循环水处理器的工作原理主要针对微生物污染的水质进行净化处理。当水流经SCLL型水处理器时，水中的细菌和藻类的生存环境遭到破坏，导致其死亡。这一过程主要体现在以下三个方面：
首先，生物体生存的生物场受到外部电场的影响。电荷在生物体内的分布和运动，会受到外部电场变化的影响，进而影响生物体的生命活动。地球上的微生物一般只能适应地球表面电场强度（130v/m），改变电场强度会影响细菌（如大肠杆菌）的生理代谢，如基因表达程序和酶活性，使细菌无法正常生存。
其次，细胞膜上的离子通道是细胞与外界环境交流的关键。外电场会破坏这些离子通道，改变细胞内电流，从而影响细菌的生命活动。
最后，强电场处理水中含有细菌的液体，通过瞬间变化电流，使细菌被高速运动的电子冲击波致死，从而达到灭菌的目的。
在水处理过程中，溶解氧被激活，产生O2-、·OH、H2O2以及1O2等活性氧。这些活性氧对微生物集体产生有害作用，是导致有机体衰老的主要原因。活性氧在新管壁上生成氧化被膜，抑制微生物腐蚀和沉积腐蚀。
水经过SCLL型处理器后，水分子聚合度降低，结构发生变形，产生一系列物理化学性质的微小弹性变化，如水偶极矩增大，极性增加，从而提高了水的活性和溶垢能力。水中所含盐类离子如Ca2+、Mg2+受到电场引力作用，排列发生变化，难以趋向管壁积累，从而防止垢类生成。
对于已结垢的系统，活性氧将破坏垢分子间的电子结合力，改变其晶体结构，使坚硬老垢变为疏松软垢，这样积垢逐渐剥落，乃至成碎片、碎屑脱落，达到除垢的目的。
循环水运行过程中主要产生的问题包括：
1. 水垢：由于循环水在冷却过程中不断地蒸发，使水中含盐浓度不断增高，超过某些盐类的溶解度而沉淀。水垢的质地比较致密，大大降低了传热效率。
2. 污垢：污垢主要由水中的有机物、微生物菌落和分泌物、泥沙、粉尘等构成，不仅降低传热效率而且还引起垢下腐蚀，缩短设备使用寿命。
3. 腐蚀：循环水对换热设备的腐蚀主要是电化腐蚀，产生的原因有设备制造缺陷、水中充足的氧气、水中腐蚀性离子（Cl-、Fe2+、Cu2+）以及微生物分泌的黏液所生成的污垢等因素，腐蚀的后果十分严重。
4. 微生物粘泥：循环水中溶有充足的氧气、合适的温度及富养条件，很适合微生物的生长繁殖。如不及时控制，将迅速导致水质恶化、发臭、变黑，冷却塔大量黏垢沉积甚至堵塞，冷却散热效果大幅下降，设备腐蚀加剧。因此，循环水处理必须控制微生物的繁殖。
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