1、工藤优作、工藤有希子
世界首屈一指的推理小说家，代表作品是《暗夜男爵》系列。推理能力在新一之上，与目暮警官是好友。他现与妻子工藤有希子定居在美国洛杉矶，经常周游世界，从阿笠博士处得知新一变小的事情。
2、阿笠博士
新一家的邻居，发明家。看着新一从小长大，新一在变小之后第一时间找的就是他，虽说没能帮新一研究出恢复的解药，但也为他发明了很多实用的道具。
3、宫野明美
宫野志保的姐姐，赤井秀一的前女友，为带妹妹脱离黑衣组织而答应了琴酒执行抢劫10亿日元的任务，但在完成任务后却依旧被琴酒枪杀。临死前柯南告知了她自己的真实身份。
4、服部平次
与工藤新一齐名的关西名侦探，于《福尔摩斯迷杀人事件（后篇）》通过推理识破了柯南的真实身份，成为《名侦探柯南》中第一个主动发现柯南真实身份的人。
5、贝尔摩德
黑衣组织成员之一，真实身份为工藤有希子的好友兼美国女明星莎朗•温亚德。曾易容为杀人魔，但却让赤井秀一击伤，被工藤新一、毛利兰救下。知道江户川柯南和灰原哀的真实身份，却并没有上报组织。
柯南父母、阿笠博士、怪盗基德（剧场版提及）、贝尔摩德、灰原哀、服部平次、赤井秀一（冲矢昴）、本堂瑛佑、宫野明美、爱尔兰、鲁邦三世
1、柯南的父母工藤优作和工藤有希子居住在美国洛杉矶，偶尔回日本。与邻居阿笠博士、警视厅目暮十三警部是好友，去美国后，拜托阿笠博士管理以前的案件资料并照顾新一，后来在阿笠博士那里得知新一变小的事情。在最近的剧情中，柯南父亲工藤优作通过与赤井秀一的交淡，推理出了黑衣组织的首领为乌丸莲耶。
2、阿笠博士是柯南父母的好友，同时也是一位发明家，他也是柯南最信任和最得力的助手，柯南身上的很多装备都是阿笠博士发明的。他是最早知道柯南真实身份的人，在柯南变小之后，第一个找的人就是阿笠博士。之前曾经有不少谣言传阿笠博士是黑衣组织的BOSS，但是后面证实这条消息是假的。
3、工藤新一曾在《魔术快斗》客串登场，与怪盗基德有过交手，但当时两人都互不知道对方身份。之后新一变成柯南后也与基德有多次正面交手，大多为不分胜负或以解决第三方犯罪为结局，也有相互合作的情况出现，两人亦敌亦友。基德在剧场版《世纪末的魔术师》中还得知了柯南的真实身份（漫画原作中没有表示得知身份）。
4、贝尔摩德是黑衣组织重要成员，真实身份是美国女明星莎朗·温亚德，因某种原因恢复年轻或停止衰老，在组织中负责收集重要的情报。她在调查之中发现了柯南和灰原哀的真实身份，但是由于某种原因并未上报组织，认为柯南是可以摧毁组织的“银色子弹”。
5、作为前黑衣组织的成员，灰原哀原本是组织里的科学家，让柯南变小的毒药就是她研制的，不过她后来因为姐姐的缘故背叛了组织，在被组织囚禁的时候她吞下偷藏的APTX4869自尽，却幸运地缩小，结果也和柯南一样变小了。其实早在她还没背叛组织的时候，她就猜测工藤新一没死，只是恢复到幼年了，在她逃出组织之后便来寻找相同身份的工藤新一，并寄住在阿笠博士家。
6、服部平次也是一名高中生名侦探，和工藤新一并称“关东的工藤，关西的服部”。他在调查一起案件时发现了江户川柯南的真实身份就是工藤新一，是《名侦探柯南》中第一个主动发现柯南身份的人。之后成为江户川柯南（工藤新一）的好友，两人经常联手办案。
7、赤井秀一是一位充满神秘感的FBI搜查官，曾卧底加入黑衣组织，被组织内部称为“银色子弹”，曾为了帮助卧底进入组织的水无怜奈重新进入组织并骗取琴酒的信任，假装被枪击身亡。之后以冲矢昴的身份出现，暗中保护灰原哀，期间知晓了柯南的真实身份。
