100集——130集 帮助公主打败克洛克达尔，使阿拉巴斯坦重现和平。最后薇薇公主、 快跑鸭卡鲁留在了阿拉巴斯坦，妮可·罗宾在生命危险时被路飞所救，加入草帽海贼团。
131集——143集 讲了三个比较短的故事情节
144集——195集 空岛篇，冒险中进入高空一万米，并卷入纷争。
196集——206集 从空岛降落，不慎落入海军要塞，夺回海贼船、黄金，并且逃出要塞。
207集——226集 长链岛篇 福克西海贼团挑战，胜者可以从对方海贼团挑选一人成为自己同伴，路飞一伙战败，乔巴被夺走，最终草帽海贼团赌上全部成员最后一战，终于将同伴夺回。之后因为少年的笛声，同伴失忆，娜米和索隆离开，最终真相揭晓，记忆恢复，回归团队。
227集——241集 司法之岛事件篇 黄金梅丽号失修，路飞决定重造海贼船，乌索普与路飞决斗，离开草帽海贼团。与此同时，妮可罗宾失踪，不知去向，路飞一伙面临极大考验。路飞决心追回罗宾，娜米从别人那里得知罗宾离开的真正原因是担心同伴的安危，cp9,大将青雉的威胁，以及幼年的阴影浮上心头，屠魔令的发动，十艘海军军舰以及海军中将将瞬间葬送了自己的故乡的情景，火光中看着妈妈和亲人的远去，年仅8岁的她只因为知道了不为人知的历史，被政府发出通缉令，每到一处都小心翼翼，只有不停的逃命。曾经她不怕死，因为一无所有，而如今她怕了，因为有了可以同甘共苦的同伴，怕他们受伤害。罗宾被带到司法之岛，路飞一伙顶着暴风雨追了过去，了解了罗宾的身世，罗宾说自己的敌人是世界政府，是全世界，路飞说：“我总算知道你的敌人是谁了！狙击王，把那面旗帜打穿！”瞬间，世界政府的那面旗帜化为乌有。几个伙伴们迎风而立，都坚定地看着她，路飞说：“我还是想亲耳听到你说你要活下去！”罗宾感动不已，泪流满面地说：“我想活下去！”最终为了抢回罗宾，路飞一伙打败cp9，与屠魔令的10艘军舰抗衡，最后一瞬，他们听到了梅丽号的呼唤跳下了海，乘着梅丽号回到水之都市，弗兰奇加入并造了萨乌森·桑尼号，乌索普回归。
326集——336集 旗帜猎人篇 路飞一伙的海贼旗被偷走，于是展开了冰上决斗。
337集——381集 恐怖三桅帆船篇 冒险过程中遇到了影子被莫里亚夺走的骷髅人布鲁克，为了帮助他，路飞一伙与七武海之一的莫里亚进行了艰难战斗，影子也被夺走了，后来发现原来用影子制造的傀儡的弱点是盐，最终在太阳出来之前路飞成功战胜莫里亚，帮助人们夺回影子，而后神志不清，昏倒在地。而这时，另一个七武海，巴索罗缪·大熊不期而至，他要杀了路飞，而草帽一伙已经筋疲力尽，无法抗衡其威力，索隆要求自己代替路飞去死，大熊同意了，但只是将路飞所受的所有伤痛转移到他身上，当香吉士发现他的时候，只见他站在一片血泊之中，问他发生了什么，他什么也没说，只是受了很重的伤，很久都没有恢复。原来布鲁克就是当初与拉布定下约定的人，路飞邀请他加入成为了伙伴。
384集——405集 香波地群岛篇 终于再次抵达红土大陆，即将进入新世界也就是伟大航路后半段，但是要想进入海底一万米的鱼人岛必须镀上特殊的膜，他们碰到了曾经在阿龙海贼团的小八，娜米原谅了他，在小八的带路下到了香波地群岛，然而同行的凯米却被掳走，作为人鱼观赏物将被拍卖给天龙人，路飞一伙及时赶到，打败天龙人，而此时突然出现的冥王雷利帮了他们，而他居然是罗杰海贼团的副船长，正是小八要带他们找的人。世界政府为了遏制海贼的力量，居然在香波地群岛打算歼灭新生的海贼势力，还动用了大将黄猿以及用大熊改造的机器人，路飞他们不是对手，只能逃命，然而却只是穷途末路，看着伙伴一个一个消失，路飞充满了绝望，撕心裂肺的哭了。（不过其实大熊是革命家，为了帮助路飞只是将他们弹到空中三天三夜，伙伴只是分散并没有死。）
408集——421集 女儿岛篇 路飞吃了毒蘑菇被女儿岛的人所救，后来才发现路飞是男子要杀了他，路飞打算逃走，可是此时女帝波雅·汉库克已经归来，路飞闯入她的浴室，女帝命令两姐妹杀了路飞，但是路飞打败两姐妹但是又维护了其尊严，女帝动容，将被石化的救过路飞的人恢复原貌，并对他坦承自己曾被天龙人抓过留下烙印，后被雷利所救。而女帝居然爱上了路飞。
422集——504集 营救艾斯篇 得知艾斯被黑胡子打败后被抓，路飞决心去救大哥，在七武海之一汉库克的帮助下，路飞潜入Impel Down即海军监狱，从level1，到level5，碰到了小丑巴基，还有cp9曾经打败的人，并在冯克雷的帮助下进入艾斯被关的地方，然而艾斯已经被带走即将处刑，路飞救了曾经是七武海兼艾斯好友的海侠甚平，一同追赶艾斯，却备受拥有毒毒果实的监狱长的威胁，甚平他们抢了一艘军舰终于离开，而冯克雷却利用自己的变脸效果变成监狱长的样子为路飞他们打开大门（感动ing)，不久，白胡子为救义子来到战场，双方开始厮杀，后来路飞赶到，最终利用cp9的蜡烛变成钥匙打开镣铐救出艾斯，然而最终艾斯忍受不了海军大将对白胡子的侮辱与其战斗，却被打败，在对方将目标瞬间盯住路飞的时刻，艾斯代替路飞死在他面前，路飞仰天长啸，晕了过去。甚平和革命党人、巴基保护着他，香克斯赶到劝服海军停止厮杀，宣布战争结束，路飞被同是新航路海贼的一个医生救走，白胡子早已战死，黑胡子偷取了他的果实能力，香克斯将白胡子和艾斯的后事安顿后离去。尖峰战争后路飞受到巨大精神创伤，如野兽般发泄着撕裂着伤口，甚平使他想起伙伴们，终于使他重新找回一点希望。同伴们在各地看到报纸，纷纷震惊，深感他所受的伤痛，想要早日重聚。但是，在雷利的指引下，路飞也意识到自己的无力，无法救回哥哥，更无法保护同伴的自己，于是决心变强后再与同伴重聚。于是，路飞再次来到海军本部，所不同的是，他的胳膊上多了一些字母，3天上面画了叉，下面写成了2年的缩写，大家看到报纸后心领神会，都决心利用2年的时间使自己变得更加强大，为了守护。
505集——562集 2年后草帽海贼团重聚，并开始了新的冒险之旅，显而易见每个人都变的更强了，大熊机器人一个人已经可以轻松解决了，新的招式威力更猛，路飞还练就了霸气，乔巴，乌索普，娜米也都独当一面，不再是害怕敌人依赖同伴了。他们终于来到海下一万米，开始新的旅程，不过鱼人岛篇还木有出完啊······
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