进入二十一世纪后，随着空军转型建设和跨跃式发展步伐的加快，新武器装备的不断更新换代，对飞行人员的素质提出了更高的要求。为了适应这种要求，空军招收飞行学员工作，在不断挖掘从地方普通高中毕业生中招收飞行学员潜力的同时，积极探索选拔培养飞行员的新路子，1999年初空军招飞部门分别在军队院校和普通高校本科三、四年级学生中，开展选拔大学生飞行学员可行性调研工作，通过调研决定：2000年首先在军队院校应届本毕业男生中进行选拔飞行学员试点工作，通过两年的积极稳步的探索，在军队院校选拔培养大学生飞行学员试点工作取得成功后，2003年又在普通高等学校本科应届毕业年级学生中开展了选拔飞行学员试点工作，2004年底将在普通高等学校选拔大学生飞行学员正式纳入全军正常招生计划。为了进一步深化招飞改革，适应日趋激烈的人才竞争形势，拓宽飞行人才选拔渠道，从根本上提高飞行人员文化素质，加快选拔培养高素质飞行人才步伐，教育部、公安部和总政治部颁发了《关于在普通高等学校在校生中选拔军队飞行学员的通知》，国防部新颁发了《中国人民解放军招收飞行学员体格检查标准》，空军颁发了《关于推进招飞改革的实施意见》，空军招收飞行学员工作又有了新的变化，从2006年起在普通高等学校理工类本科二年级学生中试点选拔飞行学员。
经过两年培养合格者，空军航空大学颁发航空飞行与指挥专业毕业证书，授予军事学学士学位，成为我军首批军地高校联手培养的“2+2”模式大学生飞行员，并分配到空军航空兵部队任职。
从普通高等学校应届本科二年级学生中录取的飞行学员，由空军航空大学按初级教练机飞行学员标准确定学员津贴，享受航空飞行任务津贴。学员毕业时，参照空军同期毕业的本科生飞行学员标准确定职级待遇，并授予相应军衔。本科二年级学生飞行员从空军航空大学毕业后任命为副连职军官，授予中尉军衔。
由于飞行职业的特殊需要，飞行人员除享受现役军官的待遇外，还按照有关规定享受飞行人员特有的待遇。
飞行人员根据飞行年限，一般可由副连职逐步晋升为副师职，根据本人情况和工作需要，有的将培养成指挥员、管理人员，有的将成为科技高级人员，有的还将有幸成为航天员。为了保证飞行人员有强健的体魄，国家规定飞行人员有较高的伙食标准，每年可享受身体健康疗养一个月；飞行人员结婚后，配偶可随军（符合条件者，根据有关规定即可参军入伍），随军后优先安排住房和工作，没有随军的每年安排探亲假一次；飞行人员的子女参加全国普通高等学校招生统一考试，凡符合军队院校招生条件的，优先录取到军队院校学习。
飞行是一种特殊的职业，具有责任大、难度大、有风险的特点。培养一名合格的飞行员，要经过不断的严格筛选。因此，报名学员必须首先热爱飞行事业，有吃苦耐劳、过紧张生活和经受艰苦磨练的充分思想准备。报名学员不仅要建立在自愿的基础上，而且还应得到家长的支持。这样做的目的，是为了坚定学员为航空事业作贡献的事业心和为今后培养合格的飞行员打下良好的基础。
选拔大学生飞行学员的对象，必须是普通高等学校理工类本科二年级男性学生，符合《关于军队招收飞行学员政治条件规定》要求；学业成绩优良，符合招收飞行学员的体格检查和心理素质选拔标准，年龄不超过22周岁（按照公历7月1日后出生推算），未婚。
在普通高等学校本科二年级学生中选拔飞行学员工作，由教育部、公安部、财政部和解放军总政治部统一领导下，空军招收飞行学员部门负责组织筹划和飞行学员的选拔录取，有关省（自治区、直辖市）教育行政部门负责部署协调和督促检查普通高等学校的学生推荐、预选工作，省级公安部门负责指导做好学生政治审查工作，有关普通高等学校具体负责学生的宣传动员、报名推荐、预选初检和录取学生转校工作，军队和武警部队驻普通高等学校后备军官选拔培训工作办公室配合空军招飞部门和普通高等学校做好相关工作。
从普通高等学校本科二年级第一学期开始，由高校进行宣传动员。志愿报名当军队飞行学员的在校本科二年级学生，先由学生本人对照《空军选择大学生飞行学员自荐条件》中所规定的年龄条件、身体条件、心理品质条件、政治条件，在本校报名，然后由学校进行检查（审查）把关，合格者作为推存对象，填写《空军选拔大学生飞行学员报名推荐表》。
没有试点任务的普通高等学校，部委、省市属普通高等学校本科二年级学生如符合选拔飞行学员的基本条件，可持所在学校的推荐介绍信，和有关医疗单位出具的招飞体格初检证明，到空军招飞部门指定的地点报名。
招飞选拔工作分为两个阶段，明年1月上旬至3月中旬前试点普通高等学校完成招飞宣传动员、报名推荐工作，明年3月下旬至7月15日空军招飞部门完成体格检查、心理素质选拔、政治审查、录取前复查和审批录取工作。
飞行员除身体符合条件外，还必须具有良好的心理品质。飞行是脑力劳动与体力劳动高度统一的特殊职业。其工作特点是，飞行员独自驾驶价值上亿元、集时代高科技于一身的现代化飞机在三维空间进行作战、训练，设备使用复杂、动作时限严格、程序要求规范、行为决策独立。上述特点决定了飞行人员必须是高素质的特殊人才。心理素质的优劣，对飞行人员成才和飞行安全影响极大。这种飞行所需的特殊心理素质，不是任何人都天生具备的。因此，招飞时必须按飞行职业的特殊要求，运用心理学的方法，由飞行专家和心理学专家对考生进行心理素质检测。
录取本科二年级学生飞行学员培训学制两年。分基础教育训练和飞行专业训练两个阶段。基础教育时间二个月，主要是使新学员打下飞行员应具备的良好基础，内容包括航空理论（空气动力学、飞行力学、空中领航学、空中射击学、航空气象学、飞机构造、航空发动机）、跳伞救生、航空体育等课程。飞行专业训练时间一年十个月，主要进行飞行技术训练。飞行技术训练分别在初级教练机和高级教练机上进行，学员主要进行飞行基本驾驶技术的系统训练，毕业时达到熟练掌握飞行基本驾驶技术的水平。
行员必须接受正规的训练、严格的筛选和艰苦的磨练。所以在学习期间，有的学员会因某方面的原因（如身体发生变化、掌握飞行技术困难等）不适合继续学习飞行而停飞，这是难以避免的。因身体、技术、心理因素等原因停飞的学员，按照具体情况颁发结业或者肄业证书，根据空军建设需要，充分考虑本人意愿，可以退伍回原普通高等学校继续完成学业，或安排转入空军相关院校完成本科学业后，分配到空军部队工作。因政治思想、组织纪律原因停飞的学员，按有关规定做出处理和安排。
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