1、工作待遇不同。2、晋升途径不同。3、工作稳定性。4、工作量不同。员额编制属于政府相关主管部门统筹规划下进行统一招聘，机构编制部门负责核定，为当地直属或下属单位部门的工作人员，其工资福利、装备配置、教育培训以及日常管理等所需经费列入本级财政预算予以保障，被聘用人员与具体用人单位直接签订聘用合同。
1、工作待遇不同
工资福利待遇，非在编人员和编制内人员差距是很大的。以社会保险为例，正式编制人员有“五险一金"，即养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险和住房公积金。而非在编人员虽然也有社会保险，但只缴纳养老保险和医疗保险两种。
2、晋升途径不同
有职位空缺出来的时候，优先考虑的一般都是有编制的人员，非编制的人员，没有晋升的机会，没有评优评先评职称的资格，而且没有编制的人员，并且不可能转正，也就更不要说被提拔了。所以就导致很多非在编人员最后仍然需要参加事业单位编制考试。
3、工作稳定性
非在编人员虽然签订了劳务合同，但也是有随时被辞退的风险的。而编内人员，一般只要不犯大错误，基本不可能有被开除的可能。所以编制就是最好的安全保障。
4、工作量不同
没有编制的人员往往要承担较大的工作量，有编制的人则相对轻松。