手，结果没想到竟然是屡次给主角帮助的人（就是给主角喷雾剂，有时还给秘传机器那人）打败他后主角成为新的冠军，并且把自己的队伍存入电脑，做为纪念（老套，每代都是这样~）
24. 在看完通关画面进入游戏，在主角家里会得到一张船票，不过这张船票并不能到前作的世界，而是只能在カイナシティ市，ミナモシティ市，バトルタワ一着3个地方
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