美国三权分立的弊端如下：
实行三权分立、权力制衡的一个必然结果，是三大权力机关之间相互扯皮，导致效率低下。在美国当一个政党控制着总统职位，另一个政党控制着国会，或者国会参众两院分别由两个政党控制时，总统与国会之间，国会参众两院之间，常常引发混乱、拖延和推卸责任。如果总统与国会的关系陷入僵局，这种僵局就将持续4年。
由于司法机关无权直接支配社会力量和财富，相比之下，联邦法院力量向来较弱。第二次世界大战后，由于美国一直追逐全球霸权，美国总统的战争权利更加强化，向海外派遣军队的次数更加频繁。
影响国家权力的统一，特别在一些重大问题上，往往造成几个权力机关各说一套，多个声音，造成社会上人们的思想混乱，无所适从。这是美国普通民众对政治冷漠的一个重要原因。
由于三权之间的互相牵扯，往往导致议而不决，决而不行的现象发生。
由于三权分立中立法与行政之间的分立，使得立法与执法之间的联系中断，使得立法者并不清楚现实社会中具体法律的需要。