8、本堂瑛佑是本堂瑛海（化名水无怜奈）的弟弟。父亲、姐姐均为CIA的情报人员。一直努力寻找失踪的姐姐，后得知姐姐与水无怜奈为同一人。在剧情中本堂瑛佑要跟小兰表白，柯南威胁他说不行，然后这他竟然就说早都猜到了果然如此，想必他早就对柯南的身份有了怀疑，不过之后他再没出场过，说不定作者已经忘了这个人物。
9、宫野明美是灰原哀（宫野志保）的姐姐，曾经也是黑衣组织的成员。为了和妹妹一起脱离黑衣组织，化名为广田雅美，完成了组织交给的抢劫十亿日元的任务，后被琴酒枪杀，临死前柯南对其告知了自己的真实身份。她也是赤井秀一的前女友。
10、爱尔兰也是黑衣组织的成员，但和另一位成员琴酒是死对头，因为琴酒杀死了爱尔兰如父亲般尊敬的皮斯克。在剧场版《漆黑的追踪者》中，他通过比对柯南和工藤新一的指纹，发现了柯南的真实身份，不过他并没有上报组织，因为他想直接把柯南带到组织BOSS面前，好指责琴酒的失职，让冷血无情的琴酒垮台。不过最后被柯南感化，为了保护柯南而死。
11、在特别篇《名侦探柯南VS鲁邦三世》中，两人曾有过合作，在合作过程中，智商300的鲁邦三世通过自己的直觉和推理也发现了柯南的真实身份，不过他和柯南属于不同作品中的角色，他知不知道柯南的真实身份对《名侦探柯南》的剧情都没有影响。
拓展资料
在第829话 不可思议少年 中又有一位老爷爷认出柯南，而标题中的不可思议少年指的就是柯南。开场的时候柯南和少年侦探团经过一家关闭的玩具店，柯南通过落地窗望着里面似乎看到了什么。然后柯南看的玩具火车头就被摔坏了，死神小学生连玩具都不放过。
不过这个火车头是一个贯穿全集的重要道具。然后事情的展开意外的顺利，马上就有人死了，而且柯南是尸体的第一发现者，并且第一时间采集了证物证据，然后就知道了一切。好吧这集确实没什么将推理。然后柯南就直接去凶手家里，与凶手来一个1V1的正面交锋。
是的，柯南真是越来越浪了！从上次美女秘密那集！作者把柯南的形象提升了不止一个档次啊！杀人犯都会说“你现在和杀人犯在一起，你不怕吗？”其实在10年前柯南作为一个真小学生的时候就来过这家店，并且侦破的一起熊孩子弄坏火车头的案件。
没错，这个火车头就是10年后的那一个。然而慈祥的老爷爷并没有怪罪弄坏的熊孩子，直接原谅了他。所以柯南判定老爷爷应该是善良的，逼不得已才杀人。
这时候关键剧情来了，老爷爷突然认出来柯南。说出了一句你跟十年前一模一样！十年时光流逝，物是人非。当年的少年又一次出现在他的面前却依旧是那副模样，让老爷爷想起他的妻子。虽然他杀的那个男人真的是活该，他不知道因为自己，一个家庭已经破散。
但是杀人毕竟是要付出代价的，于是老人带着妻子的相片走向了警局自首。虽然这集老人“认出”柯南并不影响主线，而且这集也是动画原创，推理没有青山那么多脑洞，那么精彩。但还是比较符合动画吧，叙述条例清晰，主题分明，也是值得一看的一集。
本回答被网友采纳知道柯南真实身份的人有:
阿笠博士:阿笠博士是柯南父母的好友，同时也是一位发明家，他也是柯南最信任和最得力的助手，柯南身上的很多装备都是阿笠博士发明的。
灰原哀:前黑衣组织的成员，灰原哀原本是组织里的科学家，让柯南变小的毒药就是她研制的，不过她后来因为姐姐的缘故背叛了组织。
柯南父母:柯南的父母工藤优作和工藤有希子居住在美国洛杉矶，偶尔回日本。与邻居阿笠博士、警视厅目暮十三警部是好友，去美国后，拜托阿笠博士管理以前的案件资料并照顾新一，后来在阿笠博士那里得知新一变小的事情。
服部平次:服部平次也是一名高中生名侦探，和工藤新一并称“关东的工藤，关西的服部”。他在调查一起案件时发现了江户川柯南的真实身份就是工藤新一，是《名侦探柯南》中第一个主动发现柯南身份的人。
