呼吸病学学科、心脏病学学科、泌尿病学学科、职业病与中毒医学学科、高压氧医学学科、器官移植学科、急诊医学学科、危重症医学学科、病理产科、检验医学学科，其中多个被确定为北京市重点学科、北京市医学重点学科或北京市医学重点扶植学科。具体如下：
呼吸病学科的优势领域：呼吸衰竭与呼吸支持技术、肺血栓栓塞症、 COPD 与肺心病、睡眠呼吸障碍与呼吸控制异常、吸烟与健康问题。
心脏病学科的优势领域：融心内科、心外科为一体，具有较强的心血管介入优势。急性心肌梗死治疗手段先进，心律失常介入治疗具有较强实力，冠脉外科发展较为迅速，心力衰竭治疗系统化，并建立多层次生命网络，改变服务观念。
泌尿病学科的优势领域：以肾移植为重点，辅有 100 台血透机的透析中心。普泌专业设有相关重点发展的亚专业—泌尿系肿瘤、泌尿系结石、前列腺增生、尿控。
高压氧学科的优势领域：全国最早拥有高压氧舱。目前设施先进， CO 中毒救治等居国际之首。
职业病与中毒医学学科的优势领域：拥有 40 余年的发展历史，拥有北京市职业病与中毒医疗中心、北京市国家中毒救治基地。
急诊医学学科的优势领域：国内首创并率先执行 A 、 B 、 C 三区接诊及救治机制，是卫生部急诊医学教育合作项目培训基地和北京市急诊住院医师规范化培训基地。
危重症医学学科的优势领域：拥有内科 ICU 体系、外科 ICU 体系、急诊监护体系及新生儿、神经、心外等专科 ICU 体系。
器官移植学科的优势领域：已完成肝移植、肾移植、心脏移植、胰岛细胞移植、肺移植、干细胞移植、脾细胞移植等，是全国器官移植种类最多的医院之一。
实验医学学科体系：拥有北京市临床检验中心、北京市基因诊断实验室、北京市法医物证鉴定实验室、医院检验科、各专科实验室。
病案学科的优势领域：拥有北京市病案质量控制中心，修订病案书写模式——病案图谱、实用病案管理手册、运行病案管理流程—四级病案网络制度，是《中国病案》杂志社所在地。
介入治疗技术、微创手术技术、器官移植技术、人工假体技术、脏器支持技术、分子生物学与基因诊疗技术是医院重点发展的技术 。
