主要区别有，性质不同、特点不同、应用不同，具体如下：
一、性质不同
1、琼脂
琼脂，又名洋菜、海东菜、冻粉、琼胶、石花胶、燕菜精等，是以藻类的石花菜属及江蘺属制成的产品，为最常用的微生物培养基的固化剂。
2、鱼胶粉
鱼胶粉，又称吉利丁粉、吉利T粉，是提取自鱼膘、鱼皮加工制成的一种蛋白质凝胶。
3、明胶
食用明胶是利用猪、牛、羊等动物的骨和皮的胶原．通过变性降解加工而成。
二、特点不同
1、琼脂
琼脂的凝点和熔点之间的温度相差很大。它在水中需加热至95℃时才开始熔化，熔化后的溶液温度需降到40℃时才开始凝固，所以它是配制固体培养基的最好凝固剂。用琼脂配制的固体培养基，可用以进行高温培养而不熔化，在凝固之前接种时，也不致将培养物烫死。
2、鱼胶粉
鱼胶粉有抗氧化的作用，能促进细胞的新陈代谢，是纯蛋白质成份，不含淀粉，不含脂肪，不但是低热量的健康低卡食品，更可以补充肌肤大量的胶原蛋白。
3、明胶
食用明胶是胶原的水解产物，是一种无脂肪的高蛋白，且不含胆固醇，是一种天然营养型的食品增稠剂。食用后既不会使人发胖，也不会导致体力下降。明胶亦是一种强有力的保护胶体，乳化力强，进入胃后能抑制牛奶、豆浆等蛋白质因胃酸作用而引起的凝聚作用，从而有利于食物消化 。
三、应用不同
1、琼脂
广泛用于制造粒粒橙及各种饮料、果冻、冰淇淋、糕点、软糖、罐头、肉制品、八宝粥、银耳燕窝、羹类食品、凉拌食品等等。
2、鱼胶粉
鱼胶粉的用途非常广泛，不但可以自制果冻，更是制作慕斯蛋糕等各种甜点不可或缺的原料。
3、明胶
食用明胶作为一种增稠剂广泛使用于食品工业的添加如果冻、食用色素、高级软糖、冰激凌、干醋、酸奶、冷冻食品等。
参考资料来源：百度百科-琼脂
参考资料来源：百度百科-鱼胶粉
参考资料来源：百度百科-食用明胶
一、来源不同
1、明胶是由动物皮肤、骨 、 肌膜等结缔组织中的胶原部分降解而成为白色或淡黄色、半透明、微带光泽的薄片或粉粒。
2、琼脂是由海藻中提取的多糖体。
二、组成结构不同
1、明胶
明胶中水分和无机盐大约占16%，蛋白含量占82%以上。与母体胶原类似，明胶也由18种氨基酸 组成，其中亚氨基酸Pro和Hyp的含量较高。明胶凝胶中的类三螺旋结构主要靠分子内氢键和氢键水合维系，Pro的-NH、Hyp的-OH与其它氨基酸 侧链基团及水分子均可形成氢键，利于类三螺旋结构的稳定。
2、琼脂由琼脂糖（Agarose）和琼脂果胶（Agaropectin）两部分组成，作为胶凝剂的琼脂糖是不含硫酸酯（盐）的非离子型多糖，是形成凝胶的组分，其大分子链链节着1，3苷键交替相连的β-D-半乳糖残基和3,6-内醚-L-半乳糖残基。
三、用途不同
1、明胶用于：
a、蛋糕、冰淇淋、啤酒、果汁等的生产。
b、生物膜材料。国内外研究最多的明胶基膜材料主要是壳聚糖-明胶共混膜、明胶-丝素共混膜、聚乳酸-明胶共混膜以及聚乙烯醇-明胶共混膜等,这些混合材料大大提高了明胶的理化性质,使明胶基高分子膜材料更加具有功能性。
c、医用纤维。利用其他复合材料与明胶进行共混纺丝改善明胶基医用纤维材料力学性能。
2、 琼脂用于果粒橙饮料、果汁软糖、肉类罐头、肉制品、凉拌食品。
参考资料来源：百度百科-明胶 （一种大分子的亲水胶体）
参考资料来源：百度百科-琼脂 （食品加工用料）
