截止2016年1月1日，深圳现有公交线路已经有900条以上。与内地的大部分城市不同，深圳系统地对公交线路进行了区分。深圳公交有干线（Main-Line）、支线（Branch）、快线（Express）、城际（Inter City-Bus）夜班（Night）、高峰、旅游专线（Holiday）等多类型的公交，不同类型的公交其车身颜色和线路命名一般都是不同的。
干线（Main-Line）：公交蓝色车身，主要走的是主干道，其线路路程一般都是在10KM以上的。
干线编码范围：MXXX 1-399（大部分）600-699 800-899（868 839除外）（XXX代表数字） 支线（Branch）：公交橙色车身，主要走支路，其线路路程一般都是在10KM以内。
支线编码范围：BXXX 700-799 900-999（XXX代表数字）
快线（Express）：公交是绿色车身，主要走高速公路、城市快速道路，其线路路程一般在15KM以上。
快线编码范围：EXXX KXXX 330 365 839 868（XXX代表数字）
城际公交（Inter City-Bus）：城际公交是深圳到香港、广州、东莞、惠州等附近城市的公交
城际公交编码范围：长68、长69、长328、长58、长21、长19、长18、长16、康11、深惠1、深惠2、深莞 1、深莞2、专营巴士B2、深惠3A、深惠3、深惠3海滨支线、专营巴士B3、专线小巴618号、福7、康7、专 线小巴618号等。
夜间公交（Night）：只在夜间、深夜运行的公交。
夜间公交编码范围：NXXX
高峰专线、高快巴士：其是在工作日上下班高峰期开行，为了分担干线拥挤区间做到快速疏导而开行。
高峰专线、高快巴士公交编码范围：高峰/高快XXX
捷运巴士公交编码范围：J1 J1大站快车
大鹏金沙湾旅游专线：H92（福田交通枢纽-大鹏金沙湾）
*特别提醒：与内地其他城市的公交线路命名存在差异，初次来深圳的访客乘车的时候和等车的时候一定要注意，其线路多或少一个字或字母，甚至字母顺序调换下可能就是不同线路。以“六约地铁站”为例，309路和M309都停靠该站点，而309路（火车站西广场—坪地汇源工业区）、M309路（横岗—岗头总站），其线路走向是完全不一样的。
