上饶站始建于1935年(中华民国23年)。
1935年7月，玉山到上饶开始试车，同年8月1日玉山至上饶宣布通车，并开始办理客运业务
1951年5月，上饶铁路电厂建成发电，火车站开始有电灯照明。
1996年动工拆除旧站房；1998年10月18日上饶第二代火车站建成，占地6465平方米，高27.4米，站址在上饶市信州区解放路。
2005年为了完善城市规划，上饶铁路开始了北移工程。上饶铁路北移工程是为了配合浙赣铁路（沪昆铁路）电气化改造而进行的，工程东起信州区灵溪，西至上饶县枫岭头。
2006年4月16日12点36分，随着宁波-贵阳A73次列车驶入位于信州区灵溪镇松山村的上饶新站，上饶市新火车站正式启用，原火车站封闭。
2012年由二等站升格为一等站。
2013年进行改造。
2014年12月沪混高铁南昌——杭州段正式通车，上饶进入高铁时代，截止2015年7月，沪昆高铁上海——贵阳段全线通车，仅剩贵阳——昆明段还在建设中。
2015年6月28日京福高铁全线正式通车，上饶进入高铁枢纽时代，并且一跃成为江西省乃至南昌铁路局辖区(江西、福建两省)境内最大的高铁G车日停靠数量最大站，同时也成为单个车站中日停靠客运列车数量最大站。
新图实施后，上饶站还有3趟分别开往福州、广州、南昌的始发高铁动车。
2015年7月2日开始，京福高铁线上，上饶站首趟始发高速列车开始运营，这就是上饶—福州G5105次高速列车。该趟列车早上7时25分出发，沿线停靠武夷山北、武夷山东、建瓯西、南平北、古田北，9时25分到达终点站福州。
另两趟上饶站始发高铁列车均在沪昆高铁线上，分别是： G1405次上饶—广州高速列车，11时18分出发，沿线停靠弋阳、鹰潭北、抚州东、进贤南、南昌西、新余北、萍乡北、长沙南、衡阳东、韶关，17时28分到达终点站广州南。 G5003次上饶—南昌高速列车，8时15分出发，沿线停靠弋阳、鹰潭北、抚州东、进贤西，9时43分到达终点站南昌西。
2016年由一等站升格为特等站。