怪盗基德:工藤新一曾在《魔术快斗》客串登场，与怪盗基德有过交手，但当时两人都互不知道对方身份。基德在剧场版《世纪末的魔术师》中还得知了柯南的真实身份。
本堂瑛佑:本堂瑛佑是本堂瑛海（化名水无怜奈）的弟弟。父亲、姐姐均为CIA的情报人员。一直努力寻找失踪的姐姐，后得知姐姐与水无怜奈为同一人。
贝尔摩德:贝尔摩德是黑衣组织重要成员，真实身份是美国女明星莎朗·温亚德，因某种原因恢复年轻或停止衰老，在组织中负责收集重要的情报。
赤井秀一:赤井秀一是一位充满神秘感的FBI搜查官，曾卧底加入黑衣组织，被组织内部称为“银色子弹”，曾为了帮助卧底进入组织的水无怜奈重新进入组织并骗取琴酒的信任，假装被枪击身亡。
宫野明美:宫野明美是灰原哀（宫野志保）的姐姐，曾经也是黑衣组织的成员。为了和妹妹一起脱离黑衣组织，化名为广田雅美，完成了组织交给的抢劫十亿日元的任务，后被琴酒枪杀，临死前柯南对其告知了自己的真实身份。
爱尔兰:爱尔兰也是黑衣组织的成员，但和另一位成员琴酒是死对头，因为琴酒杀死了爱尔兰如父亲般尊敬的皮斯克。在剧场版《漆黑的追踪者》中，他通过比对柯南和工藤新一的指纹，发现了柯南的真实身份。
泽田弘树:弘树是剧场版《贝克街的亡灵》中登场的人物。他年仅10岁，是麻省理工学院研究生，生前开发过一种生长一年等于人类五年的自我成长人工智能“诺亚方舟”。
拓展资料:
柯南的真实身份为高中生侦探工藤新一，人称“平成年代的福尔摩斯”、“日本警察的救世主”。他因为试图跟踪黑衣组织成员而被偷袭，并被灌下代号“APTX4869”的毒药，虽然幸免于死，但身体就此缩小成一年级小学生的模样。
本回答被网友采纳阿笠博士
2.灰原哀（宫野志保）（TV 129 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件 两小时特别篇）
3.服部平次（TV 57~58 福尔摩斯迷杀人事件）
4.工藤优作（新一的爸爸）
5.工藤有希子（新一的妈妈）
6.贝尔摩德（与新一的母亲是朋友，见过新一小时候的照片）
7.怪盗基德（剧场版世纪末的魔术师中化妆成白鸟警官偷听柯南的电话）
8.本堂瑛佑（柯南亲口承认）
9.宫野明美（亲口承认，TV128黑暗组织10亿元抢劫事件，已死）
10.鲁邦三世（鲁邦三世VS名侦探柯南）2小时特别版
11.不二峰子（鲁邦三世VS名侦探柯南）2小时特别版
12.次元大介（鲁邦三世VS名侦探柯南）2小时特别版
13.石川五右卫门（鲁邦三世VS名侦探柯南）2小时特别版
14.Irish （真实身份未知，已死亡，见剧场版13 漆黑的追踪者，根据指纹对照证实）
15.泽田弘树（诺亚方舟，见剧场版6贝克街的亡灵，已死）
16.赤井秀一（红与黑的碰撞系列版）
拓展资料：
电视动画《名侦探柯南》改编自青山刚昌创作的、连载于《周刊少年Sunday》上的漫画《名侦探柯南》。动画于1996年1月8日首播。
参考资料：百度百科——名侦探柯南
阿笠博士（最先知道柯南身份的人）
灰原哀（吃了同样的药，吃了后身体变小）
服部平次（通过知道新一身份而推理出的）
怪盗基德（窃听柯南与阿笠博士的对话得知身份）
工藤优作、工藤有希子（新一的父母）
本堂瑛佑（推理得知，并设计逼柯南亲口承认）
贝尔摩得（见过柯南小时候照片）
宫野明美（灰原哀的姐姐）
赤井秀一（在未解决世界中得知）
爱尔兰(Irish)《漆黑的追踪者》
次元大介、石川五右卫门、峰不二子、鲁邦三世《鲁邦三世 VS 名侦探柯南》