一、国家高新技术企业违规常见原因 高新技术企业凡是符合以下七种行为之一的，均有可能会被取消高新技术企业资格。
发生重大安全、重大质量事故或有严重环境违法行为的，将被取消高新技术企业资格 例如:内蒙古高新技术企业认定管理领导小组办公室 2019 年 6 月 6 日认定，西乌珠穆沁旗银漫矿业有限责任公司由于发生重大安全事故，决定自 2019 年起取消其高新技术企业资格。
有严重环境违法行为的，会被取消高新技术企业资格 例如:2018 年 6 月-11 月，因发生严重环境违法和环保行政处罚，江苏省的汇鸿(南通)安全用品有限公司、浙江省的海盐哈特惠机械五金制品有限公司和临安华龙摩擦材料有限公司被取消高新技术企业资格。
因高新技术企业认定材料中有作假行为的，会被取消高新技术企业资格 例如:川高企认〔2019〕5 号公告，2019 年 10 月，四川省合江县长伦燃气有限公司在 2017 年高企认定申报材料中存在弄虚作假的行为，公告取消其高新技术企业资格。
因主营业务变更或因主营业务变更不再从事研发的，会被取消高新技术企业资格 例如:鄂认定办[2019]4 号公告中显示，湖北拓远智源科技有限公司、武汉楚天云科技有限公司的企业名称、经营范围等事项发生变更，其自身情况已经不再符合高新技术企业条件要求，被取消高新技术企业资格。
研发费用不符合条件的，会被取消高新技术企业资格 例如:川高企认〔2018〕2 号公告，2018 年 1 月，四川亚卓教育科技有限公司因研发费用大于管理费用，所提供财务说明材料未能阐明原因，财务专家不予认可，不符合高新技术企业认定的要求，被取消高新资质。上海市高新技术企业认定指导小组经查，嘉银征信服务有限公司 2017 年度研发投入不符合《高新技术企业认定管理办法》的标准，自 2017 年起取消其高新技术企业资格。
累计两年未填写高新年报的，会被取消高新技术企业资格 例如:2019 年 2 月，鄂认定办[2019]4 号公告就一下解除 49 家高企资格。其中，有 47 家是累计两年未填报年度发展情况报表的原因被取消。
其他未被披露可能导致高新资格被取消。比如季报、年报填写的数据不符合高新技术企业体系要求;财务管理不规范，有偷税漏税行为等。因有偷税漏税行为的，会被取消高新技术企业资格。 例如:云南省根据文件《关于取消巴赫科技有限公司等 3 家企业高新技术企业资格的公告》内容显示，由于违反第十九条(三)未报送年报取消了 3 家企业的高企资格;永达铁塔有限公司、浙江诸暨东港液压机械有限公司、邯郸市宝成网络科技有限公司、上海嘉银征信服务有限公司、福建爱楼网络科技集团有限公司等多家公司。
其他未被披露可能导致高新资格被取消的原因包括: 1)季报、年报填写的数据不符合高新技术企业体系要求;
2)季报、年报或申报材料与报税数据不一致;
3)未建立研发费用专账管理，或者专账管理不达标;
4)专利条件不符合或关联度低;
5)财务管理不规范，有偷税漏税行为等。
二、取消高新技术企业资格后的处罚 对已认定的高新技术企业，有关部门在日常管理过程中发现其不符合认定条件的，应提请认定机构复核。复核后确认不符合认定条件的，由认定机构取消其高新技术企业资格，并通知税务机关
追缴其不符合认定条件年度起已享受的税收优惠、
科技主管部门追缴已拨付的奖补资金。
被取消高企资格的企业，当年不得再次申请高企认定。公众公司、上市公司需要公布撤除高企资质的原因。