1，末那识可理解为阿赖耶识之习气种子。
阿赖耶识（第八识）之中含藏一切法的种子，末那识是八识心王中的第七识，是与阿赖耶识不同的心体。因此，末那识不是阿赖耶识所含藏的种子，而是阿赖耶识出生的一个心体。乃至前七识都不是种子。但是，前七识的出生，都有因为阿赖耶识流注前七识的种子而导致。
2，阿赖耶识可理解为末那识与如来藏之和合体。
阿赖耶识即是如来藏。有经为证：《入楞伽经〈佛性品第十一〉》：【「大慧！阿梨耶识者名如来藏，而与无明七识共俱，如大海波常不断绝，身俱生故；离无常过，离于我过，自性清净；余七识者心：意、意识等念念不住，是生灭法。」】
末那识或者八识心王的每一个心体，各具功德，不能合二为一。所以，第七识（末那识）与第八识（如来藏阿赖耶识）不可能合为一个心体。菩萨论中说：“一心通八识”，是说八识心王都是和合运作的状态，不会是某一个心体单独运作。
3，如来藏可理解为去除习气种子之阿赖耶识。
“如来藏中藏如来”。这个如来藏，就是佛法第一义谛，就是禅宗开悟明心所明之心。就是永不生灭的真心。这个真心，还有诸多名称：心、如、佛、真如、如来、涅盘、唯心、唯识、如来藏、非心心、无念心、无住心、本来面目、诸法实相、涅盘本际、一真法界........
真心本体，一切有情无差别。但是，其中种子的污染性却有差别。完全修除污染性，即是佛地。这时的真心，不叫阿赖耶识，叫做“无垢识”。小乘阿罗汉，大乘八地以上菩萨，已经不叫阿赖耶识，叫做“庵摩罗识”或是“异熟识”。
另：末那识随无始劫以来的习气流转运作。这些习气都是含藏在阿赖耶识之中。初地以上菩萨开始一分一分修除阿赖耶识中种子的污染性，则诸根随之由染转净。
末那识即是六根中的“意根”，除无余涅盘断灭外，一切时中不灭；末那识不能自证自知，凡夫及二乘人皆不能知末那识在何处？如何运作。末那识与“我执”相应。若是修除意根的污染性（自净其意）。让净念善念熏染末那识，则净念善念变为习气。比如念佛法门，长久修习，能令念佛之净念善念成为习气，从而排挤无始劫以来所积贪嗔痴等习气。
温馨提示：答案为网友推荐，仅供参考