鱼胶粉，英文名称gelatin ,又称吉利丁粉、吉利T粉，是提取自鱼膘、鱼皮加工制成的一种蛋白质凝胶。鱼胶粉的用途非常广泛，不但可以自制果冻，更是制作慕斯蛋糕等各种甜点不可或缺的原料。纯蛋白质成份，不含淀粉，不含脂肪，不但是低热量的健康低卡食品，更可以补充肌肤大量的胶原蛋白，相对于成品的果冻粉，鱼胶粉的用量更省，且不含香精、色素等添加成份，在制作过程中可以随心所欲调整口味，加入咖啡、果汁、绿茶粉、椰浆等制成各种风味独特的果冻，不必担心会有防腐剂等其他有害成份，吃的更放心。
明胶（Gelatin），没有固定的结构和相对分子量，由动物皮肤、骨 、 肌膜、肌魅等结缔组织中的胶原部分降解而成为白色或淡黄色、半透明、微带光泽的薄片或粉粒；是一种无色无味，无挥发性、透明坚硬的非晶体物质，可溶于热水，不溶于冷水，但可以缓慢吸水膨胀软化，明胶可吸收相当于重量5-10倍的水。
（参考来自百度知道）
做果冻的话用鱼胶粉比较好。
主料
果汁 (1000ml)
调料
牛奶 (500ml)
鱼胶片约 (150克)
糖 (适量)
1.牛奶煮热，加人鱼胶，直至化开拌匀即可。
2.果汁煮热，加入鱼胶，直至化开拌匀即可。
3.加糖调味，然后找来容器 ，将果汁牛奶分别倒入冷冻凝固
（如果想要有层次，可一成牛奶一层果汁，不过要一层凝住才可倒第二层，以此类推）
4.凝住后再加一层。
5.凝固后加最后层。即可完成制作
明胶(Gelatin-美式拼写或 gelatine-英式拼写，通常用来制作果冻和其它甜点)是由煮过的动物骨头，皮肤和筋腱制成的。价格相对便宜
鱼胶粉是鱼鳞提取物,也较便宜.
用途相似,不过当然琼脂品质最高拉.
脂,学名琼胶,英文名agar,又名洋菜,冻粉,燕菜精,洋粉,寒天.琼脂在食品工业的应用中具有一种极其有用的独特性质.其特点:具有凝固性,稳定性,能与一些物质形成络合物等物理化学性质,可用作增稠剂,凝固剂,悬浮剂,乳化剂,保鲜剂和稳定剂.广泛用于制造粒粒橙及各种饮料,果冻,冰淇淋,糕点,软糖,罐头,肉制品,八宝粥,银耳燕窝,羹类食品,凉拌食品等等.琼脂在化学工业,医学科研,可作培养基,药膏基及其他用途.
原料:江蓠,紫菜,石花菜作用:琼脂具有凝固性,稳定性,可用作增稠剂,凝固剂,悬浮剂,乳化剂,稳定剂,保鲜剂,粘合剂,和生物培养基.用途:琼脂广泛用于制造粒粒饮料,米酒饮料,果汁饮料,水晶软糖,羊羹,午餐肉,火腿肠,果冻布丁,冰淇淋,裱花蛋糕,八宝粥,凉拌菜等等.琼脂在日化工业中用于牙膏,洗发露,洗面乳,化妆品,固体清香剂等.在医学科研中也具有广泛的用途.
使用方法:琼脂粉先用冷水浸泡3-5小时左右,然后放入锅中加入适量的水煮沸至全部溶解.
明胶是一种从动物的结缔或表皮组织中的胶原部分水解出来的蛋白质。它具有许多优良的物理及化学性质，如形成可逆性凝胶、黏结性、表面活性等，在食品工业中广泛地用作胶冻、乳化剂、稳定剂、黏合剂和澄清剂等。
一、明胶的作用
明胶是一种生物大分子，故具有高分子的一些性质，将干燥的明胶置于适量的水中时，首先看到它们的外层慢慢地胀大起来，随着时间的推延，胀大现象逐步向内层发展，这种现象称之为“溶胀”，通俗也称为“膨胀”。膨胀后的明胶加温至35 oC以上就会与水形成均匀的溶液。简言之商品胶首先在冷水中浸泡膨胀60分钟，然后在80 oC以下水浴中熔化。（温度过高会破坏黏度）
二、明胶的适用范围
食品工业：肉制品、肉馅、冻汁肉、奶糖、果汁软糖、牛轧糖、太妃糖、冰淇淋、酸乳制品、啤酒澄清等
制药工业：胶囊、药品黏结剂、药品糖衣、明胶海绵等
其他工业：家具行业、纱布行业、印刷行业、胶带纸行业、火柴行业等