自主招生作为高考体系中的关键环节，既承载着期望，又饱受质疑。它本被寄予打破传统高考单一标准的重任，旨在提升大学的办学特色和竞争力。然而，改革过程中，复杂性、高利害性和高敏感性引发了一系列新挑战。
首要的是，如何充分发挥大学的自主性。教育部曾提出，试点学校应探索多元选拔机制，学校自主招生并接受政府宏观指导和社会监督。然而，现实中，大学在招生过程中的自主权并未充分实现，这需要解决实际操作中的种种障碍。
其次，提高选拔的科学性是关键。当前，自主招生面临的问题包括：学生需多次文化课考试，招生体系缺乏整体性和目标明确性，以及专业招考队伍的缺失。这导致了考试内容和形式的不均衡，以及招生过程中的公平性问题。
最后，兼顾公平与效率是自主招生改革面临的重大挑战。公平性问题表现在：地区间教育资源的差异可能导致机会不均等，农村学生的考试内容和形式可能不公平；监管不足和透明度低，导致暗箱操作和不正当手段的滋生，对公平性构成威胁。
自主招生是中国高等教育招生改革扩大高校自主权的重要措施。自主招生选拔由高校自行组织，一般由笔试、面试两部分组成。通过自主招生选拔的考生必须参加高考(07年起上海地区考生通过复旦、上海交大的自主招生选拔后，高考成绩可仅作参考)，在高考录取时可获得20分或不等的优惠。自从2003年开始，我国就通过实施高校自主招生探索人才选拔制度改革，允许部分高校拿出一定比例的招生名额，以选拔那些由高考不容易被发现的有特殊才能的学生。根据教育部要求，自主招生人数不能超过试自主招生面试点学校年度本科招生计划总数的5%。