如果是 X 染色体上的隐性基因，由于女性有两条 X 染色体，可能从共同祖先处获得纯合性基因型，而男性是半合子，不存在纯合的问题，故近亲婚配对所生男孩没有影响。或者说，如果确定某致病基因属 X 连锁隐性遗传，姑表兄妹或堂兄妹的婚配不会将该病遗传给他们的子女，但舅表兄妹或姨表兄妹婚配后 X 连锁基因的遗传风险较常染色体大。
近亲婚配对后代的影响，主要表现在增加隐性遗传病的发病率，而且先天畸形、早产和流产、幼儿夭折的风险也增加。在评价近亲婚配对群体的危害时，通常需在调查各类近亲结婚的基础上，计算出平均近婚系数（以 a 值表示）。 a 值越大，对群体的危害越大。一般以 a 值为 0.01 （即 1% ）为高值。通常在发达、开放的社会中， a 值较低，封闭、隔离或有特殊风俗的社会中 a 值较高。 1980 到 1981 年，我国对北京地区的汉族人口调查表明，其近亲婚配率为 1.4% ，平均近婚系数为 0.067% 。 遗传咨询中，最常见的有关近亲结婚的问题主要有以下三种：